基于AMS软件的材料计算化学基础暨分子动力学培训(2023年成都)圆满结束

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AMS (Amsterdam Modeling Suite) 是一款适合计算化学初学者、实验工作者入手的专业的材料与化学模拟平台。包含完善、全面的计算模拟方法。原子水平的模拟方法,包括密度泛函、半经验量子化学、力场,以及多种方法结合的多尺度模拟分子动力学(以及基于分子动力学的FT-IR)、多种蒙特卡洛模拟,以及微观动力学模拟力场、DFTB参数支持自主扩展与优化。友好的图形界面,完成建模、计算、作业管理、结果分析、图谱展示。支持丰富的材料体系与性质分析工具,计算分子与团簇、聚合物、低维材料、框架结构材料、块体材料、宏观流体等多种材料模型,包括电子、结构、化学反应、化学键、谱学、能带、载流子迁移、力学、热力学,以及光的吸收、转换、发射与非线性光学等方面性质。 本培训课程领域涉及:分子与团簇等非周期性体系的DFT计算,周期性体系尤其是二维(例如表面)、一维体系(如聚合物)的DFT计算,通过基于力场的分子动力学、蒙特卡洛模拟化学反应,基于DFT、DFTB、MOPAC、ReaxFF的巨正则系综蒙特卡洛模拟,基于COSMO-RS模型的流体热力学模拟。 培训场次信息: 时间:2023年10月27日(周五)~29日(周日) 09:00 – 18:00地点:四川大学望江校区讲师:AMS中国技术支持 刘俊 培训现场照片 培训活动圆满结束!

利用 Micro-CT 技术快速分析玉米籽粒的饱满度特性

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概述 玉米是全球产量最高的粮食作物,是主要的粮食资源和重要的工业原料。玉米籽粒的品质反映了籽粒产量和品种适应性。玉米籽粒饱满度是衡量玉米产品产量和品质的重要表型性状。玉米籽粒饱满度的定性和定量分析是研究玉米遗传因素、生理过程和改良方法的最重要前提。 传统方法测量籽粒密度等指标耗时且困难,迫切需要简单、快速、可靠的分析方法鉴定玉米的产品品质和育种的种质资源。本研究基于 Micro-CT 技术对玉米籽粒进行三维重建,检测不同类别玉米籽粒之间的解剖差异,通过测量计算籽粒密度、空腔、孔隙度等表型特征及与种子饱满度分级的密切关系。 图像处理 从每个自交系中随机选择两组品质不同的玉米粒 X178 和 W99。随机选择籽粒,然后分别使用 X 射线 Micro-CT 系统(SkyScan 1172,Bruker Corporation)对整个籽粒进行扫描。将图像数据导入 Simpleware 软件进行处理,基于不同部位的灰度值利用阈值、洪水填充和区域生长等工具分割。 胚胎和玻璃体胚乳的灰度值非常接近,在全局 3D 图像上通过“区域生长”分割这两个部分会很困难。因此,打开“区域生长”工具,设置 Number of iteration = 1,Multiplier = 2,Initial neighborhood radius = 1。依次分别应用在合适的 2D 切片上,使用形态学操作 Close 获得胚胎结构,然后通过布尔运算得到胚乳,利用侵蚀工具获得果皮。 图1:在 Simpleware 软件中基于 Micro-CT 3D 图像分割玉米籽粒胚、胚乳和空腔的流程 结果与讨论 玉米粒的 2D 和 3D 图像 在二维切片图像中可观察到,玉米粒由果皮、胚、胚乳和空腔组成,通过 X 射线吸收值的不同可以区分。籽粒中的胚乳有玻璃质和粉质两种类型。与粉质胚乳(较暗)相比,玻璃质胚乳(较亮)更硬,籽粒外部密度更高。由于粉质胚乳中淀粉的压实度较低,存在许多气孔。从明暗对比来看,周围的空气和内部空隙都是黑色,胚胎是明亮的。在所有重复测试中,两组种子的粉质胚乳中均观察到较大的空腔,且在自交系 X178 的种子中更为突出。比较两种玉米种子的 CT 图像,饱满度差异明显。 […]

利用 X 射线 CT 分析高强度焦炭结构

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概述 焦炭是一种多孔材料,在高炉炼铁中可用作还原剂、隔板并提供热量,焦炭强度是支撑铁矿石和使气体通过高炉熔化区的重要物理性质。本项目将利用 X 射线 CT 和 Simpleware 软件实现焦炭微观结构的可视化和量化,研究焦炭孔隙结构对焦炭强度的影响。 亮点 利用 X 射线 CT 扫描获得焦炭微观结构在 Simpleware ScanIP 中对焦炭图像进行分割和结构分析在 Simpleware SOLID 模块进行应力分析 试样制备 采用不同粘结煤成分制备两种焦炭试样:焦炭 A 和焦炭 B。按照强度大小,将焦炭 A 和 B 分别命名为“HS(较高强度)焦炭”和“LS(较低强度)焦炭”。每种焦炭各制备两个样品用于 CT 扫描。 表1:制备焦炭所用粘结煤的特性和配比 表2:焦炭试样的性质 图像处理和模拟 采用 Micro Focus X 射线 CT 系统对焦炭试样进行扫描。将图像数据导入 Simpleware ScanIP 进行处理,利用阈值工具基于灰度值将焦炭结构分割为孔隙、基体和高密度基体。 图1:焦炭试样的图像处理过程 在 Simpleware SOLID 模块进行应力分析,去除孔隙部分,为基体和高密度基体结构生成 350 万个网格单元。通过沿单轴 z 方向均匀移动表面施加拉伸,其他两个轴向保持自由。为简化分析,界面使用共享节点。 图2:Mises 应力可视化分析的计算方案 结果与讨论 焦炭结构 焦炭试样的体素图像和成分组成如下所示,HS 焦炭具有较低的孔隙率和较高的基体占比。 图3:焦炭试样的体素图像 表3:焦炭成分分析结果 孔径分布及孔隙形状参数分析 使用比表面积测量仪获得孔径分布,HS 焦炭和 LS 焦炭试样几乎没有差异,主要孔径为 100-150 μm。 图4:焦炭试样的孔径分布结果 在 Simpleware 中进行结构分析获得焦炭试样的孔隙球形度分布,垂直柱表示对应的孔隙数量。 图5:焦炭试样孔隙的球形度分布 应力分析 […]

氮氧共修饰碳纳米管结构稳定性和氮氧化物吸附的DFT模拟(Surfaces and Interfaces. 2023)

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近日,南京工业大学的杨晓宁教授团队在国际期刊Surfaces and Interfaces发表了一篇题为DFT simulation of structure stability and nitrogen oxide adsorption for nitrogen and oxygen co-modified carbon nanotubes的文章,使用DFT研究了氮氧共修饰碳纳米管结构稳定性和氮氧化物吸附。 摘要: 氮(N)和氧(O)共修饰碳纳米管(ON-CNTs)在吸附和催化过程中具有潜在的应用前景,因为含氧基团和N掺杂原子可以提供丰富的表面结合位点。然而,它们在不同共改性水平下的结构稳定性和吸附相互作用仍有待探索。作者首次采用密度泛函理论方法定量表征了一系列ON-CNTs的结构形貌和热力学稳定性。对ON-CNTs与氮氧化物(NO和NO2)之间的相互作用能和电子机制进行了全面调查。该仿真结果对改性碳纳米管的设计和应用具有重要价值。 计算方法: 本研究中所有的DFT计算均使用AMS软件的BAND模块。基于广义梯度近似(GGA)的Becke-Perdew (BP86)泛函与Grimme等引入的经验弥散校正(-D3),用于所有ON-CNTs的几何优化和单点计算。所有的计算都是在真空中使用TZP基组进行的。在几何优化中,能量收敛为10-5 Hartree,能量梯度收敛为10-3 Hartree/Å,步长收敛为10-3 Å。 图1. 三种典型的ON-CNTs的静电势图(ESP) 作者模拟了ON -CNTs的表面静电势(ESP),这是表征表面相互作用位点的重要特性。如图1所示,ON -CNTs表面骨架的ESPs以正为主,负ESP值一般在官能团氧原子附近,而官能团的H原子表现出正ESP值。随着共修饰程度的增加,掺杂N原子的存在可以更积极地增强表面ESP。因此,共修饰对ON-CNT电荷分布有影响,为与外部分子的吸附提供了多个相互作用的位点。 图2. NO分子在ON-CNTs表明的AIM和NCI分析 为了理解NO/NO2分子与ON-CNTs结构之间的相互作用机制,作者采用了AIM和NCI方法分析了几种典型吸附配合物之间的相互作用,如图2所示。NO分子与CNT-N20O30表面结合时,存在着非共价相互作用和共价键共存的丰富而复杂的相互作用模式。随着N和O共改性水平的提高,NO与ON-CNTs之间的相互作用增强,同时吸附状态可以由物理吸附转变为化学吸附。 图3. 三种典型吸附配合物的投影态密度分析(PDOS) 图3显示了具有最强吸附位点的三种典型NO/ ON-CNTs吸附配合物的投影态密度(PDOS)。与分离的NO分子相比,吸附在CNT-N10O10上的NO分子的2P轨道峰在费米能级附近减小(图3a)。同时,在0.12 eV时,CNT-N10O10分子与NO分子之间的轨道仅出现轻微重叠,说明NO/CNT-N10O10体系内部的相互作用较弱,这与吸附体系中唯一的vdW相互作用一致。NO/CNT-N20O20内部的相互作用(图3b)对NO分子的PDOS有显著影响。NO分子被吸附后,原费米能级附近的2P轨道峰消失,在- 1.51 eV和1.55 eV处出现新的峰,分别与H116和H111的S轨道有明显重叠,导致CNT-N20O20与NO分子发生强结合。这也解释了CNT-N20O20体系中强烈的非共价相互作用。 图4. 两种气体分子对T和P的吸附自由能(ΔG)二维图 图4为两种气体分子对T和P的吸附自由能(ΔG)二维图。随着T的减小和P的增大,吸附自由能呈下降趋势。改性碳纳米管表面对氮氧化物气体的吸附是热力学自发的,在实际条件下是有利的。 总结: 本文利用AMS软件的BAND模块,进行了氮氧共修饰碳纳米管结构稳定性和氮氧化物吸附的DFT模拟研究。研究发现,当N掺杂浓度低于30%,氧化水平低于50%时,ON-CNTs一般可以保持稳定的形貌,而不会出现明显的结构破坏。表面氧化程度是决定相互作用的主要因素,氧化程度在20 ~ 40%时可以产生强相互作用能。与NO2分子相比,NO分子与ON-CNTs的表面相互作用更大。电子水平的AIM、NCI和PDOS分析进一步揭示了各种相互作用机制。NO分子与ON-CNTs之间的强相互作用主要归因于化学共价相互作用。NO2分子的相互作用是由HB和vdW机制驱动的。进一步的吸附自由能结果表明,共改性碳纳米管表面对氮氧化物气体的吸附是热力学自发的,在实际条件下是有利的,使其成为一种有前途的氮氧化物捕获纳米材料。该模拟结果不仅揭示了表面相互作用的机理,而且为ON-CNTs的设计提供了指导和应用潜力。 参考文献: Yan Chen, Jintao Han, Xiaoning Yang, DFT simulation of structure […]

离子液体捕获可冷凝气体(Chem. Rev. 2023)

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摘要 可冷凝气体是在大气压和室温下以气态形式排放到大气中的可冷凝和挥发性蒸汽或有机化合物(包括水蒸气)的总和。石化、化工、包装印刷、工业涂料、矿山开采活动排放的可冷凝有毒有害气体严重污染大气环境,危害人体健康。但这些气体又是必需的化学原料。因此,开发绿色高效的捕集技术对高效利用凝析气资源具有重要意义。为了克服传统有机溶剂和碱吸收方法中存在的污染和腐蚀问题,被称为“液体分子筛”的离子液体因其优异的分离和再生性能而受到前所未有的关注,并逐渐成为学者们用来取代传统吸收剂的绿色溶剂。 图1 离子液体的各种应用 近日,石河子大学和北京化工大学的雷志刚教授团队在化学与化工领域的顶级评论期刊 Chemical Reviews发表了一篇题为 Condensable Gases Capture with Ionic Liquids 的文章,介绍了预测分子热力学模型在离子液体捕获可冷凝气体领域的应用。 本文综述了离子液体在凝析气分离中的研究进展。作为化学工程的基础,本文首先详细讨论了预测分子热力学的起源及其在理论和工业中的广泛应用。随后,本文重点介绍了离子液体在捕获几种重要的典型可冷凝气体方面的最新研究成果,包括水蒸气、芳香族挥发性有机物(即 BTEX)、氯化挥发性有机物、氟化制冷剂气体、低碳醇、酮、醚、酯蒸气等。使用纯离子液体、混合离子液体,以及作为吸收剂的IL+有机溶剂混合物也简要扩展了负载有作为吸附剂的IL的多孔材料的相关报道。最后,对该领域的发展前景和研究方向进行了展望。 雷志刚教授团队开发的 ADF Lei 2018 和 COSMO-UNIFAC 模型已嵌入大型商业软件化学与材料软件 AMS 的 COSMO-RS 模块中,并广泛应用于含离子液体系统的气体分离领域。该综述提供了集成于 AMS 软件中的 ADF Lei 2018 版本的 COSMO-RS 的相关参数,如表 1 所示。 AMS 软件提供的热力学模型窗口界面如下图所示: 结语 由于它们的广泛应用和在上述领域的一些著名代表,预测型分子热力学已在化学工程中成立。预测型分子热力学未来的发展和研究方向: 尽管预测分子热力学模型适用于溶剂-聚合物系统,但据我们所知,到目前为止,还没有包括含有聚离子的系统;值得注意的是,离子液体可以用作电池电解质,但离子液体与其他化合物在电场条件下的相互作用在分子水平上仍不清楚。预测分子热力学可以为液体结构的细节提供理论见解。预测分子热力学尚未扩展到核工业中遇到的同位素蒸馏分离(即 H2O−D2O−T2O 分离);预测分子热力学尚未扩展到去除高纯度湿电子化学品制备过程中遇到的金属离子(例如,在电子级NMP 的生产过程中需要去除至少20个金属离子);预测分子热力学从不排除实验工作,而是将实验、计算和理论分析紧密结合在一起。换句话说,它们为实验提供了理论和建模支持,实验反过来验证了它们的适用性。因此,仍然需要有限数量的实验工作。 参考文献: Guoxuan Li; Kai Chen; Zhigang Lei; Zhong Wei. Condensable […]

 
  • 人工智能自动分割工具:前庭神经鞘瘤的 3D 体积分析概述 NF 2相关神经鞘瘤病(NF 2-SWN)是一种罕见的常染色体显性遗传疾病,由染色体 22q12 上的 NF 2 基因突变引起,特征是神经系统肿瘤,如前庭神经鞘瘤(VS)、脊髓脑膜瘤和周围神经肿瘤。VS 患者可能听力丧失、耳鸣、面部麻痹、以及预期寿命缩短。 [...]
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