【重庆大学李海涛教授】无机磷酸铵盐抑制甲烷/煤尘混合爆炸的反应行为和机理:ReaxFF MD 结合 DFT 研究(Chem. Eng. J 2024)

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研究背景 无机磷酸铵盐粉体由于其优良的抑爆性能长期以来被人们广泛关注,其对瓦斯煤尘复合爆炸的有效性已经在众多实验及工程现场得到充分验证,主要通过定性定量分析无机磷酸铵盐粉体如 NH4H2PO4、(NH4)2HPO4 等对瓦斯煤尘复合爆炸压力演化、火焰传播等宏观特征的影响,然而无机磷酸铵盐粉体抑爆剂抑制瓦斯/煤尘复合爆炸的详细反应过程及其微观作用机理尚未了解。 研究方法 为了揭示无机磷酸铵盐粉体抑爆剂抑制瓦斯/煤尘复合爆炸的详细反应过程及其微观特征,研究团队采用反应力场分子动力学(ReaxFF-MD)与密度泛函理论(DFT)相结合的数值模拟方法对无机磷酸铵盐在抑制瓦斯煤尘混合爆炸反应中的分子动态演变过程及潜在反应机理进行了深入的研究。本研究为无机磷酸铵盐粉体抑制爆炸的反应进程提供了更多见解,有助于开发设计高效的抑爆剂。 图1 NH4H2PO4 及 (NH4)2HPO4 抑制瓦斯煤尘复合爆炸反应路径及作用机理 主要研究结论 相同质量分数的NH4H2PO4对CO2的抑制作用更显著,(NH4)2HPO4则生成更多H2O,在反应过程中无机磷酸铵盐抑制剂不仅对复合爆炸过程中CH4的初始反应步骤产生影响,同时吸收爆炸反应进程中的活性自由基(H/O/OH)及中间产物(CH3/CH2O)以阻抑链反应的继续发展。其中,NH4H2PO4主要通过HPO3→PO2→PO→HPO2→HPO3循环反应路径进行抑制,而(NH4)2HPO4在此基础上增加了H2PO4→H3PO4→H2PO3→H2PO4、HPO3→HPO2→H2PO3→H2PO4→HPO3两条循环反应路径。此外,NH4H2PO4的加入使C40+的分解速度下降35.3%,(NH4)2HPO4的加入使C40+的分解速度下降47.2%。同时,由于无机磷酸铵盐团聚效应及吸水效应,模拟过程中抑制剂的最佳抑制浓度表现为1:1。该浓度下,抑制剂的加入不仅延迟了复合爆炸过程中脂肪键、醚氧桥键断键的时间即煤分子分解时间,同时延迟了煤分子开环反应的时间即煤分子氧化时间。随着抑制剂质量分数的增加,其更易吸附大量水分子及含磷化合物,使原本开环反应后的物质重新连接而形成新的大分子基团,以阻抑反应的下一步氧化分解。 参考文献 Reactive behaviors and mechanism of methane/coal dust hybrid explosions inhibited by NH4H2PO4 and (NH4) 2HPO4: A combined ReaxFF-MD and DFT study, Chemical Engineering Journal, 2024, DOI: 10.1016/j.cej.2024.155577

阴离子与芳香五酰胺大环的结合与迁移(Nat. Chem. 2023)

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如果主体对携带特定电荷的客体物种具有亲和力,则可能用于对于对抗各种疾病。合成的超分子结构被设计为与阳离子或阴离子结合,利用官能团的影响得到大环的孔,以获得负电荷与阳离子相互作用,或正电荷以结合、运输阴离子。通过迫使孔隙带正电,让生物膜主体具有阴离子结合特异性,这对于对抗氯离子输送故障和治疗囊性纤维化非常重要。在最近的一项研究中,主体五酰胺大环被特异官能化,通过N-H–O氢键迫使酰胺基团被定向到孔中,如此将相当大的正电荷放入五酰胺的空腔中,并将羰基翻转到大环之外。由于孔中 NH 和 CH 的正电荷,这些五酰胺大环对阴离子具有特异亲和力。 五酰胺大环上的 Hirschfeld 电荷和静电势,以及单体构建块的偶极矩,使用 ADF 计算得到,证明了腔的强正电性。几何优化表明,过量阴离子客体被吸引到五酰胺大环的正电空腔中。计算的缔合常数和结合能表明,主体空腔偏向去溶剂化,以允许孔内容纳阴离子客体。本文特别关注了主体结构内氯化物、溴化物和碘化物客体的结构优化,计算表明碘化物与五酰胺腔的结合最强,其次是氯化物,溴化物的结合最弱。这与 N-H–Cl– 相互作用强于 N-H–Br– ,N-H–I– 相互作用最弱的一般趋势相反。结构优化表明,碘化物与五酰胺大环的结合最强,因为它的尺寸更大,能够与孔中的所有N-H基团相互作用。由于氯化物和溴化物的尺寸较小,这两种阴离子只能聚集两个 N-H 基团配位。考虑到氯化物比溴化物的结合力强,又不像碘化物那样过度填充孔隙,因此相对于其他卤化物,氯化物的传输能力最好。 因此,正如ADF计算结果所显示的那样,五酰胺大环是对抗囊性纤维化和补充氯化物正常运输的理想选择。 参考文献 Ruikai Cao, Robert B. Rossdeutcher, Yulong Zhong, Yi Shen, Daniel P. Miller, Thomas A. Sobiech, Xiangxiang Wu, Laura Sánchez Buitrago, Karishma Ramcharam, Mark I. Gutay, Miriam Frankenthal Figueira, Pia Luthra, Eva Zurek, Thomas Szyperski, Brian Button, […]

10-和14-价电子三键体系:由dδ4环区分的等电子族( Inorg. Chem. 2023)

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摘要 三键 A≡A’ 10价电子(VE)主族双原子体系,如 N2、CO、CN-和NO+,具有强的 σ2π4 三键,两端各有一对孤对。再添加四个价电子,如在 CPt 中,会产生14-VE族,这些族总是有一个额外的 δ4 环。 最近的一篇论文研究了这些占据的轨道,它们在形式上是非键芯轨道,但具有典型价轨道的大小和轨道能量。研究人员研究了 A≡B 双原子分子和多原子链三键的键距、分子轨道、振动和核四极耦合常数(NQCC)。计算采用 AMS 软件中 ADF 模块的相对量零阶正则近似(ZORA),计算结果与以前的工作和实验吻合良好。 作者得出结论,这个 δ4 环,尽管是一个非键合的芯轨道,但在能量和径向上都在 5d 元素的价态范围内,尽管它的库仑引力必须很大,但对共价键没有贡献。通过这种方式, δ4 环类似于 σ2 孤电子对。 [Au(CN)2]–最高占据轨道 参考文献 Michiko Atsumi and Pekka Pyykkö, 10-Valence-Electron C≡O and the 14-VE C≡Pt: Two Triple-Bonded Isoelectronic Families Differing by a dδ4 Ring, Inorg. Chem. 2023, 62, 51, 21083–21090

是什么对谷胱甘肽保护的Au25纳米团簇的手性光学响应有贡献?(ACS Nano 2023)

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摘要 20多年前,Whetten 和他的同事在烃硫基金纳米团簇(RSAuNC)中发现了手性。从那时起,RS-AuNC 的合成、总结构表征以及电子和热学性质的实验和理论研究方面取得了重大进展。目前的观点认为,RS-AuNC 的手性可分为固有手性和诱导手性。当金属核本身具有手性,或保护性非手性配体手性排列,就会出现本征性,而第二种情况则涉及手性配体在金属结构上诱导手性的情况。此外,对这些原子精确体系的独特光学性质已经有过一些研究,当尺寸小于约 2 nm 时,表现出离散的电子结构。可以通过调整RS-AuNC 的尺寸、形状和组成,来调整其性质,因此在许多领域存在潜在的应用可能性,在催化,化学传感,光学器件,和生物医学领域,引起了大家的兴趣。 的里雅斯特大学、于韦斯屈莱大学的研究者们,通过整合分子动力学模拟、基本动力学分析和最先进的TDDFT理论计算(包括构象和溶剂效应)等多种方法,研究了水溶性谷胱甘肽保护的[Au25(GSH)18]-1纳米簇,评估和分析了[Au25(GSH)18]-1的紫外-可见CD光谱。分析结果表明,电子圆二色性不仅对溶剂的存在极为敏感,而且溶剂本身对这种体系的光学活性,起着积极作用,在团簇周围形成手性溶剂化壳层。 众所周知,实验吸收光谱对温度非常敏感,作者通过拆分 AuNC(片段1)和溶剂化壳(片段2)分子轨道(MO)对光谱特征的贡献来评估水的作用。实际上,使用 AMS 软件ADF模块中可用的片段分析后处理工具,可以了解哪些 MO 参与了整个体系构象异构体的 ECD 光谱的转变: 该工作展示了金属纳米团簇与环境之间的手性界面的一种研究策略,适用于诸如团簇和生物分子之间的手性电子相互作用。 参考文献 What Contributes to the Measured Chiral Optical Response of the Glutathione-Protected Au25 Nanocluster?, ACS Nano 2023, DOI: 10.1021/acsnano.3c01309

AMS2023 中 TDDFT+TB 的解析梯度大幅度提供激发态优化效率

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激发态在光化学机制中起着至关重要的作用,直接影响寻找新的高发光材料、光催化剂、荧光探针、光伏器件等的能力。然而大分子体系和纳米团簇的激发态势能面计算非常昂贵。为了解决这个问题,2016 年在 ADF 中加入了 TDDFT+TB 方法。受 Stefan Grimme 的 sTDA 和 sTDDFT 方法启发,TDDFT+TB 在线性响应TDDFT 中使用单极近似而不是耦合矩阵积分,大幅降低了计算激发态能量的成本。 在最近的一篇论文中,研究人员利用 Z-矢量方法推导了 TDDFT+TB 的解析梯度,并将代码实现到 AMS 中的 ADF 引擎中,并已于2023年发布。作者测试了总共60个不同的化学体系,包括9个双原子分子、26个小有机分子、一个裸金纳米团簇核心、10个配体保护的贵金属纳米团簇和14个发色团。作者发现,与 TDDFT 相比,这种方法的时间成本仅为三分之一,能够用于更大的分子体系的发射能量和激发态几何结构计算。 总之,解析梯度的 TDDFT+TB 是一种有用的工具,大幅度降低了激发态几何结构优化的计算成本,同时保持了 TDDFT 的准确性。

Cd(II)配合物中电场梯度的计算(Phys. Chem. Chem. Phys. 2023)

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摘要 理论计算得到的电场梯度(EFG),有助于从电子和分子结构的角度解释实验确定的核四极相互作用(NQI)。因此,精确计算EFG是研究许多类型分子结构的核心。在最近的一项工作中,哥本哈根大学的研究人员研究了 CueR 蛋白的模型体系。 针对 CCSD(T) 计算 Cd(SCH3)2 中 Cd(II) 位置的 EFG 的结果,作者测试各种 DFT 泛函后,选择了 BHandHLYP 泛函。使用 AMS 软件中 ADF 模块,评估了使用标量相对论和自旋轨道相对论、基组大小和 CueR 蛋白质模型系统大小对计算结果的影响。从中心 Cd(II) 以外第一个 C–C 键处截断,这样产生的模型体系不足以获得可靠的 EFG 性质,必须采用更大的模型系统来实现可靠的 EFG 计算。非相对论和标量相对论性计算的最大差值为 0.28 a.u.,即 Vzz 的 9%。包含自旋-轨道耦合后,Vzz 进一步增加了 0.05 a.u。从结果来看,很显然自旋-轨道耦合的贡献微不足道,但标量分量至关重要。 使用 BHandHLYP 函数和局部稠密基组(QZ4P、TZ2P 和 DZP 的组合)的自旋轨道耦合计算提供了可靠的结果,并能够对实验数据进行结构解释。 参考文献 Catriona A. O’Shea, Rasmus Fromsejer, Stephan P. A. Sauer, […]

【中南大学仲奇凡教授课题组】改质煤沥青的分子结构建模及其原子尺度的焦化机理研究(Fuel 2023)

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相关背景 煤沥青是煤焦油蒸馏工艺的副产品,由于其具有含碳量高、杂元素含量低、廉价且来源广泛等优势。对煤沥青进行改质可以获得更高的结焦值和软化点,改质煤沥青是石墨电极、碳纤维、碳纳米管、C/C复合材料等高附加值碳制品的重要优质原料。改质煤沥青的焦化是制备高附加值碳素产品的必经工序,它决定了产品的真密度、机械强度、电导率、石墨化度等性能。探索改质煤沥青焦化机理对优化高附加值碳材料的制备工艺具有重要意义。然而,现有科学文献对MCTP的微观结构组成及焦化过程的深度演化机制研究较少,本文精确构建了改质煤沥青的分子结构模型,并基于ReaxFF分子动力学方法对改质煤沥青的焦化机理在原子尺度上进行了深度研究,为实现改质煤沥青更高值化的利用,以及高附加值碳材料制备工艺的改进提供理论了依据。 研究亮点 通过一系列的检测分析(XRD, 13C NMR, FT-IR, XPS, MALDI-TOF-MS等)获得了MCTP的微观结构特征和组成。MCTP的碳骨架主要由芳香结构组成,芳香结构单元主要为苯和萘。脂肪族结构主要以甲基和亚甲基的形式存在。MCTP的分子量分布集中在1500 Da范围内。MCTP中含O、N和S的官能团分别以醚、季氮和无机硫的形式存在。在此基础上,建立了能够表征改质煤沥青微观结构特征和组成的分子模型(C93H59NO)。利用AMS2019软件中ADF模块计算改质煤沥青分子模型的量化性质,得到的13C NMR和FTIR图谱与实际检测结果吻合,验证了模型的合理性。 运用所建立的分子模型、ReaxFF MD模拟(AMS2019软件ReaxFF模块)、TG-MS、XRD和SAXS分析,揭示了改质煤沥青焦化过程中的挥发份去除及结焦机理。改质煤沥青焦化过程中挥发物的去除是由改质煤沥青分子边缘结构的破坏和活性自由基的产生引起的。主要挥发产物为H2、H2O、CO、CH4和C2H4。挥发分主要在430 ~ 900 K的温度范围内析出。对于焦化过程,XRD和SAXS分析表明,沥青焦样品的结晶和石墨化程度在挥发分去除阶段(低于973 K)被破坏,在高温阶段(>高于973 K)得到改善,Lc、Nc、La、Rg和孔隙率在1573 K时分别达到3.81 nm、12.03 nm、1.68 nm、18.54 Å和9.9%。在ReaxFF MD模拟过程中,沥青焦核的真密度(最终为2.2 g/cm3)、RDF临界峰强度、sp2杂化键比例(最终为41.4%)和六元环比例(最终为63.3%)均呈现先下降后上升的趋势。实际检测分析(XRD、SAXS)和ReaxFF MD模拟得到的结论可相互映证。沥青焦核的形成可分为两个阶段:焦核的形成阶段和有序化阶段。在形核阶段,改质煤沥青分子中的开环反应和脂肪链的交联导致了初级焦核的形成,主要通过三条反应路径,在路径一中,芳香烃通过芳香甲基直接连接;在路径二中,由边缘六元环断裂形成脂肪链,然后通过脂肪链结合实现芳烃的聚合;在路径三中,两个芳烃边缘的C原子相互结合形成五元或七元环结构。在有序化阶段,在初级焦核内会发生缩聚和芳构化反应,最终形成沥青焦微晶核。 图1 文章摘要图 图2 研究流程示意图 图3 改质煤沥青分子结构模型及验证 图4 改质煤沥青结焦机理图 参考文献 Zihan You, Jin Xiao, Gang Wang, Zhen Yao, Ye Wan, Qifan Zhong, Molecular representation and atomic-level coking evolution investigation of modified coal tar pitch […]

Am(VI)多酸盐与镧系元素的超滤分离(Nature 2023)

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摘要 镅是核能发电的一种中子捕获副产品,也是高放废物长期放射性毒性的主要来源。利用快堆有效地回收镅,然后将其嬗变为短寿命或稳定的核素,将大大减少核能对环境的影响。 然而,具有高中子俘获截面的镧系元素(Ln)(例如$^{157}$Gd)的共存严重限制了嬗变效率。克服这一障碍需要开发有效分离镅和镧系元素的方法,几十年来,这一直是核工业的一个长期挑战。这一困难主要源于它们相似的化学行为:镅和镧系元素都以热力学稳定的三价阳离子形式存在于溶液中,具有几乎相同的离子半径和配位化学属性。传统的分离方法利用Am(III)和Ln(III)离子之间微妙的键合差异,即含有氮或硫给体的萃取剂使Am(III)优先分配于Ln(III)。但这种分离策略仍然受到Am(III)和Ln(III)之间的有限区分的阻碍,更值得注意的是,过程产生了大量的二次放射性液体废物。 Am(III)氧化为Am(VI)产生的AmO$_2^{2+}$离子与Ln(III)离子不同,原则上具有促进分离的潜在可能性,但传统分离方案(包括溶剂和固体萃取)所需的辐射分解产物和有机试剂,将Am(VI)快速还原回Am(III),不利于氧化还原分离。 最近,来自苏州大学、清华大学、布鲁克(北京)科技有限公司、上海科技大学,以及德国、美国的多家机构合作研究,报道了一个纳米尺度的多酸盐(POM)簇,在硝酸介质中,其空位位点对六价锕系元素($^{238}$U, $^{237}$Np, $^{242}$Pu和$^{243}$Am)选择性配位相容性,比三价镧系元素更好。该团簇是迄今为止在水介质中观察到的最稳定的Am(VI)物质。纳米级Am(VI)-POM团簇与水合镧系离子的超滤分离可由市售细孔膜实现,能够促进一次通过的镅/镧系离子分离方法的发展,该方法高效快速,不涉及任何有机成分,并且需要最小的能量输入。 本文理论计算采用AMS软件ADF模块完成,利用EDA-NOCV方法分析其化学键性质,并使用CP2K进行了结构部分约束的NVT系综第一性原理分子动力学模拟。 参考文献 Ultrafiltration separation of Am(VI)- polyoxometalate from lanthanides, Hailong Zhang, Ao Li, Kai Li, Zhipeng Wang , Xiaocheng Xu , Yaxing Wang, Matthew V. Sheridan , Han-Shi Hu , Chao Xu, Evgeny V. Alekseev , Zhenyi Zhang , Pu Yan , Kecheng Cao , Zhifang Chai , […]

【国家纳米科学中心高兴发课题组】远取代基对MOF催化活性的影响:比Hammett更普适的模型(npj Computational Materials 2023)

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摘要 Hammett 方程通常用于描述取代基对金属有机骨架 (MOFs) 金属节点催化活性的远程电子效应。然而,该理论在 MOFs 催化剂上的应用经常遇到问题,因为它严重依赖于可移植性未知的经验参数。为了发展更普适的替代理论,国家纳米科学中心高兴发、孟幻,江西师范大学高雪皎等课题组,通过密度泛函理论计算,提出了配体轨道能量模型。该模型提供了一种简单的方法,近似描述远程电子取代基对 MOFs 金属节点催化活性的影响,并通过对文献中报道的结构-活性关系的广泛回顾,验证了对 MOFs 的普遍适用性。 在这种模型中,催化关键能垒与配体轨道能量呈近似线性关系,不依赖于经验参数,适用于具有不同配体和取代基的 MOFs 。与 Hammett 模型相比,通用性更高,允许研究者通过调节配体和取代基的电子性质来设计 MOFs 金属节点的催化活性。 配体轨道能量模型 决速步自由能垒、电荷转移、过渡态示意图 对 UiO-66-X (X=NH$_2$,H,O$_2$) 两种不同电子转移方向( MOFs 推/拉电子)的催化反应中的决速布进行了研究,发现电子取代基对“催化作用区域原子”的总电荷转移 ΔQ$_{CAT}$ 增强越多,则决速步自由能垒越低,从而 MOFs 金属节点催化活性也越大。 通过 AMS 软件 ADF 模块中的 ETS-NOCV 方法,分析催化剂基团与反应物之间的轨道相互作用,发现两类反应的主要轨道相互作用其实是相似的,即金属 d$_{z^2}$ 轨道和配体 p 轨道之间的相互作用。由于配体取代基与节点金属之间的远程 π-d 共轭,取代基通过调节金属的核外电子密度,即可调节金属的有效核荷(Z$_{eff}$),进而调节包括金属 d$_{z^2}$ 轨道在内的分子轨道的能量,实现对金属催化活性的调节。这种π-d共轭催化活性的取代基效应,有时被理解为远程共轭调节了节点金属的Lewis酸度。 右侧为两种反应的过渡态的电子转移情况,其中红色区域表示失去电子,蓝色区域表示得到电子,两种反应电子转移方向相反,但成分相似 作者发现催化剂的前线轨道能量与配体的前线轨道能量具有良好的线性关系(因为UiO-66-X团簇的 HOMO 和 LUMO 都主要位于配体上)。通过数值线性拟合,建立了催化活性(以决速步自由能垒来表征)与催化剂前线轨道能量的关系。 值得注意的是,尽管 ΔQ$_{CAT}$ 是理解模型背后机制的关键,但在使用配体轨道能量模型时,并不需要 ΔQ$_{CAT}$ […]

具有手性连续体的光子活性蝴蝶结纳米组件(Nature 2023)

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摘要 在最近发表在《自然》杂志上的一项研究中,美国密歇根大学Kotov教授小组的Prashant Kumar博士报导了具有显示手性连续体的化学结构的蝴蝶结纳米结构微粒。与具有二元左右手性的典型手性结构不同,它们的扭曲可以从完全扭曲的左手结构精确调控到扁平煎饼结构,再到完全扭曲的右手结构。合成快速而直接,可以选择性反射某些类型的圆偏振光,这种手性材料成为经济型手性超材料的杰出代表。这对机器人视觉开发领域具有重要意义,可能推进机器人在复杂人类环境中精确导航的技术发展。而且蝴蝶结颗粒的分散结构,非常有利于在各种类型材料上的印刷。 为了解释实验观察到的蝴蝶结纳米组件的巨大振动圆二色性信号(VCD),用ADF进行了DFT计算。Paul Nicu博士对大型蝴蝶结结构(200至400个原子之间)进行了BP86/DZP计算,并使用AMS图形用户界面的VCDtools程序对结果进行了分析。 延申参考阅读:https://www.sohu.com/a/657193321_121334651 参考文献 Prashant Kumar, Thi Vo, Minjeong Cha, Anastasia Visheratina, Ji-Young Kim, Wenqian Xu, Jonathan Schwartz, Alexander Simon, Daniel Katz, Valentin Paul Nicu, Emanuele Marino, Won Jin Choi, Michael Veksler, Si Chen, Christopher Murray, Robert Hovden, Sharon Glotzer and Nicholas A. Kotov, Photonically active bowtie nanoassemblies with chirality continuum, Nature volume 615, […]