119Sn核磁共振化学位移计算的基准研究(Inorg. Chem. 2022)

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核磁共振(NMR)谱是阐明化学结构最重要的分析方法之一。然而对于某些原子核来说,可能的化学位移范围很大,相应的核磁共振测量往往很耗时。因此,利用稳健的量子化学方法进行可靠的化学位移预测具有广泛的意义。 为了评估用于预测119Sn NMR化学位移的常用方法和新量子化学方法的性能,最近一项研究提出了一个新的基准集,称为SnS51,包括50种含Sn化合物,其中Sn具有不同的键基序,分子大小从4到209个原子不等。共有51个119Sn NMR化学位移实验值,范围从2448到-2204 ppm,可作为计算方法评估的参考。 为了计算119Sn NMR位移,评估了15种密度泛函,将它们与三种不同相对论方法(标量X2C、ZORA和自旋轨道耦合ZORA)相结合,并基于CREST/CENSO算法生成的异构-旋转异构体集合,评估构象的柔性对化学位移预测的影响。此外还研究了119Sn NMR化学位移计算的结构依赖性,以及半经验量子力学(GFN2-xTB)或力场(GFN-FF)方法的适用性。为了进一步改善结果,作者研究了一种简单的线性标度方法。 研究表明,稳健的杂化泛函如PBE0,与TZP基组、COSMO溶剂化模型与自旋轨道耦合相对论哈密顿量相结合,总体平均绝对偏差良好,在100~ppm以下(另见NMR常见问题)。 参考 文献: J. B. Stückrath, T. Gasevic, M. Bursch, and S. Grimme, Benchmark Study on the Calculation of 119Sn NMR Chemical Shifts, Inorg. Chem. 2022, 61, 3903-3917

染料敏化太阳能电池的BCL方法:基础与应用(Appl. Sci. 2022)

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BCL是理解和预测染料及其在太阳能电池中效率的一个理论框架,最近的一篇论文全面介绍了这种方法:它基于一组方程,使用TDDFT获得染料敏化太阳能电池效率的整体效率指数(Global Efficiency Index,GEI);GEI通过三个因子乘积得到:可用注入能量(F1)、注入电荷量(F2)和再生效率(F3)。迄今为止获得的结果表明,与实验光转换效率(PCE)有良好的相关性。此外,该方法还提供了理论工具,使研究者能够理解电池的运行情况,以及优化电池的关键。 要点: 与实验结果匹配的很好所有计算使用AMS软件ADF模块完成,使用OPBE泛函、SAOP模型势提出了在锂太阳能电池领域的应用和改进颜料的开发运行BCL计算简明手册 参考文献: M. Barrera, I. Crivelli, B. Loed, The BCL Method for DSSC: Basis and Applications,  Appl. Sci. 12, 2358 (2022) 

甲烷在MoO3(010)表面催化脱氢的密度泛函理论研究(Comput. Theor. Chem. 2022)

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随着石油和天然气价格的波动以及新冠病毒在全世界爆发,将天然气转化为具有更高经济和战略重要性的增值化学品的需求和研究兴趣越来越强烈。此外,对氢燃料的需求不断增长,以及全球芳香族化合物和烯烃的短缺,都是甲烷转化的额外动力,甲烷的非氧化转化生产清洁氢燃料,被认为“未来燃料”。 最近Badran等人,利用AMS软件BAND模块,使用DFT计算甲烷在MoO3(010)表面两种不同超胞上的吸附,研究了甲烷在氧化钼(MoO3)表面的催化脱氢。研究发现,对于CH4的吸附,在Mo和O网格构成的光滑表面,比悬垂O原子构成的表面更有利,这与过去的认知有所不同。 甲烷在MoO3(010)表面的吸附位置 甲烷在MoO3上脱氢的反应机理 研究亮点: 在新的MoO3(010)超胞上吸附甲烷,用于甲烷转化研究非氧化条件下,甲烷在MoO3表面分解的反应机理该反应主要导致生成 · CH3、H2和乙烯第一次CH3-H键断裂的活化能低至66.4 kJ/mol 参考文献: I. Badran, N. Sahar, R. Amjad, M.S. Nashaat, N.Nassar, Density Functional Theory Study on the Catalytic Dehydrogenation of Methane on MoO3 (010) Surface, Comput. Theor. Chem. 1211: 113689 (2022)

利用ReaxFF模拟理解生物基复合材料(PNAS 2022)

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可持续复合材料正变得越来越受欢迎,尤其是从生物物质中开发新型可降解生物复合材料,是满足全球对可持续材料日益增长的需求的一条非常有希望的道路。Roumeli等人提出了一种从培养的植物细胞中制备自粘生物复合材料的新方法,将培养细胞进行冷压缩成型,以创建分层的生物复合材料,其性能(弹性模量和强度)与商品塑料相当,同时在土壤中100%可生物降解。 为了研究纤维联锁和分子间聚合物链相互作用在细胞粘附中的作用,作者使用AMS软件反应分子动力学模块ReaxFF中的CHON2017_weak_bb力场进行模拟。细胞壁采用纤维素、半纤维素、果胶和酚混合物作为模型体系,比例由化学分析确定;之后对模型体系进行压缩,并达到平衡。这项研究表明,邻近细胞壁外层的聚合物链在压缩时相互作用,并在彼此的结构中扩散,从而产生分子联锁。进一步在拉伸载荷下进行模拟测试时,发现这些生物复合材料中的纤维联锁,又出现了链展开(无缠结)和级联氢键断裂和重组。 a)拉伸测试时的能量的变化: 1,Esystem,2,Ebond,3,EH−bond,4,and Etors;b)MD模拟在拉伸载荷下样品变形的不同时间点的快照 参考文献:E. Roumeli, R. Hendrickx, L. Bonanomi, A. Vashisth, K. Rinaldi, C. Daraio, Biological matrix composites from cultured plant cells, Proceedings of the National Academy of Sciences 119.15 (2022)

孔径对颗粒基催化剂流动的影响

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概述 硅铝颗粒基催化剂中孔隙结构对大尺度(约104 m)流体流动的影响对于了解其性能具有非常重要的意义。本项目采用多尺度层析成像(MT)方法获取催化剂颗粒从纳米到毫米尺度的图像。所用试样均在不同温度下烧结/煅烧。 将图像导入 Simpleware 软件中进行分析和分割,对纳米/微米结构中每种长度尺度划分网格。为研究不同孔径对流动的影响,在 ANSYS Fluent 中进行渗透率计算,使人们对催化剂的输运性质有新的认知。 亮点 由 XMT、DBFIB / FIBSEM 和 ET 获得不同长度尺度的三维数据将数据分割成二值化数据集使用 Simpleware FE 为每种长度尺度的复杂纳米/微米结构生成 CFD 网格在 ANSYS Fluent 中计算渗透率模拟与实验测试相结合,确定孔隙率对流动的影响 图像采集 将两种颗粒基催化剂挤压成三叶状颗粒,在不同温度下煅烧生成2个样品并扫描。采用同步辐射X射线三维成像(XMT)、双束聚焦离子层析成像术(DBFIB)和电子断层三维重构(ET)获得不同长度尺度的三维图像。 在3D层析成像重建后对数据进行处理,减少噪音和分割块体材料与空洞,从而得到一个二值化的数据集。对颗粒样品也进行了实验测量以确定渗透率。 图:不同层析技术下其典型体素长度尺度的表征 图像处理&网格化 为模拟流经催化剂颗粒的渗透率,使用 MATLAB® 镜像层析体积,结合 Simpleware ScanIP 和 Simpleware FE 将每种长度尺度的纳米/微米结构转换为体积网格。利用填充工具选择感兴趣区域,流体边界界面处的网格划分要比块体精细,并在网格的上下游方向添加缓冲区以便导出至 ANSYS Fluent 为渗透率的 CFD 分析做好准备。将较精细长度尺度的模拟结果输入到下一个长度尺度的结构中,直至模拟考虑了催化剂中的所有相关尺度。 图:Simpleware FE中S2催化剂颗粒(红色孔隙)微观结构的多部分网格划分 模拟&结果 分析证实:与在较高温度下烧结的催化剂相比,经过较低温度烧结的催化剂颗粒是如何产生更大、更开放且具有更好连通性的孔隙结构。 存在更开放的孔隙结构使得活性位点间的渗透性和流动性更好,从而增强催化剂性能。因此,通过 MT 获得不同长度尺度孔隙结构的流体流动研究为未来催化剂性能的定制化和改进其他能源材料的广泛应用提供了基础。 图:跨长度尺度的孔隙率示例:将体积A的渗透率(K)融入体积B的主体

模拟孔隙尺度的化学输运

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概述 基于图像的建模可用于分析通过多孔介质的传质现象,特别适用于储层岩石孔隙-喉道网络。这些分析的目的是为提高我们对流体通过可变孔隙尺度运动方式的理解和表征。 本项目使用真实结构的 micro-CT 图像数据,在 Simpleware 软件中进行可视化和处理,生成网格化的3D模型,然后将其导出至 COMSOL Multiphysics®中研究化学输运机制。 亮点 从开源库中获取真实岩石结构的 micro-CT 数据在 Simpleware ScanIP 中进行图像处理和分割在 Simpleware FE 中为孔隙结构生成高质量的多相网格在 COMSOL Multiphysics 中进行孔隙尺度化学输运模拟 图像处理 使用帝国理工学院孔隙尺度模型(PERM)联盟提供的开源岩石 CT 图像库中的 micro-CT 数据,获得孔隙空间和微观结构的 RAW 图像文件。在 Simpleware ScanIP 中将图像数据转换为基于 3D 体素的几何结构,为网格划分做准备。由于 CT 扫描通常会产生噪音,此步骤的处理极其复杂。为了渲染构造良好的岩石和孔隙相,在 ScanIP 软件中使用了一系列的视觉滤波器和图像处理技术。 图:Simpleware ScanIP中micro-CT数据的可视化和分割 利用 Simpleware FE 模块为多相流模型生成非常稳健的 CFD 网格,并直接导出至 COMSOL Multiphysics。 图:使用Simpleware FE模块生成网格化的多孔结构模型 然后将网格化的多孔介质模型导入商用偏微分方程(PDE)求解器 COMSOL Multiphysics® 中求解 […]

QuantumATK亮点文章:具有可调载流子输运和电子特性以及高电流开关比的二维GeC2

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概述 二维材料中大部分都具有优异的电学和光学性能,这使得它们在纳米电子学、光电子学和热电学等各种各样的应用场景下具有很大的潜力,但是性能仍然需要优化。例如,硅烯和锗带隙太小(带隙值<0.1 eV)难以实现晶体管的电流开关。MoS2 具有理想的带隙,但其较低的迁移率限制了其在某些器件中的应用。磷烯不仅具有理想的带隙,而且拥有高各向异性载流子迁移率,但其在空气中易氧化的特性是器件应用中的主要限制。 研究者仍需继续努力探索具有合适带隙、高载流子迁移率和高稳定性的新型二维半导体材料,并通过应变工程、多层堆叠等技术来改善现有二维半导体材料的电子特性。应变工程是调整二维材料电子特性的一种常用技术,因为二维材料本身可以承受比其块体材料更大的机械应变,这就拓宽了它们在纳米电子和光电器件中的应用。多层堆叠是调节二维材料特性的另一种策略,可以产生新的电子器件,因为许多二维材料的带隙大小变化很大程度上取决于层数。 在众多电子器件中,具有负微分电导效应的二维材料非常受欢迎。目前,大多数具有负微分电导效应的二维材料主要还是范德华异质结。然而,由于异质结的层间隧穿效率有限,想要实现高峰值电流仍然面临诸多挑战。因此,能产生负微分电导效应的单层二维材料也是有前途的。常州大学徐月华副教授课题组和美国内布拉斯加州立大学林肯分校的 Xiao Cheng Zeng 教授合作,以密度泛函理论结合非平衡格林函数的方法,研究了基于二维 tetrahex-GeC2 器件的电输运特性。该研究结果为基于负微分电导效应构建的器件提供了新选择。 材料结构与性质 tetrahex-GeC2 表现出高各向异性载流子迁移率和热力学稳定性。单层和双层 tetrahex-GeC2 的带隙分别为0.89 eV 和 0.32 eV,两者都属于直接带隙半导体。二维单层 tetrahex-GeC2 沿着 a(b) 方向 4% (-4%) 单轴拉伸(压缩)应变下,带隙可以调控到理想的 1.26 eV (1.32 eV),并且电子(空穴)有效质量保持稳定,约为 0.23 me (0.83 me)。双层tetrahex-GeC2沿着 a(b) 方向 4% (-4%) 单轴拉伸(压缩)应变下,带隙可以调控到 0.75 eV (0.92 eV),而且,在 a 方向 -1% ~ 4% 和 b 方向 -4% ~ 1% 单轴应变范围内,电子有效质量几乎保持不变,大小分别约为 0.19 me 和 […]

QuantumATK在自旋热电子学研究中的应用

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概述 自旋电子学是关于凝聚态物质和器件中的电子自旋和电荷如何耦合输运的。最近活跃的自旋热电子学领域主要关注自旋与热流的相互作用,目标是新发现的物理效应和改进现有热电器件的策略,以便在热传感器和废热回收装置中获得应用。已知的现象要么被归类为金属中的独立电子效应(如自旋相关的塞贝克效应),可以通过两个具有不同热电性质的平行自旋传输通道模型来理解,要么被归类为也存在于绝缘铁磁体中的由自旋波引起的集体效应(如自旋塞贝克效应)。QuantumATK中完善的器件模型、自旋相关以及电声耦合等方面的方法在这类体系和现象研究中有独特优势。 界面电荷转移掺杂对黑磷烯-F4TCNQ纳米器件热电输运性能的影响 利用基于第一性原理的密度泛函理论(DFT)结合非平衡格林函数(NEGF)方法,系统的研究了扶手椅型和锯齿型黑磷纳米带(APNR 和 ZPNR)的热电输运特性,以及 F4TCNQ 分子在其表面的物理吸附。结果表明,APNR/F4TCNQ 体系为 p 型半导体,由于表面电荷从 APNR 转移到 F4TCNQ,APNR 体系的价带边缘移到了费米能级。与纯 APNR 相比,F4TCNQ 吸附的 APNR 的热功率从 270.8 μV/K 增加到 1063 μV/K,这是由于费米能级附近共振能级的出现导致的态密度增加。此外,界面耦合和量子干涉效应显著抑制了A/ZPNR+F4TCNQ 体系的声子热导,室温下,当 μ=−0.5 eV 时,热电优值达 0.72。这项工作为高性能二维有机-无机纳米器件在热电领域的广泛应用提供了可能,也为开发实际应用中的自组装电子器件提供了理论参考。 Dong, Jiwei, Bei Zhang, Shidong Zhang, Yaoxing Sun, and Mengqiu Long. “Effects of interface charge-transfer doping on thermoelectric transport properties of black phosphorene-F4TCNQ nanoscale devices.” […]

膝关节置换模拟

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患者个性化外科手术规划 360 Knee Systems 公司专注为全膝关节置换手术提供创新的技术解决方案。他们与骨科医生通力合作,提供动态、实用、针对患者的规划和模拟解决方案。 借助于 Simpleware 软件,360 Knee Systems 开发了针对患者的术前计划,这些计划依赖于创建患者骨骼几何结构的准确描述,以解决全膝关节置换手术的固有挑战。 特点 获取患者骨骼 CT 扫描结果在 Simpleware 中生成患者骨骼的三维模型进行分析和仿真科技使外科医生能够对患者进行个性化分析,从而优化手术计划和程序基于模拟的输出设计患者的个性化导板 生成3D模型 360 Knee Systems 获取患者髋部、腿部和踝关节骨骼的CT扫描,并将其导入 Simpleware ScanIP 中生成 3D模型,捕捉解剖结构的不同细节,达到了高质量和高细节的水平。然后使用 Simpleware CAD 模块执行基本的 CAD 操作,在患者解剖结构内定位植入物。精确的模型确保了模拟能够真实地进行。 图:Simpleware ScanIP中的膝关节分割 标注 为了能够更轻松地执行可重复性的操作,360 Knee Systems 与 Simpleware 的服务团队合作编写脚本,如优化分割过程和标记扫描的骨骼。在模拟中需要用到标志点创建轴和参考,因此精确的标志点是结构分析的关键。脚本的使用则大大减少了此任务所需的手动工作量。 图:在Simpleware ScanIP中为分割后的膝关节设置标志点 创建规划和导板 外科医生使用在 Simpleware ScanIP 中生成的 3D 模型为患者创建个性化导板。每个导板都是根据该患者的特定骨骼结构量身定做,旨在帮助医生确定合适的手术切口。360 Knee Systems 运用这些模型为膝关节植入物的最佳放置位置提供术前规划,外科医生也可以在术前就熟悉患者的骨骼结构。3D 打印的导板可以用来演示植入物的髌骨、股骨和胫骨组成部分的精确切割位置。 参考信息 致谢和更多信息请参见英文原文:https://www.synopsys.com/simpleware/resources/case-studies/knee-replacement.html

患者复杂主动脉夹层的血流动力学模拟

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概述 对于希望虚拟重现主动脉夹层疑难病例患者主动脉内血流这个目标来说,Simpleware ScanIP 是一个不可或缺的宝贵工具,它不仅能够准确地提取这些患者复杂的主动脉几何结构,而且还提供了重要的形态和功能信息,这对于建模工作流程至关重要。 亮点 开发工作流程实现由非侵入性临床数据获得主动脉夹层的个性化计算流体力学(CFD)模型使用 Simpleware ScanIP 从 CT 图像中提取三个复杂研究个案患者的特定结构使用 ANSYS® CFX 完成 CFD 模拟,提供的血流动力学方面见解可以增强临床认识、支持决策过程。 介绍 主动脉夹层(AD)是一种可危及生命的血管疾病,发病率和死亡率都很高。在 AD 中,主动脉内膜层的撕裂导致血液在血管壁内流动,产生两个或更多流道,真腔(TL)和一个或多个假腔(FL)被内膜皮瓣(IF)隔开。主动脉夹层的形态高度复杂且具有患者特异性,通常由多个IF撕裂表现为曲折的FL与TL相连。这种复杂的环境产生异常的血流动力学应力(如压力和剪切应力),从而驱动疾病演变。目前,成像技术无法准确评估体内血流动力学。然而,临床图像和计算流体动力学(CFD)的结合可以提供重要的预后见解,从而支持这种危及生命疾病的临床决策过程。 工作流程说明 开发主动脉夹层 CFD 模型生成和个性化的工作流程。涉及的步骤: 利用 Simpleware ScanIP 重建患者特定主动脉的 CT 扫描几何结构为模拟特定患者主动脉的血流动力学包络调整 CFD 模型的边界条件在 ANSYS 软件中求解计算模型并进行结果的后处理 借助Simpleware ScanIP进行结构分割 将临床 CT 扫描的 DICOM 文件直接导入 Simpleware ScanIP 中,采用中值滤波处理,降低图像的“椒盐”噪声。对于以主动脉及其主要分支为代表的感兴趣区域,首先采用自动阈值算法(即 floodfill)分割,然后手动细化,以准确描述 IF 及其撕裂。为消除像素伪影,对生成的掩模采用平滑算法,然后通过 Simpleware ScanIP 中的自动工具垂直于脉管中心线裁剪,从而创建 CFD 模型的流入和流出边界。然后将患者特定的主动脉夹层面模型作为建立模型导入 ANSYS®软件。 图:主动脉夹层的分割:(a)CT数据的渲染;(b)平滑后的分割掩模;(c)模拟中使用的三维模型 图:对3个研究案例进行几何重构,箭头表示内膜瓣内撕裂的位置 CFD模型的设置和个性化 CFD […]

 
  • 突破传统:单离子源策略实现铁(I)配合物的温和高效合成研究背景 寻找对现有试剂的低成本、低毒的替代品,一直是均相催化领域的核心诉求。近年来,利用地壳富含的铁元素构建催化剂来取代昂贵且不可持续的贵金属元素,已成为该领域的研究热点。其中,一价铁(Fe(I))分子配合物更是在诸多工业催化反应中展现出优异的催化性能。然而,性能优势的背后暗藏不可忽视的瓶颈。与第9、10族贵金属催化剂不同,低价铁面临着一个致命缺陷——缺乏化学性质稳定的起始物料。传统合成方法只能高度依赖钾石墨(KC8)或格氏试剂(RMgX)等强还原剂,对二价或三价铁前驱体进行原位还原。这不仅导致催化体系结构不明确,还极大地限制了反应的官能团兼容性。尽管此前学界曾尝试通过氧化铁羰基化合物或高价铁化合物还原法制备双夹心铁芳烃配合物,但往往因发生歧化反应难以分离得到纯净产物,最终功亏一篑。针对这一痛点,Oliver P. E. Townrow 等人在国际顶尖化学期刊 JACS 上给出了破局之法,课题组成功开发出一种在固态下对空气稳定的单核一价铁夹心配合物 [Fe(durene)2]+(durene = [...]
  • 基于密度泛函的磷酸钠化学蓄热材料失效机理研究研究背景 磷酸钠水合物是建筑环境中极具前景的蓄热材料。在蓄热过程中,该材料可能发生水解反应,导致材料变性,从而限制其工程应用。基于复合改性的循环实验室探究,本团队已经突破了材料的百次循环可用性,但依旧存在少部分磷酸钠活性组分水解失效的发生。了解并限制磷酸钠水合物的水解反应成为了工业应用研究的重点。然而,在跨季节蓄热系统的工作条件下,关于水解反应的可能性及其与脱水反应的竞争关系,在蓄热系统中的相关信息仍不明晰。因此,通过理论计算,可从本质上解释磷酸钠蓄热材料在跨季节蓄热领域下随温度,压力工况变化的水解/脱水反应偏好行为。 研究内容 中国科学院广州能源研究所黄宏宇研究员和新加坡南洋理工大学 Fei Duan 教授课题组合作,采用密度泛函计算结合热力学分析的方法,系统研究了不同水合数(n=0-12)的磷酸钠水合物的分子结构,以确定其稳定构型。此外,计算了磷酸钠及其水合物的频率谱,进而用于计算蓄热过程中吉布斯自由能变,以获得脱水反应和水解反应的 P-T 图,并最终明确了磷酸钠水合物的微观失效机理。该研究结果为可为预防和消除磷酸钠热化学蓄热材料在跨季节蓄热领域应用中的失效问题提供了有利的理论依据。 图1. [...]
  • AMS2026 发布AMS2026 现已发布,带来了机器学习势、模拟工作流程及易用性方面的强大新进展。凭借更广泛的化学覆盖范围和更优的性能,开展自动化、可重复的研究比以往任何时候都更加便捷。立即升级,亲身体验其卓越表现。 机器学习势 新模型系列(eSEN、MACE、UMA等)基于大规模数据集训练,在提升机器学习势能的效率与精度的同时,进一步拓展了其适用范围。 扩展的覆盖范围包括: 带电及磁性分子 生物分子与聚合物 金属配合物与催化界面 金属有机框架材料与分子晶体 无机材料 [...]
  • 首例稳定低价态铟氢化物:合成瓶颈的突破与亲核反应性得的探索导语 较重主族元素的低氧化态氢化物因极度不稳定而长期被视为“难以捉摸”的研究难题,然而,Oriol Planas 教授团队近期在《Journal of the American Chemical Society》发表的题为《A Crystalline [...]
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