开源插件程序:在三维建模中赋予皮质骨和骨小梁不同的材料属性

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概述 骨小梁是一种海绵状的各向异性材料,将载荷从关节表面转移到更为致密的皮质骨。皮质骨的密度和刚度更为一致,处理重复的拉伸和压缩负载产生的压力。在模型中准确地定义这些材料的特性对于将医疗器械设计和手术原理转化为临床应用至关重要。骨科医疗器械通过提供骨骼愈合或关节功能的环境帮助患者康复,外科医生需要根据患者的骨质量、合并症及自身经验,为最佳植入物做出最准确的预测。 精准的计算模型可以使外科医生和医疗器械工程师能够模拟患者骨骼内每种植入物类型的性能,以便就植入物的设计、选择和手术技术做出更为明智的决策。本研究开发了一个利用骨矿物质密度通过定量计算机断层扫描(QCT)确定有限元分析(FEA)中材料属性的插件程序,与图像处理软件 Simpleware 结合简化了该方法的工作流程,可更方便于临床和研究的应用。 亮点 使用 Simpleware ScanIP 的图像处理和 Python 脚本编辑工具对 CT 扫描数据进行预处理。将单个 CT 体素的灰度值转换为杨氏模量开发的插件程序(PIP)以开源的方式共享 灰度值转换为杨氏模量的流程 输入骨小梁/皮质骨的截断密度及相应的灰度和 QCT 密度值将医学数字成像和通信(DICOM)格式的 QCT 值转换为湿表观密度湿表观密度值根据相应的组织转换为杨氏模量使用调整后的 DICOM 文件创建 3D 模型 方法 将扫描的体模 DICOM 图像数据导入 Simpleware 软件中,经过图像处理后分割为包含每个样本的圆柱体/圆盘。使用 Simpleware ScanIP 的灰度测量功能获取每个样本的平均灰度值,以 HU 为单位测量并将结果转换为 DICOM 存储的灰度值。通过对整个体模体积的 HU 进行采样(需要定义为组织等效电子密度样本),可以减少噪声的影响,并且结果可以更准确地表示整个体模的测量放射密度。 图1:研究体模中包含伪影的 DICOM 图像 使用 ScanIP 的 Profile Line 测量工具对每个灰度值进行采样,通过在样本中画线即可导出其灰度值。启动插件程序(PIP)后,提示输入灰度值和体模对应制造商定义的 QCT 密度,跟每个用户的 CT 扫描仪和体模相关。 PIP […]

非金属原子嵌入二维 GaN 双层中的半金属性研究(Appl. Phys. Lett. 2023)

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摘要 半金属材料是高效自旋电子器件的理想工质。常见的半金属材料大多含有过渡族金属,局域的d或f电子使其可能不适合未来的自旋电子学应用(如基于碳和有机分子的生物相容性电子器件和设备)。为了克服这一问题,人们提出了无过渡族金属的p轨道半金属材料,但是这些材料的制备往往需要严苛的条件,例如强外场或高载流子掺杂。南京大学陆海鸣副教授课题组与伊犁师范大学黄以能教授合作,采用第一性原理计算发现F插层的GaN双层(F-Ga2N2)是一种不受插层原子浓度影响的p轨道半金属材料,且其半金属性在双轴应变-10%~10%时都可稳定存在。该研究成果为未来自旋电子学应用提供了一种设计无过渡金属的半金属材料的新策略。 图1、F-Ga2N2的(a)几何构型、(b)PBE计算得到的能带图和(c)总态密度和分波态密度 通过第一性原理计算,作者发现F原子倾向于插层在上下两层Ga原子的中间(图1a),从能带图(图1b)可以看出自旋向上部分具有较大的带隙而自旋向下部分则是越过了费米面,因此F-Ga2N2呈现出了半金属性质,且半金属带隙高达0.688 eV。此处能带、态密度的计算,参考中文教程:https://www.fermitech.com.cn/wiki/doku.php?id=adf:halfmetallicity 结合分波态密度图(图1c)可以看出该材料的半金属性主要来自于N原子的p轨道,这可以解释为:F原子的插层弱化了Ga原子和N原子间的键合,增加了N原子的p轨道能量,从而使得本征GaN双层的价带顶上移越过了费米面。 图2、无磁态F-Ga2N2的(a)能带图和总态密度和分波态密度图 为了理解这种不同寻常的p轨道半金属性,我们首先计算了无磁态F-Ga2N2的能带图和态密度图(图2),得出其Stoner准则为3.445,表明该材料具有巡游铁磁性。构建4*4*1超胞后的铁磁态、反铁磁态和无磁态能量计算也证实了其铁磁性基态。 图3、不同插层浓度的F-Ga2N2体系的能带图 既然吸附/掺杂浓度通常会影响材料的电子结构,我们也研究了插层浓度对F-Ga2N2半金属性质的影响。当体系的插层浓度从前述100%降低到25%、11%和6.25%时,从图3可以看出插层体系的半金属性一直存在。 在器件设计中,二维材料通常由衬底支撑,两者之间的晶格失配引起的应变也会对二维材料的磁基态和电子结构产生影响。通过计算我们发现,F-Ga2N2的磁基态在双轴应变-10%~10%之间都没有发生变化,而且在10%的双轴拉伸时该体系的半金属性依然存在。 图4、不同双轴应变时的反铁磁-铁磁能量差DE = EAFM–EFM以及拉伸10%的能带图体系的能带图 总结 本文利用AMS软件的BAND模块,进行了F原子插层改变GaN双层电子结构和磁基态的研究。研究发现,不含过渡族金属的F-Ga2N2体系表现出了p轨道半金属性,其中部分填充的平带诱导的Stoner不稳定导致了铁磁有序,而强自旋劈裂导致了半金属性的出现。0.688 eV的半金属带隙使得该材料的半金属性在高温下依然可以存在。此外,鲁棒的半金属性不受插层原子浓度影响,且其在-10%~10%的双轴应变下也不会被破坏。 参考文献: Bai Pan, Like Lin, Yineng Huang, Linglu Wu, Sitong Bao, Haiming Lu, and Yidong Xia, Robust half-metallicity in non-metal atoms intercalated two-dimensional GaN bilayer, Appl. Phys. Lett., 123, 042106 (2023). (https://doi.org/10.1063/5.0156210) 感谢陆海鸣老师课题组供稿!

利用均质化分析验证改进 GFRP 平纹编织材料缺口压缩层间剪切试验方法的适用性

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概述 近年来,玻璃纤维增强塑料(GFRP)因其高比强度、优异的可加工性和可塑性,已被广泛应用于电子基板、船舶和汽车外饰零部件等领域,成为不可或缺的材料。GFRP 是一种具有各向异性的复合材料,根据施加应力的主轴方向表现出复杂的变形和断裂行为:拉伸、压缩、弯曲、面内剪切、层间和面外剪切或这些行为的组合。 使用计算机辅助工程(CAE)设计产品时,迫切需要能够单独评估各部件失效行为的测试方法。而在缺口压缩层间剪切强度试验中,层叠方向的试验片尺寸短至 3.5~6.5 mm。由于层间剪切应变集中区域很窄,无法获得剪切应变。本项目研究了改进的缺口压缩测试方法是否适用于平纹编织的 GFRP,通过数值模拟重现弯曲、剥离等受基体树脂特性影响较大的变形行为,准确掌握层间剪切特性。 亮点 根据 X 射线 CT 细观结构观察结果建立 CAE 分析模型从摩擦系数的角度针对试件的约束条件进行均质化分析测量值与分析结果吻合良好 准备参数 GFRP 平纹编织材料层间剪切性能评估 试样为厚度约 10 mm 的 GFRP 平纹编织平板,缺口槽间隙宽度设计为 1 mm。依次涂抹黑色和白色喷剂,形成随机图案样式。 图1:试样形状 采用岛津精密万能试验机 Autograph AGX-50kNV、非接触式引伸计 TRViewX 和 GOM Correlate 软件获得平纹编织 GFRP 的层间剪切应力-应变关系图。在剪切应力达到 30 MPa 前为线性关系,之后呈现非线性关系,50 MPa 左右屈服。由 0.1 ~ 0.3 % 应变与应力的关系,通过最小二乘法计算得到的层间剪切模量为 2546.1 MPa。在 10 ~ 40 MPa 下 DIC […]

【中南大学肖劲-仲奇凡教授课题组】锂离子电池用导电炭黑微观结构建模及基于ReaxFF与DFT的电化学反应机理研究(Energy & Fuels 2023)

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摘要 中南大学肖劲-仲奇凡课题组,通过高分辨率透射电子显微镜(HRTEM)、XRD、拉曼光谱和XPS实验检测,探讨了导电炭黑的结构特征。条纹的CB晶格长度大多<20Å,峰值约为10Å。条纹在0–360°处均匀分布,符合其“洋葱状”结构。总共堆叠了2-5层,平均堆叠数量为2.91,具有一定的顺序。弯曲条纹总长度的比例为67.13%,高于总数的比例(46.57%),表明弯曲条纹一般较长。然后通过构建CB(C11854)的洋葱状颗粒模型,结合FT-IR和XRD光谱计算验证了该模型的合理性。 作者同时在理论方面,采用基于反应力场的分子动力学(AMS软件ReaxFF模块)研究了CB和碳酸亚乙酯(EC)在锂离子电池中的电化学氧化行为。EC通过环内和环外O攻击CB,EC的分解产生CO2和C2H4。CB表面形成了各种O基团,EC和CB的破坏影响了电池的循环稳定性和寿命。在使用F2作为CB的保护后,EC的消耗减少,并且在CB表面仅形成少数O基团。这一结果为减缓CB和EC之间的电化学副反应提供了高精度的模拟支持。 扩展阅读: 中文详细解读:https://mp.weixin.qq.com/s/df7GchOCPdT_kVCdgKBNZw英文文献全文:Construction of a 3D “Onion-like” Model of Conductive Carbon Black for Lithium-Ion Batteries and Exploration of the Electrochemical Oxidation Mechanism of CB and Ethylene Carbonate via ReaxFF MD, Energy & Fuels. 2023, 37, 9, 6778–6790

I-FIT沥青混凝土的微观力学建模

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概述 柔性路面常用分析和设计方法的主要局限之一是缺乏适当的材料表征,即沥青混凝土(AC)的粘弹性、粘塑性、各向异性;颗粒材料的应力相关、各向异性;以及通过结构能力分析预测开裂导致的基底断裂响应和各种形式的破坏。AC 材料的应变响应会受到 AC 混合料微观结构特征的影响,如骨料的尺寸和分布、基体性能等。尽管实验和连续介质断裂模型可以通过计算断裂能、应力强度因子(SIF)或其他参数理解均质化响应,但并没有区分在裂纹尖端能够发挥显著作用的微观结构特征。 本研究使用微观力学有限元模型研究 AC 在半圆弯曲(SCB)断裂试验、伊利诺伊州柔韧性指数试验(I-FIT)过程中的行为;利用数字图像相关(DIC)技术计算的应变场及测量的全尺度应力对模型进行多步验证;建立微观力学模型评估骨料级配、骨料分布和空隙空间等微观结构特征对 AC 断裂行为的影响。 有限元模型 两个二维有限元模型(FEM):线弹性均质模型和粘弹性非均质微观力学模型,都通过平面应变有限元简化二维空间中的采样。 线弹性均质模型 遵循 AASHTO TP 124 在 ABAQUS 中表示荷载和几何形状。二维 I-FIT 模型如所示,直径为 150 mm,在中心处锯开一个长 15 mm、宽 1.5 mm 的缺口。采用平面应变假设,厚度为 50 mm。试件由两根相对于切口中心对称放置的无摩擦杆支撑,以 50 mm/min 的速率施加位移控制载荷。关于网格配置,缺口周围采用三角形平面应变单元,其余部分采用四边形单元。 图1:低密度聚乙烯(LDPE)试样(a)试验(b)FE模型 粘弹性非均质微观力学模型 对于粘弹性微观力学模型,由骨料和砂浆组成。假设骨料相为线弹性,弹性模量为 60 GPa;砂浆相定义为沥青结合料、空隙和过 2.36 mm 筛骨料的组合,设定为线性粘弹性。 采用两种方法定义 I-FIT 试样中的骨料分布:(1)基于实际 I-FIT 试样测试前获得的图像数据,导入 Simpleware 软件分割出不同的相;(2)基于 Python 脚本在 I-FIT 几何形状上创建随机骨料分布,与特定配料设计具有一致的骨料级配和体积比。 图2:骨料分布试样(a)DIC 和 […]

经导管主动脉瓣植入术中支架放置和旋转方向对假体小叶内应力的影响

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概述 主动脉瓣狭窄(AS)是一种瓣膜小叶钙化和结构扭曲逐渐抑制正常功能的疾病。AS 的常规治疗是外科瓣膜置换术(SVR),但因其极具侵入性,大约 31.8% 的患者被认为不适合该手术。因此,开发出一种替代的微创治疗方案即经导管主动脉瓣植入术(TAVI)。 TAVI 装置是个圆柱形支架,但在植入后会由于原生阀瓣上的钙化材料对支架施加不规则力引起局部膨胀。因此,变形TAVI装置内的小叶可能会承受增大的应力,导致装置过早失效。本项目通过计算分析,模拟一个完整的 TAVI 装置模型,并将其与由 CT 数据获得的主动脉根模型整合,随后进行压力模拟的心动周期。 亮点 在 Simpleware 软件中处理患者 CT 扫描数据,分割主动脉根部并与 TAVI 装置整合;在 ABAQUS 中模拟该装置的心动周期;通过将假体放置在不同角度方向的模拟评估对小叶应力的影响。 方法 获取 83 岁患者心脏舒张期的 CT 扫描数据,导入 Simpleware 软件进行图像处理,分割出主动脉根部、与退行性主动脉狭窄相关的小叶和 8 个钙化肿块。将基于 SAPIEN XT 的 TAVI 装置与主动脉根部整合,并生成高质量的网格模型。 图1:钙化肿块、主动脉根壁和主动脉小叶 然后在 ABAQUS 中模拟该装置的心动周期,重复 8 次,每次装置都相对原生瓣膜处于不同的旋转方向。装置的方向由原生小叶与假体小叶间的夹角定义,模拟的角度 θ 分别为0°、15°、30°、45°、60°、75°、90°和105°。 图2:TAVI 装置小叶(蓝色)相对于原生小叶(黑色)的旋转角度(绿色) 图3:完整 SAPIEN XT 和 NovaFlexþ 输送装置的计算模型 主动脉根部、主动脉、左心室流出道(LVOT)和原生小叶的密度为 1.1 g/cm3,瑞利阻尼系数为 α=800(β=0)。假设钙化肿块的密度为 2g […]

【Simpleware教程】壁厚分析

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在 Simpleware ScanIP 中可以使用壁厚工具对获得的掩膜或面模型进行厚度统计和 3D 可视化厚度分布。本教程将向您展示如何利用壁厚工具研究大脑皮层预分割区域的神经解剖学皮层厚度,该指标被认为与认知能力相关,可用于阿尔茨海默病等脑部疾病的诊断。 本教程所用数据文件路径 C:\Program Files\Synopsys\Simpleware\U-2022.12\Data\WallThickness 1. 生成表面渲染 点击File — Open 打开 CerebralCortex.sip 项目文件。 壁厚工具是使用 3D 视图中对象的三角曲面渲染计算和展示厚度分布。 确认 Dataset browser 下的 Grey matter 掩膜为可见状态。点击 3D preview — Model Setup — Setup model,打开 Model configuration 对话框。在 General 标签,选择 Binarise before smoothing 模式,勾选 Use smart mask smoothing,其他保持默认。在 Surface settings 标签,勾选 Use triangle smoothing for masks,设置 […]

基于三维数字模型的碳酸盐岩绝对渗透率的数值模拟与评估

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概述 盐下碳酸盐岩储层复杂的孔隙结构通常表现出多尺度非均质性,给理解流体流动动力学和生产优化带来巨大挑战。与岩心实验分析相结合的数字岩石物理技术已被广泛应用于研究和计算孔隙结构的物理性质和流体流动特征。本项目采用由 micro-CT 高分辨率图像获得的岩石多孔介质 3D 模型进行单相数值模拟,计算和评估盐下碳酸盐岩的绝对渗透率。 亮点 在 Simpleware 软件中基于 micro-CT 图像数据创建碳酸盐岩的三维模型并生成高质量的网格模型在 COMSOL 中进行单相流体流动模拟与实验常规岩心分析比较,评估预测的绝对渗透率 创建模型 碳酸盐岩样品来自巴西东北部的贝壳灰岩储层,是由沉积在高能湖相环境中的双壳类组成的颗粒岩,受多个成岩阶段的影响,形成了一个复杂的孔隙系统。选择三个露头岩心样品(PET-01、PET-02 和 PET-04))进行扫描,在 Simpleware 软件中重建岩石多孔介质的三维模型并生成网格模型,用于进一步的仿真。 图1:样品 PET-04(a)碳酸盐岩多孔介质三维模型创建过程(b)四面体网格模型 模拟 考虑到非均匀性和较高的计算成本,为减少网格模型中四面体单元的数量,进而缩减数值解收敛所需的计算量,本研究采用较为粗糙的网格。在 Simpleware 软件中对每个样品的不同感兴趣区域(ROI)在 0.6 到 4.9 cm3 范围内基于图像数据生成四面体网格。总孔隙度由孔隙系统体积和 ROI 在总体占比间的关系估算,有效孔隙率也通过选择连通孔隙结构的体积做类似推算。 图2:样品 PET-01 不同 ROI 基于图像生成的粗糙网格 为比较评价生成的网格,使用 Comsol 软件在多孔介质模型中进行单相流体流动的数值模拟,以收敛所需时间作为参考。假设流域场中的所有应变都与多孔介质有关,孔隙系统中的流体(液态水)具有恒定的温度和密度(模拟单相流体)、层流(斯托克斯流或蠕动流),并进行静态分析。数值模拟所需计算成本直接取决于 ROI 的自由度(DOF)和计算机硬件,考虑了阈值的变化和 ROI 体积,对预测的绝对渗透率进行评估。 结果 网格生成的预估时间与自定义精细化程度和 3D 模型结构的复杂性有关。对样品 PET-04 的 ROI 进行网格灵敏度研究。生成的粗糙网格包含 1,643,296 个四面体单元,精细网格有 7393,717 […]

是什么对谷胱甘肽保护的Au25纳米团簇的手性光学响应有贡献?(ACS Nano 2023)

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摘要 20多年前,Whetten 和他的同事在烃硫基金纳米团簇(RSAuNC)中发现了手性。从那时起,RS-AuNC 的合成、总结构表征以及电子和热学性质的实验和理论研究方面取得了重大进展。目前的观点认为,RS-AuNC 的手性可分为固有手性和诱导手性。当金属核本身具有手性,或保护性非手性配体手性排列,就会出现本征性,而第二种情况则涉及手性配体在金属结构上诱导手性的情况。此外,对这些原子精确体系的独特光学性质已经有过一些研究,当尺寸小于约 2 nm 时,表现出离散的电子结构。可以通过调整RS-AuNC 的尺寸、形状和组成,来调整其性质,因此在许多领域存在潜在的应用可能性,在催化,化学传感,光学器件,和生物医学领域,引起了大家的兴趣。 的里雅斯特大学、于韦斯屈莱大学的研究者们,通过整合分子动力学模拟、基本动力学分析和最先进的TDDFT理论计算(包括构象和溶剂效应)等多种方法,研究了水溶性谷胱甘肽保护的[Au25(GSH)18]-1纳米簇,评估和分析了[Au25(GSH)18]-1的紫外-可见CD光谱。分析结果表明,电子圆二色性不仅对溶剂的存在极为敏感,而且溶剂本身对这种体系的光学活性,起着积极作用,在团簇周围形成手性溶剂化壳层。 众所周知,实验吸收光谱对温度非常敏感,作者通过拆分 AuNC(片段1)和溶剂化壳(片段2)分子轨道(MO)对光谱特征的贡献来评估水的作用。实际上,使用 AMS 软件ADF模块中可用的片段分析后处理工具,可以了解哪些 MO 参与了整个体系构象异构体的 ECD 光谱的转变: 该工作展示了金属纳米团簇与环境之间的手性界面的一种研究策略,适用于诸如团簇和生物分子之间的手性电子相互作用。 参考文献 What Contributes to the Measured Chiral Optical Response of the Glutathione-Protected Au25 Nanocluster?, ACS Nano 2023, DOI: 10.1021/acsnano.3c01309

通过结构设计缓解锂离子电池阳极膨胀引起的力学退化

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概述 弯曲薄膜和涂层的体积膨胀力学在包括生物医学植入物涂层、热/环境障涂层以及电化学储能系统在内的各种技术中都发挥着至关重要的作用。每次的充电周期中,锂离子电池的硅阳极内可能会经历大量的活性物质膨胀,体积变化可以达到 300%,从而导致开裂、分层,从而严重降低性能。 缓解由持续膨胀和收缩引起力学退化的方法主要集中在复合电极配方的设计和开发、减小活性材料的尺寸和控制整体电极微观结构。在本研究中,使用有限元分析模拟硅包覆在 Spinodal、Gyroid、Inverse Opal、和 Schwartz P. 四种不同结构形态镍骨架上锂化过程中的体积膨胀,探索骨架结构对膨胀过程中力学退化的影响。 亮点 设计四种不同结构形态的复合电极使用 Simpleware 和 Abaqus 软件进行有限元分析探索骨架形态对膨胀过程中力学退化的影响 创建结构 设计四种不同的结构形态 Spinodal、Gyroid、Schwartz P. 和 Inverse Opal(IO)。其中 Spinodal 和 IO 可以通过合成路线制作,因此是研究的重点。Gyroid 和 Schwartz P. 则是理想化的数学定义表面,主要用于解释可缩放模型的形态特征如何影响膨胀过程中的力学响应。 通过方程构建 Spinodal 结构,将生成的体积分割成一组 2D 图像,导入 Simpleware ScanIP 并转换为 Spinodal 壳结构。在 ScanIP 中利用隐式方程创建 Gyroid 和 Schwartz P. 的原始形态壳结构,并为壳体每侧添加 1 μm 厚的Ni 涂层生成最小表面形态的 Ni 骨架,总厚度为 2 μm。Inverse Opal […]

 
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