Advanced Workflows & Tools – 增强工具包

Posted · Add Comment

概述

Advanced Workflows & Tools包含很多流程化研究的高级工具,包括对反应分子动力学轨迹中的基元反应进行分析的ChemTrayzer2.0,以及拟合DFTB参数与ReaxFF力场的ParAMS工具,微观动力学、OLED脚本工具与数据库,以及根据反应物结构自动探索反应网络的工具ACE Reaction、使用分子动力学采样训练机器学习势的MD Active Learning工具。

ChemTraYzer 2.0:分析分子动力学中的各类体系基元反应分析

功能简介:基元反应分析、MD中物种有效性

  • 适用范围:不仅适用于小分子体系,大分子乃至聚合物、固体表面等,均能正确分析,而且大分子内部断键、成键也能检测到
  • 支持用户自由指定时间范围进行分析,超大轨迹文件的分析处理更加灵活
  • 分析控制参数更加灵活有效
  • 以SMILES格式列出反应方程式、反应的级数
  • 支持用户导出反应方程式列表的*.csv表格文件
  • 支持:基于ReaxFF、DFTB(Gamma Only)的分子动力学轨迹,以及基于BAND的DFT分子动力学(AIMD)分子动力学轨迹

结果分析

  • 反应速率常数(统计平均值,最大值,最小值),单位为cm3/(mol∗s)、cm2/(mol2∗s)等,与实验单位一致,不需要用户复杂换算产物的占比、描述一个物种表现得像反应物或产物的程度的Mann-Kendall值
  • 单独显示某个基元反应相关原子反应过程动画
  • 相关反应次数、键变化次数柱状图
  • 用户指定基元反应相关的几种分子的数量变化曲线
  • 分析某个物种“像反应物”、“像产物”的程度

详细介绍:https://www.fermitech.com.cn/ams/reaxff2022-chemtrayzer-2/

案例教程请点击链接

Microkinetics:微观动力学模拟

在从试剂到最终产品的转化过程中,通常涉及许多较小的中间步骤。这些基本反应步骤具有各自不同的能垒和反应速率常数,它们的整合决定了整个系统的反应行为。通过微观动力学建模,对这样的系统进行研究,可以得到整体反应速率,以及限制整体反应速率的关键因素。包含如下功能:

  • 计算温度范围内的反应速率
  • 计算不同产物的选择性
  • 确定反应的反应级数和表观活化能
  • 计算所有反应步骤的速率控制程度
  • 处理均相和异相反应
  • 应用充分混合或活塞流反应器
  • 模拟程序升温脱附
  • 模拟同位素开关

教程请点击链接

ParAMS:DFTB参数、ReaxFF力场、机器学习势拟合优化工具

ParAMS是用于DFTB参数拟合、ReaxFF力场优化的一个集成化的成熟的图形化操作工具,是一个包括如下功能:

  • 将AMS中的计算结果添加到训练集中
  • 设定训练集每个样本的权重因子
  • 导入样本力场、设定需要优化的参数
  • 使用CMA-ES优化力场
  • 交叉验证生成力场

注意,一般需要搭配ADF模块或BAND&Quantum Espresso模块生成训练集。图文与视频教程点击链接

MD Active Learning

使用AIMD等通过简单的参数设置,从头训练或微调机器学习势如M3GNet、NequIP。

其他

  • ACE Reaction Network:根据反应物分子结构,预测最佳反应通道
  • Reaction Discovery:快速预测力场、机器学习势能否得到某种(副)反应、(副)产物
  • ReactMap:确定化学反应中反应物和产物之间的最佳原子映射
  • OLED模拟工具:OLED器件的多尺度建模、气相沉积、计算薄膜中所有分子的电离势、电子亲和力和偶极矩等特性的分布、将数据传输到 Simbeyond 的Bumblebee代码,用于涉及您的材料的 OLED 设备模拟
  • OLED工作流
 
  • 标签

  • 关于费米科技

    费米科技以促进工业级模拟与仿真的应用为宗旨,致力于推广基于原子级别模拟技术和基于图像模型的仿真技术,为学术和工业研究机构提供研发咨询、软件部署、技术攻关等全方位的服务。费米科技提供的模拟方案具有面向应用、模型新颖、功能丰富、计算高效、简单易用的特点,已经服务于众多的学术和工业用户。

    欢迎加入我们!(点击链接)

  • 最近更新

  • 联系方式

    • 留言板点击留言
    • 邮箱:sales_at_fermitech.com.cn
    • 电话:010-80393990
    • QQ: 1732167264
  • 订阅费米科技新闻

    • 邮件订阅:
      您可以使用常用的邮件地址接收费米科技定期发送的产品更新和新闻。
      点击这里马上订阅
    • 微信订阅:
      微信扫描右侧二维码。
  •