利用 Micro-CT 技术快速分析玉米籽粒的饱满度特性

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概述 玉米是全球产量最高的粮食作物,是主要的粮食资源和重要的工业原料。玉米籽粒的品质反映了籽粒产量和品种适应性。玉米籽粒饱满度是衡量玉米产品产量和品质的重要表型性状。玉米籽粒饱满度的定性和定量分析是研究玉米遗传因素、生理过程和改良方法的最重要前提。 传统方法测量籽粒密度等指标耗时且困难,迫切需要简单、快速、可靠的分析方法鉴定玉米的产品品质和育种的种质资源。本研究基于 Micro-CT 技术对玉米籽粒进行三维重建,检测不同类别玉米籽粒之间的解剖差异,通过测量计算籽粒密度、空腔、孔隙度等表型特征及与种子饱满度分级的密切关系。 图像处理 从每个自交系中随机选择两组品质不同的玉米粒 X178 和 W99。随机选择籽粒,然后分别使用 X 射线 Micro-CT 系统(SkyScan 1172,Bruker Corporation)对整个籽粒进行扫描。将图像数据导入 Simpleware 软件进行处理,基于不同部位的灰度值利用阈值、洪水填充和区域生长等工具分割。 胚胎和玻璃体胚乳的灰度值非常接近,在全局 3D 图像上通过“区域生长”分割这两个部分会很困难。因此,打开“区域生长”工具,设置 Number of iteration = 1,Multiplier = 2,Initial neighborhood radius = 1。依次分别应用在合适的 2D 切片上,使用形态学操作 Close 获得胚胎结构,然后通过布尔运算得到胚乳,利用侵蚀工具获得果皮。 图1:在 Simpleware 软件中基于 Micro-CT 3D 图像分割玉米籽粒胚、胚乳和空腔的流程 结果与讨论 玉米粒的 2D 和 3D 图像 在二维切片图像中可观察到,玉米粒由果皮、胚、胚乳和空腔组成,通过 X 射线吸收值的不同可以区分。籽粒中的胚乳有玻璃质和粉质两种类型。与粉质胚乳(较暗)相比,玻璃质胚乳(较亮)更硬,籽粒外部密度更高。由于粉质胚乳中淀粉的压实度较低,存在许多气孔。从明暗对比来看,周围的空气和内部空隙都是黑色,胚胎是明亮的。在所有重复测试中,两组种子的粉质胚乳中均观察到较大的空腔,且在自交系 X178 的种子中更为突出。比较两种玉米种子的 CT 图像,饱满度差异明显。 […]

利用数字岩石计算有效物理性质的形态学变换策略

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概述 岩石是一种天然多孔介质,其结构中不仅包含岩石骨架,还有大量不规则的孔隙和孔隙流体。储层岩石的电学、力学和物理性质评价对于油气勘探具有重要意义。 基于 micro-CT 图像的数字岩心技术为岩石物理研究提供了新的途径,与传统实验相比也具有很多优势。利用三维数字岩心模型和多物理场模拟可以对岩石样品的有效物理性质进行数值评价。然而,在利用扫描图像进行数字岩心建模的过程中,存在各种影响岩石性质数值计算精度的因素,如形态学变换等。 应用于同一岩心样品的形态学变换策略会导致不同的孔隙率计算结果。研究表明,图像处理算法也会影响孔隙结构的重建,进而对样品的电学性质计算产生较大影响。本项目采用不同的形态学变换策略,对体素为 6003 的三维数字岩心模型进行研究。通过结合使用 Simpleware 和 COMSOL Multiphysics 软件,计算测量岩心模型的孔隙率和孔隙结构,模拟岩心模型的有效电学性质。 亮点 研究对象包含砂岩、页岩和碳酸盐岩在 Simpleware 中使用不同的形态变换方案为每个岩石生成多个微观结构在 COMSOL 中计算岩心模型的有效弹性模量和介电常数 数字岩心建模 获取图像数据 使用蔡司 Xradia 520CT 扫描设备对页岩、砂岩和碳酸盐岩样品进行扫描,它们的尺寸(8 mm)和孔隙度范围(4%-25%)均相同。页岩样品具有明显的层状结构,砂岩样品具有多种孔隙类型、孔径、形状和分布,而碳酸盐岩样品孔隙率小且孔隙结构简单。 图1:micro-CT 扫描样品的横截面:砂岩(左)、碳酸盐岩(中)和页岩(右) 图像处理和分割 扫描获得的灰度图像中存在着噪音,需要通过滤波器提高信噪比。将扫描图像导入 Simpleware 后,首先应用中值滤波器(Median filter)改善图像。为更好地区分孔隙和骨架,图像分割的阈值选择也非常重要。鉴于实测孔隙率已知,可以采用公式基于岩心孔隙率的最佳分割阈值进行分割。 基于图像的三维重建 理论上数字岩心尺寸越大,对岩石微观孔隙结构和宏观特征的表征就越准确。但这样对计算机资源和性能的要求很高。经多次测试发现,当数字岩心尺寸为600 × 600 ×6 00 体素时,物理性能(如孔隙率、弹性模量等)受到的影响最小。因此,本研究选择此尺寸作为代表单元的体积。 在 Simpleware ScanIP 中对图像进行重建、处理和分割后,应用不同的形态学变换策略:ED 腐蚀和膨胀,OC 打开和闭合,SC 平滑滤波器和孔洞填充,FI 填充间隙和孤岛移除。在 Simpleware FE 中对处理过的模型进行网格划分,生成高质量的网格模型并导入 COMSOL 中进行仿真。 图2:形态学变换的结果 图3:数字岩心网格模型:孔隙(左)、骨架(中)、孔隙和骨架(右) 形态学变换对岩石性质的影响 孔隙率 不同形态学变换对岩石孔隙结构的敏感度不同。ED 和 OC 对连续性孔隙的影响更大,而 […]

基于三维数字模型的碳酸盐岩绝对渗透率的数值模拟与评估

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概述 盐下碳酸盐岩储层复杂的孔隙结构通常表现出多尺度非均质性,给理解流体流动动力学和生产优化带来巨大挑战。与岩心实验分析相结合的数字岩石物理技术已被广泛应用于研究和计算孔隙结构的物理性质和流体流动特征。本项目采用由 micro-CT 高分辨率图像获得的岩石多孔介质 3D 模型进行单相数值模拟,计算和评估盐下碳酸盐岩的绝对渗透率。 亮点 在 Simpleware 软件中基于 micro-CT 图像数据创建碳酸盐岩的三维模型并生成高质量的网格模型在 COMSOL 中进行单相流体流动模拟与实验常规岩心分析比较,评估预测的绝对渗透率 创建模型 碳酸盐岩样品来自巴西东北部的贝壳灰岩储层,是由沉积在高能湖相环境中的双壳类组成的颗粒岩,受多个成岩阶段的影响,形成了一个复杂的孔隙系统。选择三个露头岩心样品(PET-01、PET-02 和 PET-04))进行扫描,在 Simpleware 软件中重建岩石多孔介质的三维模型并生成网格模型,用于进一步的仿真。 图1:样品 PET-04(a)碳酸盐岩多孔介质三维模型创建过程(b)四面体网格模型 模拟 考虑到非均匀性和较高的计算成本,为减少网格模型中四面体单元的数量,进而缩减数值解收敛所需的计算量,本研究采用较为粗糙的网格。在 Simpleware 软件中对每个样品的不同感兴趣区域(ROI)在 0.6 到 4.9 cm3 范围内基于图像数据生成四面体网格。总孔隙度由孔隙系统体积和 ROI 在总体占比间的关系估算,有效孔隙率也通过选择连通孔隙结构的体积做类似推算。 图2:样品 PET-01 不同 ROI 基于图像生成的粗糙网格 为比较评价生成的网格,使用 Comsol 软件在多孔介质模型中进行单相流体流动的数值模拟,以收敛所需时间作为参考。假设流域场中的所有应变都与多孔介质有关,孔隙系统中的流体(液态水)具有恒定的温度和密度(模拟单相流体)、层流(斯托克斯流或蠕动流),并进行静态分析。数值模拟所需计算成本直接取决于 ROI 的自由度(DOF)和计算机硬件,考虑了阈值的变化和 ROI 体积,对预测的绝对渗透率进行评估。 结果 网格生成的预估时间与自定义精细化程度和 3D 模型结构的复杂性有关。对样品 PET-04 的 ROI 进行网格灵敏度研究。生成的粗糙网格包含 1,643,296 个四面体单元,精细网格有 7393,717 […]

单轴压缩作用下量化2D和3D裂缝对井筒水泥渗透率的影响

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概述 作为天然气的主要成分,甲烷是导致全球变暖的主要因素之一。井筒水泥中的应力诱导裂缝会形成甲烷或二氧化碳泄漏的高风险通道,油气井的逃逸排放进而造成甲烷释放失控。因此,了解和减少泄漏途径对于最大限度地降低泄漏井对环境的影响至关重要。 本项目研究人员使用扫描电子显微镜(SEM)和显微计算机断层扫描(micro-CT)技术量化峰值压应力前后熟化高温触变水泥试样裂缝的 2D 和 3D 几何参数,提出一种量化应力诱导真实三维裂缝对水泥渗透率影响的模拟方法。 亮点 使用 SEM 图像量化 2D 水泥裂纹将水泥 micro-CT 图像导入 Simpleware 软件量化 3D 裂纹含纤维水泥可限制裂纹的大小和扩展2D 和 3D 裂缝分析方法为定量表征块体水泥中应力诱导裂缝的潜在过程提供了重要见解 单轴压缩试验 用 G 级水泥、40% 硅粉(按水泥重量计)、添加剂混合制备试样,水灰比为 0.48。固化后加工得到长 100mm,直径 50mm 的圆柱体。为研究纤维对改善水泥性能的影响,在相同的条件下还制备了两个含纤维的试样,按共混物的重量加入 0.25% 的纤维。然后采用 GCTS RTX-1000 测试系统进行单轴压缩测试,测量轴向和径向的应变。 图1:单轴压缩试验获得7个试样的应力应变曲线,其中试样A为对照;B和C为峰值前样品;D和E为峰值后样品;F1和F2为含纤维试样,分别被压缩到与D和E相同的应变水平。 与峰值后样品相比,含纤维试样在高应变时应力下降较慢且不明显。这表明含纤维试样比未改性的峰后样品具有更好的延展性,在相同应变条件下断裂会更少。 SEM技术表征2D裂纹 在阿尔伯塔大学实验室准备好试样薄片,使用蔡司 Sigma 系列场发射扫描电镜获得 2D 图像。为确保试样表征的精确性、一致性和测量结果的真实性,收集每个薄片在 6 种不同放大倍数和 8 个不同位置下的 SEM 图像。 图2:(a)水泥薄片(b)扫描区域(蓝色)(c)不同放大倍数下SEM图像的尺度(d) 625倍率时的SEM图像(e)对2D裂缝进行标记和编号 对于每个选定的位置,扫描电镜的放大倍率依次逐渐增大。由于没有明确的标准技术用来区分孔隙和裂缝,因此在对裂缝的测量中也包括了孔隙。特别是当它们尺寸相近时,例如裂缝状孔隙和收缩裂缝。使用 ImageJ 软件手动画线,然后根据放大倍数计算裂缝长度。 Micro-CT扫描技术表征3D裂纹 […]

 
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