氟化氢刻蚀二氧化硅的ReaxFF分子动力学模拟

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首尔大学化工学院化学与生物工程学院、韩国国民大学高级材料工程学院,最近开发了一个用于Si/O/H/F系统,以模拟HF刻蚀剂刻蚀SiO2的ReaxFF力场。其中,利用DFT计算得到的训练集,包括反应物/产物的结构、键离解能、价角畸变、SiO2团簇与SiO2板与HF气体的反应等,对ReaxFF参数进行了优化。使用ReaxFF计算的结构和能量与QM训练集很好地匹配。 作者利用该力场,对活性HF分子对SiO2衬底的刻蚀过程进行了分子动力学模拟。研究了不同入射能量下,HF刻蚀剂的刻蚀率和反应产物数。这些模拟表明,该力场对SiO2刻蚀过程中原子表面反应,能够很好的描述。AMS的Molecule Gun功能能够模拟刻蚀模型。 AMS中包含拟合、优化ReaxFF的功能,帮助用户自建新力场,但该功能要求用户对反应、数值拟合有一定的了解。 参考文献: Dong Hyun Kim, Seung Jae Kwak, Jae Hun Jeong, Suyoung Yoo, Sang Ki Nam, YongJoo Kim*, and Won Bo Lee*, Molecular Dynamics Simulation of Silicon Dioxide Etching by Hydrogen Fluoride Using the Reactive Force Field, ACS Omega 2021

AMS 2021版发布

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从AMS2020开始,AMS诸多功能由AMS驱动各个模块完成,例如频率计算,算法由AMS实现,可以使用该算法调用不同模块完成频率计算。其他功能,例如NEB过渡态搜索、巨正则系综蒙特卡洛模拟、Force Bias蒙特卡洛模拟、分子动力学模拟、势能面扫描等也是如此。因此2021版以及以后的版本,将在驱动算法、ADF等各个计算引擎两方面均会有所改进。 AMS驱动 自动反应路径搜索:AMS驱动中的新功能PES exploration,在调用不同计算引擎时,能够自动帮助用户发现过渡态和局部极小值 Process search:找到极小值和连接它们的过渡态 Saddle search:寻找附近的过渡态 Basin hopping:寻找局部极小值 Landscape refinement:支持用户使用不同的理论,精修先前定位的过渡态和能量极小值点 Binding Site:确定并可视化簇或表面上的结合位点 PES Exploration相关教程:hydrohalogenation、water dissociation on ZnO(10-10). 添加球形电位墙:该势在墙内为0,在墙外存在向内推的力,具体使用方法与势的形式,参考说明书 D4色散修正,从仅仅支持ADF扩展到支持ADF、BAND、DFTB force bias Monte Carlo:对所有模块均支持(AMSinput – Model – force bias MC (fbMC) ) 力场:ForceField的速度提高了2-3个数量级 ParAMS:用于拟合DFTB、ReaxFF参数 ADF 极化力场:QM/FQ Quantum Mechanics/Fluctuating Charges 非弛豫偶极矩激发态 激发态间跃迁偶极矩 快速激发态、吸收光谱计算 – POLTDDFT:增加了大量元素,适合大多数元素 r2SCAN-D4 泛函 Eigenvalue-only self-consistent GW (evGW) 适用于多体微扰理论的新TZ3P和QZ6P基组 新的配体场DFT(LFDFT)光谱计算:ESR g-tensor doublets, XMCD BAND r2SCAN-D4 […]

采用理论模拟、在线光电离质谱和热重-DSC-红外-质谱揭示N-脒基脲二硝酰胺盐的热解机理(Combustion and Flame 2021)

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N-脒基脲二硝酰胺盐(GUDN)由于高能量和低感度受到了研究者的关注。含能材料的热分解动力学行为研究对其实际应用具有重要的作用。然而,在实验技术上确认反应活性中间体仍然是有待解决的问题。本文作者通过ReaxFF反应分子动力学联合在线光电离质谱和热重-DSC-红外-质谱阐明了GUDN的热分解机理,构建了GUDN热分解网络。结果表明:GUDN热分解的主产物包括CO2、N2、H2N2和NH3,少量产物包括H2O和HN2,产物NO2,NO和CO仅参与初始生成和中间体转化反应。本研究可为探索热动力学参数和进一步建立点火模型提供一定的理论基础。 此项研究中分子动力学模拟在AMS(Amsterdam Modeling Suite,原ADF)软件ReaxFF模块中完成。 参考 原文:Liping Jiang, Xiaolong Fu, Xuezhong Fan, et al. Combustion and Flame. 2021, 229, 111406. 案例:ReaxFF-燃烧:甲烷燃烧过程模拟https://www.fermitech.com.cn/wiki/doku.php?id=adf:simplemdofreaxams 本文由西安近代化学研究所姜丽萍博士、付小龙研究员供稿。

使用巨正则系综反应力场模拟铂电催化剂的氧化与失活(Small 2019, Angew. 2017)

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铂基纳米颗粒电催化剂是目前应用领域最广的氧还原催化剂,在金属-空气电池,等离子体催化,以及质子交换膜燃料电池等领域均有应用。由于贵金属成本高昂,燃料电池要得到广泛应用,就必须优化这些贵金属材料的使用效率。目前最主要的努力方向,是增大阴极氧还原反应活性,以及通过最大限度地减少失活、减少Pt负载提高寿命。与非铂族金属形成合金,或者通过改变催化剂纳米粒子形状,裸露不同类型的表面、边缘、扭结以及其他低配位位点,从而控制反应活性和选择性,都非常有效。 在这些研究中,计算模拟扮演了非常重要的角色。冰岛大学(UI)Donato Fantauzzi课题组与德国卡尔斯鲁厄理工学院(KIT)Timo Jacob课题组,通过理论模拟与实验结合研究表明,近环境压力下单晶Pt(111)面上确实存在稳定的表面氧化物,并且对其电催化行为有潜在的影响。Seriani等人通过DFT计算表明,数层Pt3O4在Pt(100)表面具有热力学稳定性,并对甲烷再离解具有催化活性。深入研究表面氧化物对催化的影响,对提高材料催化活性意义重大。 Donato Fantauzzi课题组与Timo Jacob课题组使用了巨正则系综(GCMC)与反应力场(ReaxFF)相结合的方式,研究了铂纳米粒子的氧化。模拟模型为2~4nm的立方颗粒,该尺寸与燃料电池中实际使用的尺寸相当。尺寸过大,计算成本也会更大,尺寸过小可能导致该力场有效性得不到保证(原因详见原文)。通过两相热化学(2PT)方法得到显式溶剂化和热化学贡献,确定了热力学上最稳定的氧化物结构,进一步得到了更精确的能量数据,并使用扩展从头算热力学(EAITD)构建了电位相关相图。 结果表明,铂纳米颗粒的氧化始于纳米粒子的边缘和顶点,(111)面表现出令人惊讶的抗氧化能力。与标准氢电极(SHE)相比,在0.8~1.1 V之间(与典型燃料电池环境一致),表面氧化结构是稳定的。这表明,干净的金属表面可能不适合作为铂氧化催化剂的模型体系。完全氧化后,纳米颗粒裂开成Pt6O8单元。DFT计算发现这些[Pt6O8]4-具有高稳定性、亲水性。因此认为[Pt6O8]4-承担了燃料电池中离子铂的输运,从而对燃料电池催化剂失活扮演了重要角色。 文献: Growth of Stable Surface Oxides on Pt(111) at Near‐Ambient Pressures, Dr. Donato Fantauzzi Sandra Krick Calderón Dr. Jonathan E. Mueller Mathias Grabau Dr. Christian Papp Prof. Dr. Hans‐Peter Steinrück Dr. Thomas P. Senftle Prof. Dr. Adri C. T. van Duin Prof. Dr. Timo Jacob, Angew. Chem. Int. Ed., 2017, 56, 2594 […]

ReaxFF分子动力学模拟药物释放过程(Phys. Chem. Chem. Phys., 2019)

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最近,一项实验和计算模拟联合研究表明,ReaxFF可以真实地描述功能化的金纳米颗粒,从理论上理解和预测抗生素的释放。这为ReaxFF分子动力学模拟辅助开发可控的纳米粒子原位药物释放带来了希望。 作者使用ReaxFF对共轭壳聚糖-庆大霉素官能化的金纳米粒子在水溶液中的动力学行为进行模拟,研究了基质包埋对抗生素抗菌活性的结构和动力学影响及其释药机理。 模拟体系:约200000个原子(水分子:40000)。图中:柠檬酸盐(棕红色分子)、壳聚糖(浅蓝色分子)和庆大霉素(绿色分子)。 S. Monti, J. Jose, A. Sahajan, N. Kalarikkal, and S. Thomas, Structure and dynamics of gold nanoparticles decorated with chitosan–gentamicin conjugates: ReaxFF molecular dynamics simulations to disclose drug delivery, Phys. Chem. Chem. Phys. 2019,21, 13099-13108

ReaxFF Highlight:化学气相沉积形成氮化硼晶核( J. Phys. Chem. C,2018)

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文献资料:B. D. McLean, G. B. Webber, and A. J. Page, Boron Nitride Nucleation Mechanism during Chemical Vapour Deposition, J. Phys. Chem. C 122, 24341 (2018) 澳大利亚Newcastle大学的研究人员,使用非平衡的ReaxFF分子动力学模拟,首次展示了氮化硼(BN)纳米结构,通过氧化硼化学气相沉积(BOCVD),在原子水平上如何形成。这些模拟结果修正了以往实验中所建立的BN生成机理:H2和H2O蒸气的形成,在相互独立、相互竞争的反应通道发挥着关键作用。而实际上,H2O的形成促进了BN键的形成和BN环的缩合,而H2的形成则促进了BxOx链的自组装形成B纳米催化颗粒。BN最初形成一种高度缺陷、几乎无定形的材料,之后逐渐“愈合”成清晰的网络结构。这种过程发生在纳秒时间尺度(和更长的时间)上,使得ReaxFF成为研究它们的理想方法。 本文使用Amsterdam Modeling Suite中的ReaxFF模块完成。 用户可以自行下载分子结构尝试: B2O2 B2O2 + NH3 NH3 + BxOy with a higher B/O ratio

文献重现:ReaxFF计算环氧聚合物的力学性质(杨氏模量、屈服点、泊松比)

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参考文献 Radue, Jensen, Gowtham, Klimek-McDonald, King and Odegard, J. Polym. Sci. B, 56, 255-264 (2018) 注意: 本功能要求软件版本号≥ADF2017.213,最新开发版下载(点击) 本案例较为耗时,16核并行计算,约1天内完成。 本文分子结构由Matthew S. Radue提供,这种纠缠交叉结构,可以通过2017版中尚未发布的一个新功能生成。分子结构下载(点击) 中文教程:ADF Modeling Suit知识库(请点击)

ADF中ReaxFF的新功能:局域温度分布、原子电荷分布的可视化

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ADF最新开发版r63428(最新开发版下载地址:https://www.scm.com/support/downloads/development-snapshots/),能够计算原子的温度以及在空间上的均值,并自动保存在轨迹文件中。该功能通过在*.run文件中control区域添加如下两行内容开启: 1 localt Request local temperature averaging between atoms 3.0 localr Set the awarness radius to 3.0 Å (Default 5.0) 其中1 localt表示开启该功能;3.0 localr表示设置局域范围半径设置为3.0埃,默认值为5.0埃。 通过ADFMovie窗口中,为每个原子着色,来表征原子的温度分布,不同颜色表示不同温度: 除了原子温度以外,如上图所示,还增加了加速度、压力、速度、原子电荷分布等数据的图形化显示。 例如下面的视频演示了温度梯度、热的波动情况: 该模型是用ReaxFF的分子枪功能,入射一个石墨烯球形分子到石墨烯片层上,导致的温度传递。分子枪功能参考:水分子在石墨烯表面形成水簇的模拟(分子入射、沉积)或者:https://www.scm.com/doc/Tutorials/ReaxFF/Bouncing_a_buckyball.html

ReaxFF教程:ReaxFF计算锂离子扩散系数

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最新的ADF2017在ReaxFF中增加了“通过轨迹直接计算”、“通过高温外推”两种方法,计算(致密)材料中离子扩散系数。 体系范例、流程参考文献: ReaxFF molecular dynamics simulations on lithiated sulfur cathode materials, Md Mahbubul Islam, Alireza Ostadhossein,  Oleg Borodin,  A. Todd Yeates,  William W. Tipton,  Richard G. Hennig,  Nitin Kumar  and  Adri C. T. van Duin* ,Phys. Chem. Chem. Phys., 2015,17, 3383-3393 本教程以LixS为例,计算锂离子的扩散系数。 技能要求 熟悉ReaxFF的基本操作(参考费米维基ADF知识库) 一点点命令行操作常识(需要在命令行执行2个命令处理结果,从而得到扩散系数。其中Windows系统参考:Windows如何进行ADF的命令行操作;Linux、Mac可以直接打开命令行,但前提是ADF的环境变量在当前命令行是生效的,否则找不到所使用的这些ADF内部命令) 将文本数据导入Excel表格(参考:如何从图谱中导出数据到Excel表格) 英文教程下载 请点击此处。 教程说明 第一节:从网上下载cif文件,导入ADFinput中,并Edit → Crystal → Map atoms to (0..1)适调晶格坐标,并使用NPT系综,进行低温“弛豫”的方法,优化结构 第二节:生成两种不同x值的LixS无定形结构 第三节:通过NVT系综进行退火:升温、迅速降温;之后用NPT系综使体系达到平衡(因为退火时,结构可能发生收缩,但由于NVT系综的晶格常数是不变的,因此这样的结构并不稳定,需要用NPT系综使其达到稳态)。教程中温度上升、下降是退火过程的结果;密度增大,是NPT模拟过程的结果 第四节:这里开始,正式计算扩散系数:基于前面得到的结果,再次进行NVT计算:1600K、110000 steps、10000 non-reactive steps。注意需要加一个关键词:1 itrout,也就是itrout这个变量赋值为1。MD完成之后,进入命令行,分别执行两个命令,从而最终在生成的*.log文件中得到扩散系数 […]

 
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