利用孔隙尺度结构研究宏观土壤特性:Simpleware基于图像的孔隙弹性结构建模

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概述 重型机械造成的土壤压实会对土壤水力特性产生不利影响,并可能产生持续超过 15 年的影响。理解土壤力学性能的一个关键挑战是土壤本质上是多尺度的,其宏观孔隙弹性性能依赖于微观结构的精确细节。将这种微观尺度建模与宏观尺度联系起来是一个重要的挑战。 本项目采用均质化理论推导的由三个不同相组成的土壤孔隙弹性特性平均宏观模型,生成的方程通过一组在代表性几何上求解的单元问题进行参数化,可应用于大型结构变形的情况。同时还展示了如何利用结合 x 射线计算机断层扫描(X-CT)和基于图像建模的方法,比较不同初始条件下水分含量和压实对土壤宏观结构特性的影响。 亮点 推导由三个不同相组成的土壤孔隙弹性特性平均宏观模型在 Simpleware 软件中处理土壤图像并生成网格模型采用基于图像数据建模的方法研究不同初始条件下水分含量和压实对土壤宏观结构特性的影响为设计和优化土壤或其他多孔结构提供了新的见解 图像获取 土壤是在北威尔士某处地表收集的砂质饱和始成土,初筛至 5 mm 以下,在 23℃ 左右风干 2 天,然后再过筛至 0.6-1.18 mm。选取三种不同土壤条件的六个重复试样,共计 18 个样品。三种土壤分别是:高含水量的疏松土、高含水量的机械固结土和低含水量的机械固结土。采用瑞士同步辐射光源(SLS, Swiss Light Source)的 TOMCAT 光束线和 19 kV 单色光束条件对土壤进行扫描。 将扫描后的图像数据导入 Simpleware 软件,通过阈值工具分割出土壤中不同的相:固体矿物颗粒相、混合相(粘土颗粒和水)和充满空气的孔隙空间,应用分水岭算法分离粘连颗粒。 图1:不同土壤的原始CT图像和对应在Simpleware软件中的分割结果 平均模型 研究人员推导出土壤变形的平均孔隙弹性模型,可以从将 X-CT 获得的数据与土壤的宏观性质联系起来。步骤为:(1)对所涉及的相形成完整的微观描述;(2)推导没有明确考虑底层土壤几何形状每个细节的平均方程,参数通过具有代表性的土壤结构得出;(3)计算平均时考虑了微观和宏观尺度的压力和位移梯度。 图2:宏观尺度应变梯度引起的土体剪切变形示意图。箭头表示位移方向和相对大小,红色对应较大位移,蓝色对应较小位移。(a-c)为单个周期单元的位移;(d-f)四分之一结构的等效问题,即对称性降低;(a)和(d)是宏观位移;(b)和(e)是微观位移;(c)和(f)是总位移。 网格划分和模拟 在 Simpleware FE 模块直接对图像处理后的模型进行网格划分,采用的 FE-Free 算法可以最大限度地通过参数控制网格单元,同时最小化内存需求。为确保计算域包含足够大的体积代表土壤结构,考虑了一系列不同体积的网格。具体来说是边长为 100-400 的体素网格,对应为总边长为 0.16 mm 的最小网格和 0.64 mm […]

【宁夏大学白红存教授课题组】基于ReaxFF MD模拟探索化学链燃烧中芳香族片段解聚的反应机制及复杂反应网络(Journal of the Energy Institute 2023)

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1. 计算模型和方法 图1. 芳烃分子在铁基载氧体表面的化学链燃烧反应模型 文中选取化学链技术中最常见的Fe2O3载氧体。构建α-Fe2O3(001)低指数晶面。以Fe-O3-Fe…为反应表面的稳定结构扩胞得到初步铁基载氧体颗粒模型。然后将多环芳烃放到Fe2O3载氧体表面,然后再进行5×5超胞。ReaxFF MD模拟的周期性盒子设定为100 Å×100 Å×50 Å。如图所示,Fe2O3载氧体总共8层16000个原子,其中氧原子9600个,Fe原子6400个。载氧体上面共有25个多环芳烃。多环芳烃选择了固体燃料中具有代表性的4种多环芳烃,这些多环芳烃在许多煤分子结构是常见的。 主要对CLC过程反应器内Fe2O3和多环芳烃体系反应过程ReaxFF MD模拟。计算采用郑等开发的包含C/H/O/Fe等元素的ReaxFF力场参数,以及NVT正则系综分子动力学(NVT-MD)方法进行计算。计算中,步长为0.25 fs,温度由阻尼常数为0.1 ps的Berendsen恒温器控制。模拟反应温度分别为2000、2500、3000、3500、4000 K,探究不同温度Fe2O3载氧体和多环芳烃反应特性。反应前计算模型在450 K进行了40000步非反应(Non-reaction)弛豫过程,使其处于平衡状态。ReaxFF MD模拟过程累积1000000步,总时长250 ps。 图2. 多环芳烃的模型 2. 结果讨论 图3 . 多环芳烃S1反应的过程 图3是多环芳烃在Fe2O3载氧体表面反应的可视化过程。根据截取的0、25 、 75 、125、175、250ps时CLC体系实时图片,燃烧过程可分为四个阶段。通过上述化学链燃烧不同阶段的反应物和产物分析发现,这些多环芳烃分子和铁基载氧体化学链燃烧过程可分为四个阶段。第一个阶段属于反应前阶段,主要发生载氧体颗粒和燃料分子的结构弛豫和扩散。该过程使得体系中载氧体颗粒和燃料分子中化学键呈现键合-解离-键合的动态平衡特征。这将有助于它们在后续过程中参与反应。第二阶段属于初始反应阶段。此阶段多环芳烃自身开始逐步发生热裂解反应,生成自由基和含碳碎片。同时,部分燃料分子或反应碎片与载氧体表面的晶格氧距离靠近,形成有效相互作用,进而形成化学键连。载氧体开始发生反应逐步释氧 。第三阶段属于剧烈燃烧反应阶段。此时多环芳烃在高温环境中大量裂解成分子碎片。载氧体大量释氧同步发生。整个化学链体系呈现剧烈燃烧反应的特征。第四阶段属于最终燃烧阶段。此时大部分多环芳烃已裂解成碎片。主要发生的反应为大量含碳碎片中间体物种的氧化燃烧。该过程生成大量典型燃烧最终产物,如CO,CO2,H2O等。 图4.  基于多环芳烃S1反应中C…C相互作用的RDF分析 为了系统了解不同芳烃燃料分子在化学链燃烧过程中分子结构变化,对燃料分子S1在CLC过程中不同反应时间体系的C…C相互作用距离进行了径向分布函数(RDF)分析。RDF在约1.4 Å 处的峰可反映体系中C-C键的数量变化,并表征芳烃燃料分子的热分解反应动力学。 在50 ps时1.4 Å处峰的强度仍2500。这表明此时燃料分子中C-C数量不变,燃料分子尚未解离。在75/ 100/ 125/ 150/ 175 ps时,RDF中1.4 Å处峰的强度分别为2000,1700,300,120和40。这表明反应过程中燃料分子中C-C数量减少,燃料分子逐步解离发生燃烧反应。通过RDF和 C-C键数量变化分析,可以很好地反映上述化学链燃烧反应的四个阶段。 图5. 基于多环芳烃反应中反应物分子数量变化(图A是S1反应中分子数量变化图;B是S2反应中分子数量变化图;C是S3反应中分子数量变化图;D是S4反应中分子数量变化) 研究发现,CLC反应温度对燃料分子参与化学链燃烧反应影响显著。燃料分子随CLC温度升高呈现参与反应提前现象。从燃料分子反应数量可发现,随着CLC温度升高,芳烃分子参与反应越早。例如,S1分子在3500 K时,在50 ps开始反应分解,而2000/2500/3000  K时则分别为62.5,62.5,50 ps。因此,S1分子在3500 K的反应分别比2000/2500/3000 K提前了12.5,12.5,0 ps。同时还发现,CLC温度对于燃料分子分解时间具有影响。分析燃料分子反应数量可发现,随着CLC温度升高,芳烃分子全部参与CLC反应耗时减少。例如,S1分子在3500 K时,在50 ps开始反应分解, 137 ps体系无S1分子。S1分子全部参与反应并分解总耗时87 […]

单轴压缩作用下量化2D和3D裂缝对井筒水泥渗透率的影响

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概述 作为天然气的主要成分,甲烷是导致全球变暖的主要因素之一。井筒水泥中的应力诱导裂缝会形成甲烷或二氧化碳泄漏的高风险通道,油气井的逃逸排放进而造成甲烷释放失控。因此,了解和减少泄漏途径对于最大限度地降低泄漏井对环境的影响至关重要。 本项目研究人员使用扫描电子显微镜(SEM)和显微计算机断层扫描(micro-CT)技术量化峰值压应力前后熟化高温触变水泥试样裂缝的 2D 和 3D 几何参数,提出一种量化应力诱导真实三维裂缝对水泥渗透率影响的模拟方法。 亮点 使用 SEM 图像量化 2D 水泥裂纹将水泥 micro-CT 图像导入 Simpleware 软件量化 3D 裂纹含纤维水泥可限制裂纹的大小和扩展2D 和 3D 裂缝分析方法为定量表征块体水泥中应力诱导裂缝的潜在过程提供了重要见解 单轴压缩试验 用 G 级水泥、40% 硅粉(按水泥重量计)、添加剂混合制备试样,水灰比为 0.48。固化后加工得到长 100mm,直径 50mm 的圆柱体。为研究纤维对改善水泥性能的影响,在相同的条件下还制备了两个含纤维的试样,按共混物的重量加入 0.25% 的纤维。然后采用 GCTS RTX-1000 测试系统进行单轴压缩测试,测量轴向和径向的应变。 图1:单轴压缩试验获得7个试样的应力应变曲线,其中试样A为对照;B和C为峰值前样品;D和E为峰值后样品;F1和F2为含纤维试样,分别被压缩到与D和E相同的应变水平。 与峰值后样品相比,含纤维试样在高应变时应力下降较慢且不明显。这表明含纤维试样比未改性的峰后样品具有更好的延展性,在相同应变条件下断裂会更少。 SEM技术表征2D裂纹 在阿尔伯塔大学实验室准备好试样薄片,使用蔡司 Sigma 系列场发射扫描电镜获得 2D 图像。为确保试样表征的精确性、一致性和测量结果的真实性,收集每个薄片在 6 种不同放大倍数和 8 个不同位置下的 SEM 图像。 图2:(a)水泥薄片(b)扫描区域(蓝色)(c)不同放大倍数下SEM图像的尺度(d) 625倍率时的SEM图像(e)对2D裂缝进行标记和编号 对于每个选定的位置,扫描电镜的放大倍率依次逐渐增大。由于没有明确的标准技术用来区分孔隙和裂缝,因此在对裂缝的测量中也包括了孔隙。特别是当它们尺寸相近时,例如裂缝状孔隙和收缩裂缝。使用 ImageJ 软件手动画线,然后根据放大倍数计算裂缝长度。 Micro-CT扫描技术表征3D裂纹 […]

基于CT图像自动检测涡轮叶片的缺陷

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喷气发动机的涡轮叶片需要在一些最极端的条件下运行,工作温度可能要超过其所采用合金的熔点。因此,复杂的冷却系统结构、涂层和其他特性需要使叶片保持在工作温度范围内,不容失败。然而,制造的零件中可能包含有细微嵌入和隐藏的缺陷,通过 CT 检测等方法可以检查这些零件的内部。 CT 检测是一种无损的工业 X 射线成像技术,在进行 360 度旋转零件的同时以特定间隔拍摄数百或上千张单独的二维射线照片。然后将这组 2D 图像重建为 3D CT 容积,可在任意角度进行数字化切片,用户无需物理切割或打开产品即可查验产品外部和内部特征。 该工作流程面临的一个挑战是,解决零件内部缺陷和尺寸的能力取决于整体图像质量,而图像质量可能与检测周期时间直接相关。对于涡轮叶片这样高密度和复杂的零件,通常需要大量的扫描和技术人员的解读时间,给高通量应用造成了潜在瓶颈。 Synopsys 公司 Simpleware 软件的定制化模块(Custom Modeler)使用支持人工智能的机器学习方法对特定案例进行分析,为解决人工处理图像中的瓶颈问题提供了解决方案。该方法消除了工作流程中耗时的手动分割时间,并通过预先确定缺陷位置来减少检查时间。因此,进一步扩大检测规模仅取决于检测所用硬件的功率。与 Avonix Imaging 公司合作开发的检测高压涡轮叶片中低频关键缺陷的项目中,目标是创建一个找出可能存在缺陷区域的全自动检测助手,加快关键检测工作流程。 图1:Simpleware软件中的自动关键缺陷检测工具 获取输入数据 近年来,X 射线 CT 技术有了很大的创新。Pixel Push、螺旋 CT、偏置 CT等扫描方式的扩展,甚至包括散热旋转靶和 450kV 微焦点 X 射线源等硬件的改进,推动了 CT 扫描在许多行业的应用发展。通常情况下,CT 可以提供给用户无法由任何其他方式获得的视图。 决定采用哪种 CT 方法和技术是最优的策略在很大程度上取决于每个公司的具体需求和他们的项目目标。CT 技术人员需要考虑产品的材料、密度、尺寸、形状、特征,以及缺陷尺寸要求、预期扫描时间及所需输出格式,所有这些细节都可能会对最佳 CT 扫描技术产生影响。 图2:X射线扫描过程图解:(a)高分辨率LDA扫描(b)高速DDA扫描切片 了解目标和产品细节后,就可以开发扫描技术。工业 CT 最常用的硬件参数是 X 射线能量(225kV 或 450kV)、焦斑尺寸(mini-focus 或 micro-focus)和探测器类型(LDA 或 DDA)。然后设置零件夹具、几何放大倍率和机械手定位(射线源到零件,射线源到探测器等)。最后,在运行 CT 扫描前对采集方式、投影数量等进行细微调整。 针对本项目,由于涡轮叶片密度较大,因此选用 450kV 微焦点,并对 LDA 和 DDA 探测器都进行了测试。为设计理想的参考扫描,Avonix Imaging 公司在同一组涡轮叶片样品上进行了大量的高质量 LDA 扫描和高速 DDA 扫描。样品扫描时间从几分钟到几个小时不等,也说明了理解项目目标并找到尽可能有效满足这些目标所依赖技术的重要性。 运行自动化工作流程 优化 CT 扫描流程提高效率后的下一步就是开发自动检测工作流。 图3:使用Simpleware定制化模块实现自动化检测工作流 在实践中,自动化工作流涉及到: 从生产线获得零件以预定方向进入 CT 扫描仪进行检测速度扫描将 CT 扫描数据导入 Simpleware 软件,在 Simpleware 定制化模块执行人工智能工作流:根据专家用户的训练数据从 CT 扫描图像中自动分割出感兴趣区域将“理想”的设计参考模型与基于扫描的分割模型进行自动配准和表面偏差分析通过检测工具将两个模型间的偏差区域列表展示,其灵敏度可以根据检测的缺陷进行调整对列表中的“潜在缺陷”进行检查 这种定制的自动化工作流程旨在为大批量制造提供快速的缺陷检测方案,大大减少耗时的人工分割工作量。 未来影响 […]

混凝土细观结构的建模:基于图像 vs 参数化

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概述 混凝土的宏观裂缝是通过微裂纹的产生、扩展和融合而形成的。混凝土构件失效的可靠预测需要深入了解混凝土非均质组分的局部裂纹演化过程。与宏观尺度的同质性相比,细观尺度的混凝土由非均质相组成,包含粗骨料、作为基体的砂浆(混合砂子和细骨料的水泥浆)、包裹的气孔。 细观混凝土中的骨料分布可以由数字图像提供真实的尺寸和位置,也可以通过将给定形状的骨料按规定尺寸进行随机空间分布获得。本项目采用这两种方法建模,对微观结构表征和力学行为数据进行验证和比较,从而确定它们的适用范围。 亮点 比较基于图像重建和参数化建模两种构建混凝土细观结构的方法采用 Simpleware 软件进行图像处理和生成有限元网格模型在 ABAQUS 软件中进行压缩和拉伸的模拟预测变形行为和损伤,结合实验数据确定不同建模方法的适用范围 基于图像重建 vs 参数化建模 基于图像重建 优点:可获得骨料和孔隙真实精确的尺寸及分布缺点:XCT 设备价格高,成像区域内骨料的大小和空间分布可能在统计上不具有代表性。 参数化建模 优点:能够涵盖更大的工程构件体积,可设计骨料的尺寸、分布及体积密度缺点:随机生成的骨料在位置和形状上与测试样本中天然的骨料不同 图像获取 采用 CEM I 42.5 普通硅酸盐水泥(OPC)和粗石灰石(直径为6.3 ~ 10 mm)设计 C30 级混凝土试件,分别配制骨料体积分数为 20%、30%、40% 三种混凝土试件。在曼彻斯特大学 Henry Moseley x 射线成像中心,使用定制的 Nikon XTH 225 对每种混凝土的圆柱体试样进行 x 射线计算机断层扫描(XCT)。 图像处理和网格划分 对 XCT 图像数据进行处理,减少光束硬化,创建为 3D 模型并分割出骨料,获得基于图像的细观尺度混凝土模型。另一种为随机骨料的参数化建模,骨料的形状和位置并不对应于特定的真实结构。通过以下方式(1)“输入”:记录颗粒的大小和形状分布参数,(2)“拿取”:生成规定分布范围内随机大小的单个颗粒,(3)“放置”:如果生成的颗粒满足与已有颗粒、体积边界的重叠和相交条件,则可放置在域体积的随机位置。在计算生成颗粒的体积分数满足指定值后,生成过程终止。 图1:由 XCT 图像分割出的骨料模型 在 Simpleware FE 中分别对基于 XCT 图像重建和参数化建模得到的模型进行网格划分,生成由四面体单元组成的高质量有限元网格模型。 模拟结果 将网格模型导入 ABAQUS 软件,采用混凝土损伤塑性模型(CDP)描述砂浆在不同荷载作用下的塑性损伤行为。混凝土(或砂浆)的非弹性行为是各向同性拉伸和压缩塑性以及各向同性损伤的组合。当施加载荷时,由于损伤累积,永久塑性变形与刚度退化同时发生。达到峰值应力后,可观察到软化响应。 图2:(a)-(c)含骨料20%混凝土基于图像模型的三种不同网格粗糙度 (d)-(e)模拟压缩和拉伸时的应力应变曲线 对基于图像的不同粗糙度网格模型进行对比分析发现,网格尺寸对混凝土压缩和拉伸情况下的影响不显著。粗糙网格有 393157 个节点和 2284750 […]

利用多孔介质和数字岩石研究孔隙尺度流动模拟的参考和基准

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概述 数字岩石物理(DRP)是一种快速发展的多学科工具,可用于计算岩石性质(如孔隙率、渗透率、地层因子、I-Sw 曲线、毛细管压力曲线和相对渗透率),并采用高分辨率图像(如 x 射线计算机断层扫描、扫描电子显微镜)表征微观结构。 在某些情况下,DRP 可以起到补充作用,取代实验室中相对缓慢且昂贵的测量和根据经验趋势获得模型的需求。此外,将岩心柱上的 DRP 工作流程与同一柱体上的物理测量相结合,可以在更大长度范围内实现更可靠、更详尽的地层评估和表征。本研究对包含理想化和异质化的不同微观结构进行图像处理,利用多种不同数值模拟方式计算渗透率并对结果进行比较。 图1:典型的 DRP 工作流程 亮点 采用 36 个包含理想化和异质化的微观结构使用 12 种不同的数值模拟方式计算渗透率对于比较各种数值模拟的速度和精度具有重要参考意义 理想化微观结构和数字岩石 在这项研究中,使用 36 个微观组织生成绝对(单相)不可压缩渗透率的数值参考,其中包含一组具有不同横截面形状、直径(固定值及其正弦变化)的管道结构,5个 2D 岩石结构,1 个球体填充结构和 5 个由 micro-CT 扫描获得的数字化 3D 岩石结构。这些结构的孔隙空间复杂程度不等,除球体填充 Sp.pa. 外,其余结构均为 10243 体素。选择这些样本是因为它们涵盖了可能遇到的组合和纹理的范围。 表1:微观结构名称、孔隙率、图像和体素大小 2D 管道:12 个结构内有一个与流动方向垂直的相同截面管道,截面形状分别为不同尺寸的圆、正方形、三角形、六角形;2D 正弦管道:12 个由以上形状沿流动方向呈正弦变化的三维结构; 图2:4 种不同的截面形状 图3:横截面为圆形及其沿流动方向正弦变化的三维结构图示 2D 混合:1 个结构内有一个与流动方向垂直的相同截面,截面为 4 个直径不同的圆形; 图4 2D 岩石:5 个由二维岩石结构沿流动方向延伸得到的三维结构; 图5 球体填充:1 个在 x、y、z 方向上都是一组相同球体的三维结构;3D 岩石:5 个硅质碎屑岩的三维数字岩石,分别来自 Berea(Rock 1 和 Rock […]

通过 CT 扫描和仿真优化点阵结构的支架

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高价值应用中的零部件通常需要优化以实现减轻重量、降低成本和提高性能。在这个过程中,部件的虚拟检测和建模对于初期理解设计问题是非常重要的,还可能因此在之后起到节约成本的作用。 近期我们与北极星成像(NSI)和 ANSYS 合作开发了一种简化从三维计算机断层扫描(CT)数据到机械模拟复杂过程的解决方案。使用 Simpleware 工业 CT 软件连接图像数据和仿真,分析增材制造(AM)零部件与原始设计间的差异。 关键问题在于这两个零部件是否存在任何设计差异,以及其如何影响实际性能。 获取零件结构 工作流程起始于匹兹堡大学 Albert To 教授团队的一个项目,利用 ANSYS 重新设计了带有轻量化点阵的支架结构。通过 EOS 直接金属激光烧结(DMLS)打印机制造钛铝合金模型,然后在 NSI 的实验室进行 CT 扫描,2 小时内可获得高质量的模型图像数据。 图1:匹兹堡大学通过增材制造生产的钛合金支架,CT 图像数据堆栈由 NSI 扫描获得 Simpleware 中的 CT 图像处理 将 CT 数据导入 Simpleware 软件进行图像处理和生成高质量模型,利用软件重现“制造件”的结构。在 Simpleware 中生成的体积网格可直接用于仿真,减少了在有限元(FE)求解器中重新对分割图像数据进行网格划分的耗时工作流程。 图2:在Simpleware软件中生成的高质量网格 比较 CAD 设计和基于 CT 的模型 在 Simpleware CAD 中比较扫描的“制造件”与原始理想化的 CAD 设计之间的偏差。使用标注、自动配准和偏差分析工具检测零部件之间的细微差异,包括增材制造过程中可能引入的缺陷。 图3:在 Simpleware 中使用颜色映射展示原始 CAD 结构和基于图像 STL 间的偏差分析 检测和仿真 将 Simpleware 软件生成的体积网格直接导入 […]

麻总百瀚 | 听觉系统的生物多尺度多物理场研究和医学人工智能

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Simpleware厂商采访了哈佛大学医学院和麻总百瀚麻省眼耳医院的 Hamid Motallebzadeh 博士,了解他在计算生物力学和耳朵方面的研究工作。Hamid 作为 Simpleware 软件的长期用户,已经成功地从解剖学数据中创建了一系列针对不同应用的模型。显然地,无论是提高植入物的有效性或是应用人工智能研究耳朵,Simpleware 软件都发挥了重要的作用。 Hamid Motallebzadeh博士 哈佛医学院耳鼻咽喉头颈外科(OHNS)讲师,麻省眼耳医院研究员。具有计算生物力学专业背景,目前的工作重点是声学、听觉力学和新生儿听力筛查,研究方法包括听觉系统的多尺度多物理生物力学和医学人工智能。 研究内容 主要是开发计算模型解释实验数据,以及理解和预测因测量受到限制而无法进行实验研究情况下的系统行为。目前由 NIH(美国国立卫生研究院)支持的在研项目中涉及从数值模拟生成合成的数据集,特别是用来训练机器学习算法的有限元模型,从而推断中耳状态。 Simpleware的应用 构建有限元模型的第一步是创建感兴趣系统的几何结构。听觉系统的几何结构通常由分割 CT 或 micro-CT 图像获得。2016 年在哈佛大学医学院做博士后相关课题研究时,我研究过几款可以分割临床图像的软件。Simpleware 就是其中之一,鉴于其先进的功能、友好的环境界面和高效的客户服务,我们团队最终决定采购。在此之后,我们就一直使用 Simpleware 重建生物系统模型,不仅用于计算模拟,还可用于结构分析和插图。 头部模型的重要性 我们正在进行以及计划中的项目研究都需要用到完整的头部模型,如骨传导听觉通路和听力植入物及其与周围骨骼的相互作用。由于复合波穿过颅骨的传播方式和受试者的变异性,这种性质的实验测量即使能够实现,也是非常具有挑战性的。此外,在尸体标本上无法研究活性骨的建模和改造过程,借助于有限元建模这种有前景的方法可以研究骨锚式听力植入物的长期表现和活性骨整合过程。 在我们设计的几项包含完整头部有限元模型的项目中,一种是通过颅骨绘制 3D 振动传递模式,长期目标是设计更有效的植入物和外科植入。另一个项目是无创地监测和量化术后骨整合过程,确定骨骼-植入物整合连接外部处理单元的完成情况。这项研究采用了专用于听力植入物的高频振动下骨骼建模和改造结构的机械静态理论计算模型。 未来发展和挑战 我们目前的重点是开发包括固有解剖变异的有限元模型,思路是模拟中耳的正常和病理情况,并生成一个大的合成数据集,所得数据将用于训练从临床数据中推断中耳状态的机器学习算法。在开发这些中耳 3D 结构方面存在着许多挑战,耳膜厚度等精细的结构特征与 μCT 图像的体素尺寸大小相似。因此分割通常需要由人工完成,耗时且比较依赖于建模者的经验。而且不同部位的灰度值过于接近,交界处也不是很清晰,对自动分割的开发也是一个难题。 参考 致谢和更多信息请参考英文原文:https://www.synopsys.com/simpleware/news-and-events/harvard-medical-school.html

个性化模拟去骨瓣减压术

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需要进行侵入性脑手术的常见原因是来自肿胀变形产生的的致命压力。在这种情况下,神经外科医生会尝试通过去骨瓣减压术缓解压力,切开颅骨让大脑“膨出”。这种方法通常是基于个人经验,具有导致患者严重残疾的风险。在去骨瓣减压术中,大脑神经纤维即轴突有被切断的风险,因此该手术成为外科医生“最后的手段”。 斯蒂文斯理工学院、斯坦福大学、牛津大学、埃克塞特大学等在该领域都已取得了突破性的进展。研究人员开发的工作流程中,使用 Simpleware 软件处理医学图像和生成大脑的有限元(FE)模型,用以模拟不同条件下的开颅手术。这些方法的运用能够使神经外科医生深入地了解极端状况下的组织运动学,有助于规划开颅手术的形状和位置。 创建大脑模型 图1:由3Tesla扫描设备获得成年女性脑部 MRI 图像 大脑包含数十亿神经元和数万亿的突触,所以建模会非常困难。使用 Simpleware 软件通过分割大脑和颅骨的关键区域可以降低这种复杂性。从 3T 扫描仪(GE)获取成年女性头部 MRI数据,导入 Simpleware ScanIP 中进行图像处理,识别分割出感兴趣区域,如组织、小脑、皮肤和颅骨等。 图2:在 Simpleware 软件中创建的头部 FE 网格模型 接下来的挑战是从复杂的分割图像数据中生成可用于仿真的有限元模型。在 Simpleware FE 中利用专有算法同时对不同区域进行精细地网格划分,生成的网格模型可直接用于仿真求解器,无需其他任何后处理。 模拟去骨瓣减压术 将有限元网格模型导入 ABAQUS ,研究具有两种不同颅骨开口的颅骨切除模型:单侧瓣和额部骨瓣。定义材料模型、边界条件、相互作用、约束后,分析不同的溶胀场景。模拟的目的是预测去骨瓣减压手术对大脑的机械负荷,包括白质组织和特定半球的最大体积肿胀。 图3:去骨瓣减压术计算模拟的矢状面和横断面及对应的左侧大脑半球肿胀 结果&结论 该方法研究了位移场、最大主应变以及径向和切向轴突拉伸的影响。模拟可以确定最佳的开口大小,从而控制压力和最大限度地减少轴突损伤的风险。颅骨开口边缘处高强度拉伸的结果表明,预计较大的颅骨切口会减少和分散在大脑中的轴突负荷。研究还发现,打开肿胀同侧的颅骨会产生更好的患者预后。 图4:三种不同脑肿胀场景的中线移位 个性化的头部和大脑模型是改善去骨瓣减压手术效果的有效工具。神经外科医生受益于能够获得辅助术前规划的新数据,同时不同场景的模拟可以实现针对特定患者的手术方案。更长期的临床影响包括减少手术并发症和需要进行的实验测试。在未来,该工作流程可以扩展到任何涉及脑损伤、撞击以及电磁(EM)治疗的场景中。 参考 致谢和更多信息请参考英文原文:https://www.synopsys.com/simpleware/news-and-events/simulating-brain-surgery.htmlWeickenmeier, J., Saez, P., Butler, C.A.M., Young, P.G., Goriely, A., Kuhl, E., 2017. Bulging Brains. Journal of Elasticity, 129(1-2), […]

南京大学鞠熀先课题组提出双激发态电化学发光机制并用精氨酸修饰黑磷量子点增强发光强度(Nat. Comm. 2022)

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电化学发光(ECL)过程中的激发态是通过电活性物质与电极之间发生电子传递形成的中间体自由基之间发生电子转移反应产生的。通常,激发态物种可以是1R*或者3R*。根据自旋统计规则, 1R*和3R*的比值为1:3,从最低激发三重态(T1)到基态(S0)是非辐射跃迁。因此,ECL发光体的最大量子效率仅为25%,这限制了ECL过程中辐射能量的充分利用。热激活延迟荧光过程可以实现3R*到1R*的快速反系间窜越,从而充分利用单线态和三线态激子。但是,热激活延迟荧光过程通常仅在最低激发单重态(S1)和T1之间的能隙足够小(约0.1 eV)时才能发生。近期,南京大学生命分析化学国家重点实验室的鞠熀先教授研究团队用黑磷量子点(BPQDs)作为ECL发光体,实现了同时从S1到S0和T1到S0发生辐射跃迁产生ECL。 BPQDs在2014年首次由块状黑磷制备(Angew. Chem., Int. Ed. 2015, 54, 3653−3657),已广泛用于光热治疗、电催化和柔性器件等领域。BPQDs和黑磷纳米片的ECL已受关注,但空气中的氧化降解使黑磷纳米材料表面存在氧化缺陷,严重影响其光学和电学性能。在该工作中,作者用溶剂热法制得直径4 nm左右的BPQDs(图1),提出一种精氨酸(Arg)钝化BPQDs氧化缺陷的策略。精氨酸通过其胍基的离域正电荷与BPQDs表面氧化缺陷的负电荷间的静电和氢键相互作用结合,提高了BPQDs的水溶性、稳定性、可修饰性和ECL性能。 图 1. 精氨酸修饰前(BPQDs,蓝色)后(R-BPQDs,红色)的电镜与谱学表征 在阴极共反应剂K2S2O8存在时,R-BPQDs/GCE在−1.20 V出现ECL峰,其强度比BPQDs/GCE高25倍,阴极ECL效率比BPQDs高3.2倍。BPQDs和R-BPQDs的ECL光谱都表现出双发射的性质,其波长与它们各自的荧光和磷光峰位置一致。因此,BPQDs和R-BPQDs具有同时从S1到S0和T1到S0发生辐射跃迁产生ECL的性质(图2)。根据精氨酸与BPQDs的氧化缺陷之间的静电和氢键相互作用,作者用AMS软件ADF模块进行密度泛函理论计算,验证了精氨酸的重要作用。氧化缺陷导致BPQDs的最高占据分子轨道(HOMO)局域在缺陷位置,阻碍电子转移,因此降低了发光强度。在精氨酸修饰钝化表面氧化缺陷后,R-BPQDs的HOMO移动到中心位置,从而改变了电子跃迁途径,使HOMO与最低未占据分子轨道(LUMO)的空间重叠更大,明显提高了发射强度和电荷转移能力。通过比较不同氨基酸修饰BPQDs后的ECL变化,作者认为R-BPQDs的阴极ECL增强归因于精氨酸中吸电子胍基的存在,它稳定了邻近的电子注入R-BPQDs的LUMO后产生的R-BPQDs阴离子自由基R-BPQDs•−。 图2. 精氨酸修饰BPQDs前后的阴极ECL机制 为了将R-BPQDs的ECL用于生物分析,作者用含有精氨酸的多肽(精氨酸-精氨酸-甘氨酸-天冬氨酸-丝氨酸,RRGDS)代替精氨酸修饰BPQDs,合成RRGDS-BPQDs,其中RGDS可以特异性识别整合素αV/β3,并将RRGDS-BPQDs共价连接在多壁碳纳米管修饰的GCE上,利用RGDS将细胞膜表面富含整合素αV/β3的A549细胞结合到电极表面,开发出一种用于评估整合素抑制剂抑制效率的灵敏ECL方法,证明了BPQDs的ECL以及激发态调节策略的实用性。该工作提出的ECL激发态调节新策略为解密ECL机理提供了新途径,并拓宽了纳米ECL发光体的应用。 上述相关成果已以“Arginine-modified black phosphorus quantum dots with dual excited states for enhanced electrochemiluminescence in bioanalysis”为题发表于Nature Communications(DOI: 10.1038/s41467-022-35015-9)。博士生于思琦和博士后杜宇为该工作的共同第一作者,鞠熀先教授为通讯作者。 鞠熀先教授课题组长期从事纳米发光体的ECL及其生物传感应用研究:首次在水相体系研究QDs的ECL性能,并将其用于共反应剂的化学传感(Anal. Chem. 2004, 76, 6871–6876),制得第一支量子点ECL生物传感器(Chem. Commun. 2007, 404–406),构建了QDs的能量转移、电子转移、表面缺陷、自生共反应剂、共反应剂消耗等ECL新机制,发现了新的ECL共反应剂,建立了小分子、DNA、蛋白质和糖基的ECL检测方法,研制出低ECL电位的量子点。随后,该研究组设计合成了多种具有ECL性能的无机纳米颗粒,如g-C3N4纳米片、钴基MOF、电活性MOF、鲁米诺或Ru(bpy)32+负载的纳米复合材料、双稳定剂封端的Au纳米簇和铜掺杂的铽MOF等,提出新的ECL生物传感机制(Angew. Chem. Int. Ed. 2020, 59, 10446-10450; J. Am. Chem. Soc. 2021, 143, 3049-3053; Anal. Chem. 2021, 93, 14878)。近年来,鞠熀先教授通过合成噻咯-咔唑偶联的聚合物量子点(Pdots)和钌联吡啶掺杂的Pdots,提出了双ECL增强策略,发展了电子受体-电子供体-聚集发光基团偶联的高效ECL发光体和Pdots双分子内共振能量转移的ECL体系,构建了金属离子和多种疾病标志物高通量可视化成像检测方法,用合成的共反应剂内嵌高ECL效率的Pdots,实现了单个活细胞膜蛋白与单细胞分泌物的无试剂ECL成像检测(Angew. Chem. Int. Ed. 2021, 60, 197; Biosens. […]

 
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