Advanced Workflows & Tools

概述

Advanced Workflows & Tools包含很多流程化研究的高级工具，包括对反应分子动力学轨迹中的基元反应进行分析的ChemTrayzer、ChemTrayzer2.0，以及拟合DFTB参数与ReaxFF力场的ParAMS工具，微观动力学、沉积、OLED脚本工具与数据库、ACE Reaction等。

ChemTraYzer

小分子体系的基元反应分析：

• 生成基元反应列表
• 基元反应速率（需要手动换算到实验单位）
• 物种演化路径分析

ChemTraYzer 2.0

• ChemTraYzer仅能用于小分子体系的反应，ChemTraYzer 2.0不仅适用于小分子体系，大分子乃至聚合物、固体表面等，均能正确分析，而且大分子内部断键、成键也能检测到
• 轨迹文件较大时，ChemTraYzer 2.0分析效率大大提高
• ChemTraYzer 2.0支持用户自由指定时间范围进行分析，超大轨迹文件的分析处理更加灵活
• ChemTraYzer有时候存在无法分析出结果的情况，ChemTraYzer 2.0不再出现
• ChemTraYzer 2.0分析控制参数更加灵活有效
• 以SMILES格式列出反应方程式、反应的级数
• 反应速率常数（统计平均值，最大值，最小值），与旧版的速率常数不同，新版的速率常数单位为cm³/(mol∗s)、cm²/(mol²∗s)等，与实验单位一致，不再需要用户复杂换算
• 如上图所示，上方表格列出所有反应方程式，下方表格列出该方程式对应的每个反应事件，用户点击具体某个反应事件，Movie窗口将只呈现该反应事件中相关原子的动态过程，时间轴自动调整到合适位置，便于用户更清晰的观察、检验结果
• 支持用户导出反应方程式列表的*.csv表格文件

使用教程：https://www.scm.com/doc.2022/Tutorials/MolecularDynamicsAndMonteCarlo/ChemTrayzer2.html

Microkinetics

在从试剂到最终产品的转化过程中，通常涉及许多较小的中间步骤。这些基本反应步骤具有各自不同的能垒和反应速率常数，它们的整合决定了整个系统的反应行为。通过微观动力学建模，对这样的系统进行研究，可以得到整体反应速率，以及限制整体反应速率的关键因素。包含如下功能：

• 计算温度范围内的反应速率
• 计算不同产物的选择性
• 确定反应的反应级数和表观活化能
• 计算所有反应步骤的速率控制程度
• 处理均相和异相反应
• 应用充分混合或活塞流反应器
• 模拟程序升温脱附
• 模拟同位素开关

ParAMS

ParAMS是用于DFTB参数拟合、ReaxFF力场优化的一个集成化的成熟的图形化操作工具，是一个包括如下功能：

• 将AMS中的计算结果添加到训练集中
• 设定训练集每个样本的权重因子
• 导入样本力场
• 设定需要优化的参数
• 使用CMA-ES优化力场
• 交叉验证生成力场

注意，拟合DFTB或ReaxFF参数时，一般需要搭配ADF模块生成训练集。

其他

• ACE Reaction：自动生成反应网络（测试中）
• ReactMap：确定化学反应中反应物和产物之间的最佳原子映射
• OLED模拟工具：OLED器件的多尺度建模、气相沉积、计算薄膜中所有分子的电离势、电子亲和力和偶极矩等特性的分布、将数据传输到 Simbeyond 的Bumblebee代码，用于涉及您的材料的 OLED 设备模拟