ADF软件高级培训暨计算化学与计算材料学研讨会(免费)

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2015年5月13日,国家超级计算深圳中心与费米科技将举办为期1天的“ADF软件高级培训暨计算化学与计算材料学研讨会”。将为大家提供一个计算化学领域面对面讨论与交流的机会。 培训班邀请国际著名计算化学专家Fedor Goumans博士为研究者深入讲解ADF软件在科研中的运用技巧,同时邀请国内从事计算化学研究的专家分享详解计算化学领域最新进展。 同期的培训班将为大家详细讲解并演示ADF软件的基本操作以及高级技巧。培训期间国家超级计算深圳中心会提供临时应用账号,用于登陆超算中心主机。请自带笔记本电脑,体验ADF在超级计算中心的高速运行。 主讲教师:Fedor Goumans博士 ADF开发组  高级技术支持 荷兰自由大学计算化学博士、伦敦大学学院博士后,在计算化学领域有丰富的科研经验,同时有很强的实验学科背景。 日期:2015年5月13日(星期三) 地点:国家超级计算深圳中心(深圳市南山区西丽大学城学苑大道1068号 西侧) 费用:免费(食宿交通等费用自理) 日程表:   在线报名:                 国家超级计算(深圳中心) 费米科技(北京)有限公司 2015年4月

ADF Highlight:龙虾煮熟为啥变红?(2005,JACS)

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参考文献: A. A. C. van Wijk,. A. Spaans, N. Uzunbajakava, C. Otto, H. J. M. de Groot, J. Lugtenburg and F. Buda, Spectroscopy and Quantum Chemical Modeling Reveal a Predominant Contribution of Excitonic Interactions to the Bathochromic Shift in α-Crustacyanin, the Blue Carotenoprotein in the Carapace of the Lobster Homarus gammarus. Journal of the American […]

ADF Highlight:稳定的缩醛胺金属配合物 (2005,Science)

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参考文献: Torsten Büttner, J. Geier, G. Frison, J. Harmer, C. Calle, A. Schweiger, H. Schönberg and H. Grützmacher, A Stable Aminyl Radical Metal Complex. Science, 307 (5707), 235 (2005). Grützmacher教授带领的ETH Zurich研究组,分离并表征了一种能够支撑稳定的N中心自由基的铑缩醛胺自由基配合物。文中使用ADF的相对论ZORA方法,Spin-unrestricted GGA计算超精细及核四极耦合。Grützmacher教授对ADF的评述:”The ADF calculations by our theoretician Carlos Calle played a crucial role in the EPR assignments”。   点评:对于过渡金属配合物,相对论效应往往比较重要,ZORA方法是ADF的特色功能。对于EPR的计算,采用Slater基函数能够提高精度。

ADF Highlight:锕系-惰性气体配合物、Au20 (2003,Science)

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参考文献: J. Li, B. E. Bursten, B. Liang and L. Andrews, Noble GasÐctinide Compounds: Complexation of the CUO Molecule by Ar, Kr, and Xe Atoms in Noble Gas Matrices. Science 295, 2242 (2002). J. Li, X. Li, H.-J. Zhai and L.-S. Wang Au20: A Tetrahedral Cluster. Science 299, 864 (2003). 西北太平洋国家实验室李隽博士(现任清华大学教授)及其合作者,使用ADF的相对论密度泛函研究了锕系-惰性气体络合物 CUO(Ng)x (Science, 2002, 295, […]

ADF搜索过渡态典型案例

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ADF搜索过渡态典型案例 以F2与CH4的反应作为案例来阐释ADF搜索过渡态的计算过程(整个过程的文件下载点击此处) ADF搜索过渡态一般分为如下几个步骤: 优化反应物结构; 猜测反应路径(使用Linear Transit功能,以后简称为LT,让反应物通过某一个或两个参数的线性变化,到达产物); 计算Linear Transit得到的最高点(即近似的过渡态“鞍点”)的频率; 使用Transition State Search(以后简称为TSS)功能搜索真正的精确的过渡态; 计算TSS得到的过渡态的频率,校验是不是有且仅有一个虚频,并且该虚频对应的振动模式分别向反应物、产物方向振动; 从过渡态的虚频沿着正负方向振动一帧(或三帧)分别得到倾向反应物和产物的结构,分别优化之,分别得到反应物和产物的稳定结构,并与一开始设想的反应物、产物结构对比,从而确定是单步反应还是多步反应。

关注ATK2015:新功能

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ATK2015将于2015年中期发布,包含众多的新功能和性能提升,敬请关注。 器件计算 从弹性散射计算迁移率(演示教程) 非弹性散射(演示教程) 更方便的作局域态密度在z方向的变化图(用于作器件的能带图) 通用计算 DFT计算的虚晶近似(VCA,Virtual Crystal Approximation) MGGA-TB09在不同区域取不同的C值,可以用于研究不同半导体材料或半导体-金属材料的界面。 新增动力学蒙特卡洛代码(与UT Austin Henkelman研究组合作开发)。 Mulliken电荷分布对象现在包括结构信息,可以更方便的可视化 从非极化计算得到的密度继续进行自旋-轨道耦合、非共线自旋计算 实现ELPA库调用,用来实现内存分布对角化,可以显著提升大体系的计算性能 支持UPF2格式(也支持用FHI赝势和基组进行自旋-轨道耦合) 更好的处理用长程经验势计算声子 分子动力学 用分子动力学粒子交换的方法计算热导率(演示教程)。 新NVT方法(Nose-Hoover),避免温度振荡,也支持局部温度控制,设置升温速率 支持其他代码 支持LAMMPS(2014已支持) 支持QuantumEspresso(2014已支持) 支持VASP MD结果显示(2014已支持) 增加用于生成Voronoi 多晶建模种子的工具 引入收缩的OMX基组 软件优化、速度提升 Builder中多数的功能都针对大体系有重要优化,尤其是 加载大结构文件速度大大提升 Device from Bulk  Interface Builder Passivation tool 针对GGA的FFT速度提升5倍,预期计算速度与LDA接近(可以使用小cut-offs) 增加用户直接定义FFT格点数目的选项,这对晶格常数变化的计算和晶格张力优化非常重要 初步实现并行化的系数矩阵对角化(FEAST) 分子动力学方法速度提升(NPT/Velocity Verlet提升两倍) 3D图形显示改进,更好的在大体系中选择删除原子,Builder现在可以轻松处理百万原子体系 修正等值面图和原子的透明度的渲染,更方便的调整等值面 增加显示、不显示键,提高显示速度 Viewer中可以重复结构、等值面和切面 增加了OpenBabel支持,VNL现在支持几乎所有的化学结构文件导入导出 更好的支持老型号的显卡 其他 新的试用license方案 BC方法改名为“Image-dependent pair potential” […]

计算荧光、磷光的寿命

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1,激发态的基本计算,参考“文献重现:锌酞菁的基态与激发态计算(第二部分)” 2,用户可以根据自己的需要(或文献的建议),修改泛函、基组。 3,对于计算寿命,更改为如下的特殊设置,即可得到相应的寿命数据: Main菜单的设置:Relativity (ZORA) 设为:Scalar Properties——Type of Excitations设为:Spin-Orbit (Pertubative) 在output文件中,可以搜索“tau”,即得到寿命数据(例如下图所示): 在各个不可约表示中,可以分别找到这些激发态对应的信息:例如是单重态或三重态等信息: 对于磷光或荧光,可以分别找到对应的数据。 备注: 荧光和磷光的吸收峰、发射峰的计算,参考“文献重现:锌酞菁的基态与激发态计算(第二部分)”即可,而在这些计算中,如果要同时计算寿命,参数则应做如上的改动。 Relativity (ZORA) 设为:Scalar,表示考虑旋轨耦合效应。考虑该效应之后,自旋不再是守恒量,而只是近似守恒,也即是说,不再有严格意义的单重态或三重态,而只是近似为单重态或三重态,分别对应荧光和磷光。因此根据用户自己关心的发光类型,去找到对应的近似单重态和近似三重态即可。 第一图中的All Spin-Orbital Coupling Excitation Energies列表为考虑 Spin-Orbital Coupling微扰之后的激发能,第二图中的数据在out文件中,出现在第一图数据之前,为考虑Spin-Orbital Coupling微扰之前的数据——在考虑Spin-Orbital Coupling微扰之前,自旋是守恒量,电子态是严格的单重态或三重态。 更多案例参见费米科技WIKI-ADF

 
  • 原位聚合限域实现高效蓝光钙钛矿 LED(Nature 2026)本文使用元宝 Hy3 preview 模型总结归纳 。 摘要 金属卤化物钙钛矿因其优异的光致发光特性,已成为颇具前景的发光二极管半导体材料。然而,其性能仍受限于在衬底上原位合成钙钛矿纳米晶过程中“高结晶度”与“小尺寸”之间的固有矛盾。本文报道了通过原位聚合驱动的纳米晶限域策略,合成了由高质量纳米晶组成的钙钛矿薄膜,从而实现了高效的蓝色钙钛矿发光二极管。原位形成的聚合物网络在钙钛矿纳米晶生长过程中施加了纳米尺度的空间限域作用,使纳米晶兼具小尺寸和 83% 的高光致发光量子产率。此外,具有足够配位位点的可聚合单体延长了钙钛矿团簇的晶格重排时间,从而提升了纳米晶的结晶度。所合成的钙钛矿纳米晶用于制备发光二极管后,在 491 [...]
  • 面向亚 5 nm MOSFET 的 Si 兼容高性能二维纳电子器件研究背景 随着集成电路器件尺寸持续向亚 5 nm 尺度推进,传统硅基 MOSFET 在短沟道效应、量子隧穿及功耗控制等方面面临严重瓶颈,难以满足未来高性能与低功耗芯片的发展需求。如何在极限尺度下实现高驱动电流、低泄漏及良好的栅控能力,并能够与现有硅基工艺相兼容,有效利用现有器件制造技术,成为下一代晶体管研究和应用亟须解决的关键问题。 研究内容 该研究针对超短沟道 MOSFET 性能提升这一核心问题,基于一类具有硅基工艺高度兼容性的二维单层材料 MNH2(M N = C Si Ge),在保证高载流子输运能力的同时实现与现有工艺体系的良好兼容,为器件实际应用提供基础。该工作系统地开展了器件物理与量子输运研究,并构建适用于亚 5 nm 尺度的双栅 MOSFET 模型,深入分析其输运特性与性能极限。 [...]
  • 基于统计形状模型的成人二尖瓣形态变异概述 二尖瓣反流(MR)影响着全球超过 2400 万人,是发病和死亡的主要原因之一。若不及时治疗,可能会进展为心房颤动、肺动脉高压,最终导致心力衰竭。经导管二尖瓣置换术(TMVR)因二尖瓣解剖结构的复杂性和高度变异性而面临独特挑战。为确保手术成功,TMVR 器械必须实现安全锚定、有效封堵和左心室流出通畅。然而,目前的临床前设计范式因对人群水平的二尖瓣解剖变异性认识不足而受到阻碍。 统计形状模型(SSM)为量化解剖结构变异性和构建具有代表性的 3D 解剖虚拟患者队列提供了一个稳健的框架,可作为生物力学计算机模拟临床试验的基础。本研究利用 72 例成人的前瞻性心电门控对比增强冠状动脉 [...]
  • 铜/银立方八面体团簇对卤素阴离子的封装机制及光电性质调控研究背景 在纳米材料科学的前沿领域,原子级精确的贵金属分子团簇因其卓越的稳定性和明确的结构,被视为构建新型功能材料的理想基石。通过引入阴离子作为模板剂,引导金属纳米团簇形成独特的笼状空间构型,并以此为平台深入探究“结构-性能关系”。然而,相比于研究较深入的金纳米团簇,铜与银团簇,尤其在阴离子封装特性上的对比研究仍显不足。近日,知名学者 Alvaro Muñoz-Castro 在无机化学领域权威期刊 Inorganic Chemistry 上发表了题为 “Copper and [...]
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