文献资料：Chuantao Zhu, Susanna Monti, and Aji P. Mathew, Cellulose Nanofiber−Graphene Oxide Biohybrids: Disclosing the Self-Assembly and Copper-Ion Adsorption Using Advanced Microscopy and ReaxFF Simulations, ACS Nano 2018, 12, 7028−7038 纳米纤维素和氧化石墨烯自组装成高孔生物杂化材料，促进了多功能膜的设计和合成，以及水污染物治理。在纳米和分子尺度上，自组装、金属离子捕获和生物杂化形成团簇的机理是相当复杂的，它们的阐明需要从实验数据和计算模拟相结合得到证据。 本文通过原子力显微镜(AFM)对(2，2，6，6-四甲基哌啶-1-氧基)介导的氧化纤维素纳米纤维(TOCNFs)、氧化石墨烯(GO)及其生物杂化膜的微拷贝研究，获得了强有力、直接的自组装证据；小的GO纳米粒子首先沿着单一的TOCNF纤维附着、积累，长而柔的TOCNF以丝状缠绕在宽而平的GO平面上，从而形成一个无定形的多孔生物杂化网络。 利用先进的显微技术研究了Cu(Ⅱ)吸附前后TOCNFs和GO膜的自组装及其表面性质，并通过Amsterdam Modeling Suite中的ReaxFF模块进行分子动力学(MD)模拟进一步阐明了TOCNFs和GO膜的层状结构。 MD模拟确认了TOCNF和GO膜在溶液中捕获Cu(Ⅱ)离子，以及干燥过程中离子团簇形成的动力学过程。这项多学科研究的结果，使这项研究向前迈进了一步，揭示了生物种属自组装行为的具体方面，并提出了有效的设计策略，为工业应用控制孔径大小和强健材料。

文献资料：Lisa Pecher, Slimane Laref, Marc Raupach, and Ralf Tonner, Ethers on Si(001): A Prime Example for the Common Ground between Surface Science and Molecular Organic Chemistry, Angew. Chem. Int. Ed. 2017, 56, 15150 –15154 通过计算化学研究表明，在超高真空条件下，醚分子在Si(001)表面的吸附可以用有机化学的经典概念来理解。两步反应机理的详细分析：1)醚的氧原子与Lewis酸性表面原子之间形成的配价键（DB）；2）附近Lewis碱性表面原子的亲核攻击表明，它反映了溶液中酸催化的醚裂解。 O-Si键是这类键中最强的，并且第2步的反应活性违背了Bell-Evans-Polanyi原理。本文使用一种新的键分析方法（pEDA-NOCV），对C-O键解离过程中的电子重排进行了可视化的研究。 结果表明，半导体表面亲核取代的机理与Sn2分子反应的机理是一致的。我们的发现表明了表面科学和分子化学如何相互受益，并得到意想不到的洞察方式。 BAND，是目前最先进的专注于材料化学计算研究工具。

文献资料： Yang-Yang Fan, Dandan Chen, Ze-Ao Huang, Jun Zhu, Chen-Ho Tung, Li-Zhu Wu & Huan Cong, An isolable catenane consisting of two Möbius conjugated nanohoops, Nature Communications, 9, 3037 (2018) 莫比乌斯拓扑，除了数学上的重要性外，在分子水平上也很吸引人，结构优雅而独特。然而合成却颇具挑战性。尽管一些莫比乌斯型分子已被化学家合成、分离，并进行了广泛的理论计算研究，但稳定的莫比乌斯共轭分子的设计、制备和表征至今仍是一项重要的任务，更不用说将分子莫比乌斯带组装成更复杂的拓扑了。 本文报道了由两个完全共轭的纳米莫比乌斯环组成的有机环烷的有效合成、晶体结构和理论研究结果。这项工作强调了寡对苯撑（oligoparaphenylene）衍生的纳米环（高度扭曲、合成具挑战性的共轭大环），不仅可以作为互锁超分子结构的构建块；而且还代表新的化合物种类——通过非共价相互作用稳定的，可分离的莫比乌斯构象。 本文使用ADF2017.104，在M06-2X泛函/DZP基组水平上，进行了共轭环间的相互作用能分解分析，由中科院大学丛欢课题组、厦门大学朱军课题组共同完成。 软件相关功能中文教程： 如何进行片段之间相互作用能、分子之间相互作用能、键能、键解离能、结合能计算、键能分解EDA、片段轨道布居 ETS-NOCV功能案例：二聚体能量分解（EDA）中轨道作用、电子在片段轨道间转移的分解 非键作用NCI: Non-Covalent Interactions