心室心肌的高保真三维微观力学模型

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概述 肺动脉高压(PAH)等心脏疾病会造成心脏组织结构和力学行为发生实质性改变。PAH 使心脏右心室(RV)长期压力超负荷,右心室最初通过肌纤维肥大增厚以减轻壁应力的增加,但随后扩张并失去收缩功能,导致右心室衰竭。有研究表明,压力超负荷导致的右心室重构是右心室功能不良预后的主要预测因素之一。因此,量化右心室的力学状态,通过开发计算模型更好地了解 PAH 引起重塑的发生、发展和潜在可逆性的影响因素十分必要。 通过心脏的多尺度计算建模,将细胞尺度与组织尺度行为联系起来,可以提高对心脏重塑的理解,并更好地确定治疗靶点。本研究结合共聚焦显微镜技术、软组织力学和有限元建模,开发了一种高保真的心室心肌微观解剖学仿真模型。 亮点 基于兔心肌的高分辨率 3D 成像数据创建三维模型在Simpleware FE 中生成高质量的网格模型在 FEniCS 软件中进行有限元分析 图像处理 取直径为 5mm 的新西兰大白兔左心室心肌样本,冷冻 100 μm 厚的切片,标记切片并在 Fluoromount-G 内密封使其不受压。通过激光扫描共聚焦显微镜获得三维图像堆栈,成像组织体积为 204 × 204 × 60 μm。 采用分水岭算法和基于直方图的阈值分割半自动方法对三维组织结构进行分割和重建。为简化初始有限元模型的开发,将肌细胞连接并组合成“肌纤维”相,而不是单个肌细胞。冠状血管、成纤维细胞和细胞外空间被合并成“细胞外基质(ECM)”或“胶原”相,消除模型域中的空洞。在 Simpleware ScanIP 中利用 Island removal 去除孤岛,使用 Recursive Gaussian 滤波器平滑。在 Simpleware FE 模块中生成由约 110 万个线性四面体单元组成的体积网格。经过图像处理后,肌细胞的方向与 e1 轴对齐,交叉纤维方向与 e2 轴对齐。 图1:左图依次为心肌细胞、冠状动脉血管、成纤维细胞、细胞外空间。中图:肌细胞组成肌纤维相(红色),放大突出显示的为代表性肌细胞;冠状动脉血管、成纤维细胞和细胞外空间合并为细胞外基质相(灰色)。右图:FE 模型横截面展示肌纤维单元嵌入在 ECM单元中。 模拟 单层仿真 基于结构的模型最初是为了具有更分散纤维分布的组织尺度肌纤维/胶原蛋白/相互作用应力而开发。因此,作为微观解剖模型的拟合目标,使用微观解剖有限元几何高度对齐的结构和基于结构的模型模拟应力应变响应。在开源软件 FEniCS 中不同双轴应变配置 E11:E22 = 0.30:0.30、0.30:0.15 和 0.15:0.30 下,对模型的边界表面施加变形。 […]

SimpleWare教程:纤维分析

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Simpleware 软件中包含许多有助于分析纤维数据的工具,主要用于理解取向分布和计算各种统计数据。本教程将展示无需单独进行图像分割的纤维分析核心功能。 数据来源:Simpleware 软件数据文件夹 FibreOrientation 1. 背景图像中心线 1.1 准备数据 打开 Fibres.sip 项目文件,3D 视图自动生成体积渲染模型 图1:Simpleware ScanIP 中生成的纤维材料体积渲染模型 1.2 由背景图像生成中心线 打开 Measurements — Centrelines — Create centrelines 工具,确认 Input 是 Active background (Fibres),设置捕捉纤维中心的阈值范围为 128-255。(对于中空纤维,可能需要一些前处理,例如使用 Laplacian of Gaussian 滤波器。)通过计算穿过单个纤维的体素乘以体素间距设置接近于纤维直径的 Feature diameter (mm) 参数。针对本例数据,该值设为 0.03。勾选 Isolated lines (fibres),显示 Pruning sensitivity、Joining angle threshold 和 Remove short lines 的设置选项,保持默认即可。依次点击 Create 和 OK。放大 3D […]

机器学习力场 M3GNet(或 DFT)预测锂电池材料中锂嵌入势

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本文实现功能简介 因为 M3GNET 是针对这类锂电池材料结构的能量而训练得到的力场,因此能够很好地、符合预期地再现这些材料中的 Li 嵌入势。下图是 M3GNET 与 DFT 或实验结果的对比: 因此 M3GNET 可以用于筛选未知材料,或快速评估给定成分的 Li 嵌入势。不过 M3GNET 无法很好地描述脱锂前后体积的变化,因为它是基于 PBE(+U) 训练的,并且一些相关材料的结构没有用该理论水平很好地描述(理想情况下,结构应使用 BAND 和SCAN泛函进行计算)。 本文提供了一个基于 PLAMS 的 Python 脚本,可以调用 M3GNET 力场或者基于DFT的 BAND 模块进行计算,对不同材料的Li嵌入势进行筛选。其中 Li 嵌入势的定义,例如对 LinO6Ti3: VLi = [E(LinO6Ti3) -E(O6Ti3)-E(Li)*n]/n 脚本还计算了晶胞体积变化:V(O6Ti3) – V(LinO6Ti3) 脚本的使用 下载压缩文件并解压,得到一个 cif 文件夹以及一个 Python 脚本名为 Li_potential.py。其中 cif 文件夹存放的是样本结构,可以存放多个。筛选时,用户可以基于这些样本结构,分别替换其中的过渡金属和氧元素,然后计算上述两种数据。 用户可以通过如下2行修改过渡元素和替换氧元素的元素列表: tm_list = [‘Ti’,’V’,’Cr’,’Co’,’Mn’,’Fe’,’Ni’] anion_list = [‘O’,’S’] […]

【中南大学仲奇凡教授课题组】改质煤沥青的分子结构建模及其原子尺度的焦化机理研究(Fuel 2023)

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相关背景 煤沥青是煤焦油蒸馏工艺的副产品,由于其具有含碳量高、杂元素含量低、廉价且来源广泛等优势。对煤沥青进行改质可以获得更高的结焦值和软化点,改质煤沥青是石墨电极、碳纤维、碳纳米管、C/C复合材料等高附加值碳制品的重要优质原料。改质煤沥青的焦化是制备高附加值碳素产品的必经工序,它决定了产品的真密度、机械强度、电导率、石墨化度等性能。探索改质煤沥青焦化机理对优化高附加值碳材料的制备工艺具有重要意义。然而,现有科学文献对MCTP的微观结构组成及焦化过程的深度演化机制研究较少,本文精确构建了改质煤沥青的分子结构模型,并基于ReaxFF分子动力学方法对改质煤沥青的焦化机理在原子尺度上进行了深度研究,为实现改质煤沥青更高值化的利用,以及高附加值碳材料制备工艺的改进提供理论了依据。 研究亮点 通过一系列的检测分析(XRD, 13C NMR, FT-IR, XPS, MALDI-TOF-MS等)获得了MCTP的微观结构特征和组成。MCTP的碳骨架主要由芳香结构组成,芳香结构单元主要为苯和萘。脂肪族结构主要以甲基和亚甲基的形式存在。MCTP的分子量分布集中在1500 Da范围内。MCTP中含O、N和S的官能团分别以醚、季氮和无机硫的形式存在。在此基础上,建立了能够表征改质煤沥青微观结构特征和组成的分子模型(C93H59NO)。利用AMS2019软件中ADF模块计算改质煤沥青分子模型的量化性质,得到的13C NMR和FTIR图谱与实际检测结果吻合,验证了模型的合理性。 运用所建立的分子模型、ReaxFF MD模拟(AMS2019软件ReaxFF模块)、TG-MS、XRD和SAXS分析,揭示了改质煤沥青焦化过程中的挥发份去除及结焦机理。改质煤沥青焦化过程中挥发物的去除是由改质煤沥青分子边缘结构的破坏和活性自由基的产生引起的。主要挥发产物为H2、H2O、CO、CH4和C2H4。挥发分主要在430 ~ 900 K的温度范围内析出。对于焦化过程,XRD和SAXS分析表明,沥青焦样品的结晶和石墨化程度在挥发分去除阶段(低于973 K)被破坏,在高温阶段(>高于973 K)得到改善,Lc、Nc、La、Rg和孔隙率在1573 K时分别达到3.81 nm、12.03 nm、1.68 nm、18.54 Å和9.9%。在ReaxFF MD模拟过程中,沥青焦核的真密度(最终为2.2 g/cm3)、RDF临界峰强度、sp2杂化键比例(最终为41.4%)和六元环比例(最终为63.3%)均呈现先下降后上升的趋势。实际检测分析(XRD、SAXS)和ReaxFF MD模拟得到的结论可相互映证。沥青焦核的形成可分为两个阶段:焦核的形成阶段和有序化阶段。在形核阶段,改质煤沥青分子中的开环反应和脂肪链的交联导致了初级焦核的形成,主要通过三条反应路径,在路径一中,芳香烃通过芳香甲基直接连接;在路径二中,由边缘六元环断裂形成脂肪链,然后通过脂肪链结合实现芳烃的聚合;在路径三中,两个芳烃边缘的C原子相互结合形成五元或七元环结构。在有序化阶段,在初级焦核内会发生缩聚和芳构化反应,最终形成沥青焦微晶核。 图1 文章摘要图 图2 研究流程示意图 图3 改质煤沥青分子结构模型及验证 图4 改质煤沥青结焦机理图 参考文献 Zihan You, Jin Xiao, Gang Wang, Zhen Yao, Ye Wan, Qifan Zhong, Molecular representation and atomic-level coking evolution investigation of modified coal tar pitch […]

滑移顺电特性:过渡金属二硫族化合物双层

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摘要 传统的铁电体经热诱导的相变后结构对称性增加,这种更高对称性结构被称为顺电结构。铁电过渡金属二硫族化合物双层最近被证明是顺电的,但对这种相的原子构型没有太多的描述。采用包括分子动力学在内的数值计算模拟发现,它们的顺电性只能归因于具有相反本征极化的铁电相的时间域平均值,其切换需要宏观上在大的区域里进行一致滑动。 方法 作者对 $\mathrm{MoS}_2$、$\mathrm{WS}_2$、$\mathrm{MoSe}_2$ 和 $\mathrm{WSe}_2$ 等双层进行的研究包含两个部分。第一部分是利用平面波基组密度泛函理论(DFT)计算,得到相对的结构能以及过渡金属二硫族化合物双层的振动特性。另一部分是基于有限温度 MD 计算,采用了机器学习的经典原子间势,这些经典势是采用数值原子轨道基组的 DFT 结果进行训练的。 新一代材料模拟平台 QuantumATK 可以在简单易用的图形界面上完成这类计算的全部计算流程,包括: 支持基于 PAW 势的平面波 DFT 或基于 LCAO 基组的 DFT;计算能量和振动模式;基于 Berry 相位计算极化;直接在图形用户界面上进行 MTP 机器学习势的训练;采用训练好的经典势进行分子动力学模拟。 研究内容 铁电体传统上用具有两个简并极小值的能量图来描述,两个极小值之间存在较小的能量势垒J。3R过渡金属二硫族化合物双层则由于存在周期性的能量势垒结构,成为了一种具有无限数量简并极小值的“不寻常”铁电体。“顺电”状态是极化 P 在长时间内的时间平均值,其中 P 取在任何给定时间交换符号的确定非零值,平均值降到零。 采用机器学习力场的分子动力学模拟 $\mathrm{WSe}_2$双层的滑动(两层间原子对距离随时间的演化)。图 f ~图 i 可以观察到滑动过程。发生滑动的位移方向对应于六角格子的矢量(图 e 插图),通过改变温度直至观察到在 1 微秒内发生滑动,可以确定相转变温度。 490K 温度下的滑动过程 MD 模拟中,可以通过对比滑动前后两帧结构观察到极化的符号翻转。 参考 Juan M. et al. Slippery Paraelectric Transition-Metal Dichalcogenide Bilayers. Nano Letters 2022 […]

SCM公司在线讲座 – AMS2023新功能、能量分解分析、精确Kohn-Sham势

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2023年5月17日周三晚9点(北京时间) – Matti Hellström, SCMAMS2023新功能2023年5月24日周三晚9点(北京时间) – Célia Fonseca Guerra, Vrije Universiteit AmsterdamEDA方法与应用 (EDA tutorial)2023年6月7日周三晚9点(北京时间) – Evert Jan Baerends, Vrije Universiteit Amsterdam使用精确Kohn-Sham势计算激发能

微孔结构中速度和压力分布的孔隙级 CFD 研究

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概述 多孔金属结构具有独特的高孔隙体积、高表面积和高杨氏模量的组合特性,广泛应用在与流体、热、压力波和机械冲击相互作用的材料中,适合作为各种工程和工业应用中的承重结构。典型的应用领域包含二氧化碳捕集和能量储存、过滤和减少废物、吸声、生物医学设备、能源(石油和天然气)和冶金加工。其他应用还包括如热交换器和吸声器的材料、水泥窑中的交换介质以及稠油和蒸汽辅助重力泄油(SAGD)技术中的下一代筛管材料。 本项目提出了一种基于微观尺度层析成像数据的孔隙结构表征和计算流体动力学(CFD)的建模方法,并模拟了流体在“真实”和“自适应”多孔金属结构中的流动分布。深入理解流体从达西到惯性的流动形态,并证实孔隙结构相关参数与多孔介质流体流动特性的关系。 亮点 在 Simpleware ScanIP 重建真实结构、创建“自适应”结构、表征孔隙;在 Simpleware FE 生成高质量的网格模型;在 Simpleware FLOW 模拟多孔介质流体流动特性,研究其与孔隙结构相关参数的关系。 图像获取 使用蔡司 Xradia Versa XRM-500 三维 x 射线 CT 显微镜获取高多孔金属样品的断层扫描数据集,材料为 Inconel 450 μm、Inconel 1200 μm、Recemat RCM-NCX 1723、Recemat RCM-NCX 1116 和 Porvair 7PPI 泡沫。 在 Simpleware ScanIP 中将 2D 灰度层析成像数据集渲染成 3D 结构,从大型样品中心截取一个 6-12 倍于结构平均孔径的长方体代表性体积单元(RVE)。阈值大小也会对微观结构的拓扑及宏观参数产生影响,处理后的 3D 代表性体积与完整样品的孔隙率最小偏差仅为 ±2 %。 图1:通过 CT 扫描重建 Inconel […]

机器学习力场与量子输运计算结合研究阻变存储器单元器件

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背景 电阻式随机存取存储器(ReRAM),如导电桥接 RAM(CBRAM)具有非易失性和快速开关速度,为当今领先的存储器技术(如闪存)提供了一种很有前途的替代方案,吸引了大量关注。CBRAM 电池由金属/氧化物/金属结构组成,其中典型的非晶绝缘层可以在施加外部电压时通过金属丝的可逆生长在高电阻状态和低电阻状态之间切换。为了将这项技术推向极限,器件尺寸已经缩小,只有很少的原子参与开关过程。为了提高器件的性能和可靠性,需要在原子水平上清楚地了解开关机制。已有文献报道使用基于分子动力学的模型来研究金属离子在氧化物中的迁移。这种方法通常包括随后对导电细丝原子的渗入分析,以确定接通和断开状态,而不考虑细丝的实际几何形状和电子结构。 研究内容 本文作者提出了一个模拟框架来模拟 Ag/a-SiO2 导电桥接随机存取存储器(CBRAM)的开关行为。基本方法是使用力场的经典分子动力学模拟来研究开关过程的动力学,然后使用从头计算来确定体系的电学性质。通过对氧化物的结构分析,作者揭示了开关机制依赖于由大的 SiO2 环型结构构成的优选通道,Ag+ 离子通过该通道迁移。此外,作者还验证了在这种通道中只移动几个原子可以使电阻状态改变几个数量级。 作者研究的典型结构的 Ag/a-SiO2/Ag CBRAM 单元器件如下图。Ag、Si 和 O 原子分别显示为灰色、黄色和红色球体。将截头锥形 Ag 丝作为种子插入氧化物中,在丝尖端和对电极之间留下 1.2 nm 的间隙。箭头表示外加电压时的电场分布状况。 所有的基于力场的分子动力学(FFMD)模拟都是用 QuantumATK 和矩张量势(MTP)框架下的机器学习力场进行模拟的。室温 300 K 下的时间步长为1 fs。MTP 参数的训练使用了多种不同的 Ag/SiO2 界面、团簇和细丝的一组代表性第一原理动力学(AIMD)轨迹。外电压对 FFMD 的影响采用附加项修改作用在每个原子上的力,这一项由原子的电荷以及所施加的电场决定。可以得到开关过程中的典型结构变化。 得到的典型结构可以使用 DFT-NEGF 方法研究导电性,这在 QuantumATK 中是广受欢迎的功能,而且使用起来也更为便捷。这种方法可以将 MD 的时间域结构变化与器件的开关通断关联起来,细致的研究结构变化的机制。 参考 Aeschlimann, et al. Insights into Few-Atom Conductive Bridging Random Access Memory Cells […]

Am(VI)多酸盐与镧系元素的超滤分离(Nature 2023)

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摘要 镅是核能发电的一种中子捕获副产品,也是高放废物长期放射性毒性的主要来源。利用快堆有效地回收镅,然后将其嬗变为短寿命或稳定的核素,将大大减少核能对环境的影响。 然而,具有高中子俘获截面的镧系元素(Ln)(例如$^{157}$Gd)的共存严重限制了嬗变效率。克服这一障碍需要开发有效分离镅和镧系元素的方法,几十年来,这一直是核工业的一个长期挑战。这一困难主要源于它们相似的化学行为:镅和镧系元素都以热力学稳定的三价阳离子形式存在于溶液中,具有几乎相同的离子半径和配位化学属性。传统的分离方法利用Am(III)和Ln(III)离子之间微妙的键合差异,即含有氮或硫给体的萃取剂使Am(III)优先分配于Ln(III)。但这种分离策略仍然受到Am(III)和Ln(III)之间的有限区分的阻碍,更值得注意的是,过程产生了大量的二次放射性液体废物。 Am(III)氧化为Am(VI)产生的AmO$_2^{2+}$离子与Ln(III)离子不同,原则上具有促进分离的潜在可能性,但传统分离方案(包括溶剂和固体萃取)所需的辐射分解产物和有机试剂,将Am(VI)快速还原回Am(III),不利于氧化还原分离。 最近,来自苏州大学、清华大学、布鲁克(北京)科技有限公司、上海科技大学,以及德国、美国的多家机构合作研究,报道了一个纳米尺度的多酸盐(POM)簇,在硝酸介质中,其空位位点对六价锕系元素($^{238}$U, $^{237}$Np, $^{242}$Pu和$^{243}$Am)选择性配位相容性,比三价镧系元素更好。该团簇是迄今为止在水介质中观察到的最稳定的Am(VI)物质。纳米级Am(VI)-POM团簇与水合镧系离子的超滤分离可由市售细孔膜实现,能够促进一次通过的镅/镧系离子分离方法的发展,该方法高效快速,不涉及任何有机成分,并且需要最小的能量输入。 本文理论计算采用AMS软件ADF模块完成,利用EDA-NOCV方法分析其化学键性质,并使用CP2K进行了结构部分约束的NVT系综第一性原理分子动力学模拟。 参考文献 Ultrafiltration separation of Am(VI)- polyoxometalate from lanthanides, Hailong Zhang, Ao Li, Kai Li, Zhipeng Wang , Xiaocheng Xu , Yaxing Wang, Matthew V. Sheridan , Han-Shi Hu , Chao Xu, Evgeny V. Alekseev , Zhenyi Zhang , Pu Yan , Kecheng Cao , Zhifang Chai , […]

芯片粘装用瞬时液相烧结铜-焊料-树脂微观结构的变形行为

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概述 混合动力电动汽车和其他电力电子系统的快速发展增加了对功率模块中高可靠性键合技术的需求,电源模块要在高功率和高频率下运行,且具备高度集成性和小型化的特点。下一代半导体材料碳化硅(SiC)能够代替传统材料提供更低的功率损耗、更高的开关速度和工作温度。粘合层也暴露在很高的温度下,因此也应该提高接头的性能指标和可靠性。 本项目提出了一种利用 Cu 颗粒与 Sn 基焊料瞬时液相烧结(TLPS)的低温结合技术作为高温功率模块的贴片解决方案。铜-金属间化合物-树脂(Cu-IMC-resin)的微观结构由 Cu 颗粒与部分填充有聚酰亚胺树脂的 Cu-Sn 金属间化合物(IMCs)连接而成,采用新型铜-焊料-树脂复合材料作为氮气气氛中的接合材料通过 250℃ 下 1 分钟的无压 TLPS 工艺获得。然后利用三维图像重建模型的有限元分析评估 Cu-IMC-resin 独特微观结构的宏观和微观变形特性。 亮点 采用Cu 颗粒与 Sn 基焊料瞬时液相烧结(TLPS)的低温键合技术在 Simpleware 中处理Cu-IMC-resin的图像数据并生成高质量的网格模型在 ANSYS Workbench 中模拟微观结构的宏观和微观变形特性 图像获取 Cu-焊料-树脂复合材料是一种含有 Cu 颗粒、Sn-3Ag-0.5Cu(SAC305)焊料颗粒和聚酰亚胺(PI)热固性树脂的糊状物。Cu 颗粒和焊料颗粒的尺寸分别约为 10 µm和 3 µm,铜的重量百分比含量大约是焊料的三倍。使用 Cu-焊料-树脂复合材料将 SiC 芯片键合到直接键合铜(DBC)基板上,芯片尺寸约为 8 × 8 × 0.3 mm,表面镀有 Ni/Au 金属。DBC 基板由两个连接到 0.6 mm厚氮化硅(Si3N4)基板上的 0.3 mm铜电极组成。在氮气气氛中使用无压回流工艺在 100℃ 下预热 […]

 
  • 突破传统:单离子源策略实现铁(I)配合物的温和高效合成研究背景 寻找对现有试剂的低成本、低毒的替代品,一直是均相催化领域的核心诉求。近年来,利用地壳富含的铁元素构建催化剂来取代昂贵且不可持续的贵金属元素,已成为该领域的研究热点。其中,一价铁(Fe(I))分子配合物更是在诸多工业催化反应中展现出优异的催化性能。然而,性能优势的背后暗藏不可忽视的瓶颈。与第9、10族贵金属催化剂不同,低价铁面临着一个致命缺陷——缺乏化学性质稳定的起始物料。传统合成方法只能高度依赖钾石墨(KC8)或格氏试剂(RMgX)等强还原剂,对二价或三价铁前驱体进行原位还原。这不仅导致催化体系结构不明确,还极大地限制了反应的官能团兼容性。尽管此前学界曾尝试通过氧化铁羰基化合物或高价铁化合物还原法制备双夹心铁芳烃配合物,但往往因发生歧化反应难以分离得到纯净产物,最终功亏一篑。针对这一痛点,Oliver P. E. Townrow 等人在国际顶尖化学期刊 JACS 上给出了破局之法,课题组成功开发出一种在固态下对空气稳定的单核一价铁夹心配合物 [Fe(durene)2]+(durene = [...]
  • 基于密度泛函的磷酸钠化学蓄热材料失效机理研究研究背景 磷酸钠水合物是建筑环境中极具前景的蓄热材料。在蓄热过程中,该材料可能发生水解反应,导致材料变性,从而限制其工程应用。基于复合改性的循环实验室探究,本团队已经突破了材料的百次循环可用性,但依旧存在少部分磷酸钠活性组分水解失效的发生。了解并限制磷酸钠水合物的水解反应成为了工业应用研究的重点。然而,在跨季节蓄热系统的工作条件下,关于水解反应的可能性及其与脱水反应的竞争关系,在蓄热系统中的相关信息仍不明晰。因此,通过理论计算,可从本质上解释磷酸钠蓄热材料在跨季节蓄热领域下随温度,压力工况变化的水解/脱水反应偏好行为。 研究内容 中国科学院广州能源研究所黄宏宇研究员和新加坡南洋理工大学 Fei Duan 教授课题组合作,采用密度泛函计算结合热力学分析的方法,系统研究了不同水合数(n=0-12)的磷酸钠水合物的分子结构,以确定其稳定构型。此外,计算了磷酸钠及其水合物的频率谱,进而用于计算蓄热过程中吉布斯自由能变,以获得脱水反应和水解反应的 P-T 图,并最终明确了磷酸钠水合物的微观失效机理。该研究结果为可为预防和消除磷酸钠热化学蓄热材料在跨季节蓄热领域应用中的失效问题提供了有利的理论依据。 图1. [...]
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