参考文献： A. J. Atkins, M. Bauer, and C. R. Jacob, High-resolution X-ray absorption spectroscopy of iron carbonyl complexes, Phys. Chem. Chem. Phys.17, 13937-13948 (2015) X射线光谱技术已经成为广泛应用的探测过渡金属配合物的工具，测量能够精确到元素类别。传统的X射线吸收光谱（XAS）使用紫外-可见光，但是这种方法由于核孔的存在时间非常短导致光谱峰变宽。高能分辨荧光探测光谱（HERFD-XAS）通过减少这种误差可以显示光谱中的更多细节，从而提供了一种新方法。 在最近的羰基铁配合物的研究中，高能分辨荧光探测光谱（HERFD-XAS）技术的测量结果，在ADF软件中的TDDFT方法中得到了合理的解释。选择此类配合物是因为特征明显，是教材经典案例分子。TDDFT计算表明，前沿峰部分可以用来区分不同过渡金属金属配合物，特别是不同的铁-铁相互作用。结合不同的X射线吸收光谱法，可以为催化过程中识别配体环境、羰基铁配合物原位电子结构探测，提供一种独特的方法。

文献详解：芳香性、杂化情况、静电作用以及共价作用，在Adenine–Thymine碱基对及其类似模仿结构的共振增强氢键中的作用研究 原文：ChemistryOpen 2015, 4, 318 – 327 本文PDF版下载： [wpdm_package id=’2242′] 本文中ADF计算相关文件下载： [wpdm_package id=’2231′]   摘要：本文涉及的ADF计算功能包括： 二聚体分子几何结构计算； 成键轨道组分分析； 键能分解； 片段分析； 片段形成分子过程中电荷流向分析（VDD）； 查看分子轨道（MO）的形状、空间分布； 片段构成分子之后，电子在片段间的转移情况； 分子轨道（MO）投射到片段轨道（SFO）上的占据情况； 键能分解到各个不可约表示； 分析Pauli排斥的大小、轨道相互作用的大小、各个不可约表示中轨道相互作用的大小、色散修正的大小； 通过去掉特定对称性的空轨道，来得到特定对称性对能量（轨道相互作用能）、（VDD）电荷的贡献； 片段轨道重叠的大小。

以苯为例进行演示，其他周期性体系如无机盐、聚合物、MOF材料等，操作与此相同： 1，从晶体结构文件（*.cif）导入坐标(File-Import Coordinates)，一般而言，晶体结构来源通常有： 从网上下载cif文件（例如从美国矿物晶体结构数据库下载）； 其他软件产生的cif文件或PDB文件 首先下载相近晶体结构的cif文件，然后通过ADFinput进行掺杂、替换、超胞、表面切割等产生新的晶体结构（包括产生新的三维、二维、一维结构；或者产生超胞结构，然后切换到ADF模块，将直接作为团簇对待，之后在ADFinput中根据用户需要修饰边界原子，然后使用ADF模块或其他模块进行非周期性计算） 购买晶体结构数据库，从中到处cif文件格式。 目前*.cif文件在各种软件中的通用性、兼容性、普适性最好，因此优先推荐cif格式文件。 设置参数如下: 参数说明如下： Single Point：表示只计算该结构的性质，不进行结构优化、分子动力学、搜索过渡态等操作； Periodicity：周期性的情况，包括三维周期性体系（Bulk）、二维周期性体系（Slab）、一维周期性体系（Chain）、非周期性（none，等同于ADF模块，但计算方法、基函数上略有差别； Unrestricted：是否考虑自旋（自旋多重度如果不为0，则需要勾选此项） XC Potential in SCF：选择使用的泛函，目前不包含杂化泛函，其中Model Potential中的GLLB-SC对于一些半导体能带计算结果很好； Relativity：是否考虑相对论，对于含重元素的体系计算一般使用Scalar，如果既是重元素又要考虑自旋-轨道耦合，则使用Spin-Orbit； Basis set：BAND使用Slater基、数值基混合，因此对于原子核附近的电子波函数描，其精确度远大于平面波，基组的挑选参考费米科技维基百科：一般情况下如何选择基组Basis Set； Frozen core：参考费米科技维基百科：一般情况下如何选择基组Basis Set Numerical Quality：设置实空间积分精细程度，对于性质计算选择Good，对于结构优化、过渡态搜索等选择Normal。 这是设置能带结构的插分精细程度的参数，推荐设置为4。 为了设置K点，我们需要查看晶格常数： K点设置相关知识： K点设置的越密集，计算量越大，K点的数量等于设置K点的三个数字的乘积，例如下图： 此例中设置的是5 5 7，那么k点的个数就是5×5×7=175。计算量大致跟k点的个数成线性比例关系，当然不同的任务类型有差别。根据固体物理学基本知识，我们知道，k空间和实空间有一个倒数关系。因此实空间中晶格常数越小，那么在k空间中就需要越多的点来描述；实空间中晶格常数越大，那么在k空间中就需要越少的点来描述。这个关系也是大致成比例的（之所以说大致，是因为实空间晶格类型和k空间的晶格类型往往不一致）。因此如果某方向的晶格常数为5，k点取10个点，与晶格常数为10，k点取5个点，二者的精度是相似的。但另外，计算能带结构的时候，K点个数需要取奇数个，这样可以保证Gamma点上一定有布点，否则Gamma点的能量，将通过附近两侧的k点通过插分的方式得到，这样就降低了Gamma点的能量可靠度。而Gamma点的能量又非常重要，往往直接影响带隙、带宽的数值。 本例中取5 5 7是比较合适的。 2，保存并提交任务： 提交任务的方式，参考费米科技维基百科：如何进行ADF并行计算 3，能带结构查看： 在ADFinput中点击SCM-BAND Structure，则显示该体系能带结构： 上半部分是能带结构，下半部分是K空间的原胞，原胞的各条线，对应上半部分中能带结构的横坐标的某个区间。点击该线，则对应的能带区间变成高亮。对于能带结构，可以通过右键拖动、滚轮控制图片的放大、缩小，左键进行拖动。 4，某个K点的波函数： 在ADFinput中点击SCM-View，点击ADFView窗口中add-Isosurface（将显示等值面），在窗口下方选择对应的电子态。例如我们如果希望查看HOMO轨道在Gamma点的波函数空间分布情况，我们从Band Structure看到，横坐标数字1表示Gamma点（这是通用的），纵坐标上的红线表示费米能级，那么“1”处，HOMO能量大致为0.2Hartree。Gamma点的坐标，众所周知是（0,0,0），因此我们选择如下： 少量时间（跟体系大小有关）之后，即显示该电子轨道的空间分布： 可以调整为只显示一个周期（取消勾选此项即可，在其他窗口例如ADFinput也可以通过取消勾选此项而切换为非周期显示）： 调整透明度：点击窗口左下方的“Isosurface”-show details，则出现如下设置内容，如下图所示设置透明度： 当然还可以通过菜单栏view-background修改背景色。 更多案例参见费米科技维基百科 ADF软件提供免费试用（一般为一个月），试用申请方式参见费米科技维基百科：试用申请方式

本例以BH3-NH3为例： 第一步，优化基态的分子结构（详情请点击）; 第二步，导入优化好的分子结构，划分片段，进行计算，如下图所示： 按住Shift键，鼠标画框，选中NH3，然后选择右侧窗口的Model — Region，点击加号，如下图

第一步，优化分子的基态分子结构（详情请点击）; 第二步，优化激发态几何结构，参数设置如下（以CO分子为例）：