VNL作为LAMMPS的用户界面

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概述 LAMMPS 是一个应用广泛的经验力场分子动力学程序,使用VNL可以: 快速构建多种模型并导出LAMMPS的文件; 导入LAMMPS 分子动力学轨迹,并使用VNL中的分析功能进行分析。 现在申请【获取永久免费学术版的VNL图形界面】,即可获得这些功能! 使用VNL快速构建结构模型 导入数据库中的结构 导出LAMMPS的数据格式 构建块体、表面、界面结构 构建分子模型 构建随机合金、多晶体系 构建无定形体系 使用packmol将分子充填到晶胞 更多详细介绍,请参见:【VNL的建模功能】。 使用 VNL 分析 LAMMPS 的结果 VNL支持超大体系的显示和分析 原子数可达百万级 VNL可以直接由分子动力学轨迹得到体系的各种分布函数和性质: 径向分布函数 速度/动能分布 速度自相关函数 局域质量密度分布 局域应力分析 从MD轨迹计算声子DOS 配位数分析 角分布函数 均方位移 Evolution of average nearest neighbor number with tine 中子散射结构因子 弹性常数(应力-应变曲线) 多种函数重叠作图 支持柱状图、线状图 显示MD模拟过程的原子速度 显示MD动画并支持自定义显示、按帧导出结构 导出动画文件 相关实例教程 使用VNL产生无定形结构 英文教程:Generating Amorphous Structures VNL和LAMMPS一起使用进行分子动力学研究 教程:在VNL中导入LAMMPS轨迹文件。 […]

QuantumATK:更强大、更灵活的材料动力学模拟

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概述 动力学模拟是一种重要的原子级模拟方法,通过求解原子运动的经典力学牛顿方程对相空间进行采样,不仅可以研究体系在相空间的演化过程,还可以通过产生的系列结构(系综)通过统计方法得到体系在非零温度下的各种性质。 动力学过程中的原子间相互作用力则可以通过多种方法求得,可以是密度泛函理论,也可以是经验力场。 使用QuantumATK进行材料动力学模拟 可以用多种能量-力计算方法 密度泛函理论(DFT-LCAO 和 DFT-PlaneWave):支持几千原子级别超大体系的计算 半经验量子力学模型(SemiEmpirical):支持密度泛函紧束缚近似(DFTB) 经验力场(Forcefield):支持几百种经验势参数(含ReaxFF) 机器学习力场:高效率平衡DFT的精度和力场的速度 支持多种系综和理论方法 NVE velocity verlet NPT with stress mask NPT/NVT(Berendsen) NPT Melchionna NPT with stress mask Langevin 多种方法初始化速度 灵活的结构限制固定部分原子 分别固定 x、y、z 坐标 MD 过程中固定质心 限定布拉维格子(可同时设定目标应力) 刚性限定原子相对位置关系 支持多种动力学方法 平衡态分子动力学 非平衡态分子动力学(RNEMD)计算热导 time-stamped force-bias Monte Carlo长时域的动力学方法 Metadyamics(PLUMED):更快的对能量(自由能)面进行采样,获得大范围的结构-能量信息 自适应动力学蒙特卡罗方法(adaptive kinetic Monte Carlo):研究结构变化与机理 可控制局域温度、设定升温速率 所有恒温器、恒压器支持线性升温或降温 计算过程中分析 Python 脚本支持计算过程中分析或添加其他限制条件 部分电荷分析 可视化原子速度 […]

 
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