VNL作为LAMMPS的用户界面

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概述 LAMMPS 是一个应用广泛的经验力场分子动力学程序,使用VNL可以: 快速构建多种模型并导出LAMMPS的文件; 导入LAMMPS 分子动力学轨迹,并使用VNL中的分析功能进行分析。 现在申请【获取永久免费学术版的VNL图形界面】,即可获得这些功能! 使用VNL快速构建结构模型 导入数据库中的结构 导出LAMMPS的数据格式 构建块体、表面、界面结构 构建分子模型 构建随机合金、多晶体系 构建无定形体系 使用packmol将分子充填到晶胞 更多详细介绍,请参见:【VNL的建模功能】。 使用 VNL 分析 LAMMPS 的结果 VNL支持超大体系的显示和分析 原子数可达百万级 VNL可以直接由分子动力学轨迹得到体系的各种分布函数和性质: 径向分布函数 速度/动能分布 速度自相关函数 局域质量密度分布 局域应力分析 从MD轨迹计算声子DOS 配位数分析 角分布函数 均方位移 Evolution of average nearest neighbor number with tine 中子散射结构因子 弹性常数(应力-应变曲线) 多种函数重叠作图 支持柱状图、线状图 显示MD模拟过程的原子速度 显示MD动画并支持自定义显示、按帧导出结构 导出动画文件 相关实例教程 使用VNL产生无定形结构 英文教程:Generating Amorphous Structures VNL和LAMMPS一起使用进行分子动力学研究 教程:在VNL中导入LAMMPS轨迹文件。 […]

QuantumATK图形界面现支持远程服务器作业提交

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最新的QuantumATK 2015版中的Job Manager支持设置设置远程服务器提交任务,该方法的特点是: 安全:仅使用SSH端口的加密通信;服务器端无需后台进程,无需单独开放其他端口,有效保障安全性,特别适合公共服务器上部署计算; 简单:支持自动创建任务文件夹和提交脚本,不需要终端登录服务器进行任务提交; 强壮:任务成功提交之后,即可断开与服务器的连接;不必担心网络问题造成的计算中断; 便捷:随时可以联机查看即可查看任务、下载计算结果。 参考 如何在图形界面上配置向远程服务器提交计算作业?(【详情】) 更多QuantumATK 2015版新功能详见:【VNL-ATK 2015 正式发布】 立即试用 QuantumATK! 下载QuantumATK软件安装包 申请QuantumATK的全功能试用许可  

VNL-ATK 2015 正式发布

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VNL-ATK 2015 版已经于 2015年10月21日正式发布,此版本包含了众多的新功能和显著的性能提升。 新功能概览 电子-声子相互作用 计算非弹性的电流、畸变势和迁移率 新的作业管理工具 可以向本机或远程服务器提交串行、并行计算任务(【详情】) 新的分子动力学(MD)和离子动力学功能 图形界面上新增多种MD结果分析函数,例如速度自相关函数、角分布函数、均方位移等 使用动量交换的非平衡态分子动力学(NEMD)计算(器件体系)热导 全新的刚体+一维最小化方法优化界面和器件结构 全局优化算法(用于晶体结构和相稳定性预测) ATK-Classical中新增core-shell等多种势函数 NEB计算的并行化 适应性动力学蒙特卡洛(KMC)模块,可以用于寻找反应路径,估计反应速率指前因子(HTST)以及粗粒化时间加速的MD 半导体材料模拟新功能 DFT计算的虚晶近似(VCA) 随机合金等体系超胞的有效能带分析 MGGA-TB09中可以对不同材料指定不同的c参数 图形界面上新的掺杂小工具 性能与并行计算提升 大幅提高计算和并行性能(充分使用稀疏矩阵技术),减少计算的内存和时间需求 VNL图形界面现可以处理百万数量级原子数体系 NEB计算基于路径上结构数的并行(较上一版本提速最多25倍) FHI-aims的Python接口 VNL支持其他计算代码 LAMMPS:导入、导出几何结构,用VNL的图形界面的MD分析工具和动画工具分析结果 Quantum ESPRESSO:导入导出工具,分析电子密度、态密度、能带等结果 增强VASP计算接口 VNL中嵌入OpenBabel支持 马上下载VNL-ATK 2015.0! 使用许可(License) 为运行此版本的软件,您的license文件中需要明确支持15.0或更高。我们将向所有购买时承诺更新至2015新版的用户提供免费更换license的升级服务。VNL-ATK的老版本用户可以付费升级,请与我们联系。 学术用户可以免费获得VNL图形界面的license。 为运行ATKClassical或在Builder中使用此功能,license文件中需要包含ATKClassical的信息,此功能免费向学术用户提供(学术用户的免费VNL图形界面使用许可也包含此功能),也可以与其他计算功能一同购买。 FHI-aims功能需要单独授权,欢迎与我们联系。 VASP接口(含生成输入文件、分析输出文件等功能)需要license文件中包含ATKVASP功能。所有购买了ATK-DFT/SE的用户都将免费获得此功能。VNL图形界面用户可单独购买VASP接口license,欢迎与我们联系。(注意:用户需自行获得VASP使用授权并正确编译安装。QuantumWise和费米科技都不提供任何形式的VASP代码和使用许可。) 其他感兴趣的老师和同学,欢迎与我们联系获得全功能的试用许可。 VNL-ATK 2015新功能 电子声子耦合 Quasi-inelastic(LOE)和fully inelastic XLOE 电声散射电流电压关系 可以使用ATK内提供的各种理论方法进行电子和晶格部分的计算 使用DFT、SE等计算电子部分 使用DFT、DFTB、经验势等计算声子(DFT计算声子可能非常耗时) 块体材料导出电子-声子散射矩阵 计算畸变势和迁移率(玻尔兹曼方程) 不限于弛豫时间近似 […]

QuantumATK对第三方代码的支持

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概述 QuantumATK的图形用户界面通过 NanoLab Links 功能支持用户使用自己的 VASP、QuantumESPRESSO、ORCA等多种第三方程序进行计算,还支持为其他程序开发插件。 支持其他计算代码 VASP(官网) 交互式图形界面直接创建 VASP 输入文件,支持大部分 VASP 功能 手动添加 INCAR 行,预览 INCAR 文件 读入结果文件并作图(OUTCAR、CONTCAR、CHGCAR、DOSCAR、EIGENVAL、CHG、PARCHG、ELFCAR、XDATCAR) 作能带、DOS 与投影等 使用 IDPP 方法生成NEB 路径 设置结构限制 可视化 NEB 路径和能垒 导入分析 MD 轨迹 可视化振动模式 QuantumESPRESSO(官网) 创建输入文件 读入电荷密度、DOS、能带并作图 参考:NanoLab 用作Quantum ESPRESSO的图形界面 GPAW 创建输入文件 读入电荷密度并作图 LAMMPS 创建结构文件 导入轨迹,显示动画、计算局域结构,作统计分析图 参考:导入并分析LAMMPS的计算结果轨迹 ORCA 创建输入文件 读入电荷密度并作图 插件开发 API 用户使用 Python 自定义插件,向 NanoLab […]

QuantumATK 的结果分析功能

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QuantumATK 的图形界面 NanoLab 提供丰富的数据处理与结果可视化工具,图形化的工具能满足绝大多数日常需求,此外还提供 Python 脚本的数据处理和作图。 显示 3D 数据 高性能图形渲染引擎,支持百万级原子和键显示 等值面图、等值线图、Contour 图,图形可以根据数据范围进行重复 控制原子颜色、大小和透明度 根据计算物理量(力、速度等)显示原子颜色 可以用于 MD 轨迹等动画 晶体的多面体作图表示 Voxel 作图方法(3D 格点数据的点状云) 矢量场作图 Contour 平面图的 3D 立体化 3D 显示控制,支持多光源 布里渊区显示工具 导出多数图片格式 导出 CUBE 文件或简单 xyz 数据文件,用其他程序作图 导出 MD 轨迹、声子振动、NEB 路径等的动画 自动旋转显示,导出 GIF 动画 交互式进行 3D 测量距离和角度 2D 作图工具 将作图保存成 Python 脚本,用于重新作图或自定义作图 将能带和态密度作图合并 在图上任意添加箭头和文字说明 更多功能介绍详见 QuantumATK功能列表。 能带分析工具 直接绘制能带图 […]

QuantumATK 中的建模工具

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QuantumATK的图形界面 NanoLab 提供了丰富易用的建模工具,能够满足不同层次的模型构建需求。这里介绍并演示 NanoLab 的建模功能。 更多功能介绍详见 QuantumATK功能列表。 概述 原子级结构建模工具,可构建分子、晶体、纳米结构和器件 对称性信息工具 超胞工具 交互式的结构(原子或片段)控制(选择、编辑、移动), 表面建模 选择Miller指数,表面布拉维各自和切割平面 创建slab或超胞结构 界面建模 分析不同的超胞大小和晶体角度的应变 优化界面结构 正二十面体建模 构建二十面体纳米粒子 Wulff 结构建模 构建表面能最低的纳米粒子 NEB 建模 设置反应路径 逐个编辑中间态 使用 IDPP 方法预优化 NEB 路径 使用 Python 脚本调用各种方法(LI-LinearInterpolation、HLC-HalgrenLipscomb和IDPP-ImageDependentPairPotential)进行自动化 NEB 路径创建 创建器件结构用于输运计算 纳米结构(石墨烯、纳米管、纳米线)建模 分子建模工具 多晶建模工具 表面钝化工具 导入导出绝大多数结构文件类型(可以用插件扩展功能,内置 OpenBabel) Packmol分子填充工具 内置 SQS 建模工具 使用基因算法(其他程序采用蒙特卡洛方法会比较慢) 目前支持二元体系,例如 SiGe 或者 InxGaAs 支持任意结构,比如纳米线 Python 命令行终端 […]