概述
Advanced Workflows & Tools包含很多流程化研究的高级工具,包括对反应分子动力学轨迹中的基元反应进行分析的ChemTrayzer2.0,以及拟合DFTB参数与ReaxFF力场的ParAMS工具,微观动力学、沉积、OLED脚本工具与数据库、ACE Reaction等。
ChemTraYzer 2.0
- ChemTraYzer仅能用于小分子体系的反应,ChemTraYzer 2.0不仅适用于小分子体系,大分子乃至聚合物、固体表面等,均能正确分析,而且大分子内部断键、成键也能检测到
- 轨迹文件较大时,ChemTraYzer 2.0分析效率大大提高
- ChemTraYzer 2.0支持用户自由指定时间范围进行分析,超大轨迹文件的分析处理更加灵活
- ChemTraYzer有时候存在无法分析出结果的情况,ChemTraYzer 2.0不再出现
- ChemTraYzer 2.0分析控制参数更加灵活有效
- 以SMILES格式列出反应方程式、反应的级数
- 反应速率常数(统计平均值,最大值,最小值),与旧版的速率常数不同,新版的速率常数单位为cm3/(mol∗s)、cm2/(mol2∗s)等,与实验单位一致,不再需要用户复杂换算
- 如上图所示,上方表格列出所有反应方程式,下方表格列出该方程式对应的每个反应事件,用户点击具体某个反应事件,Movie窗口将只呈现该反应事件中相关原子的动态过程,时间轴自动调整到合适位置,便于用户更清晰的观察、检验结果
- 支持用户导出反应方程式列表的*.csv表格文件
详细介绍:https://www.fermitech.com.cn/ams/reaxff2022-chemtrayzer-2/
Microkinetics
在从试剂到最终产品的转化过程中,通常涉及许多较小的中间步骤。这些基本反应步骤具有各自不同的能垒和反应速率常数,它们的整合决定了整个系统的反应行为。通过微观动力学建模,对这样的系统进行研究,可以得到整体反应速率,以及限制整体反应速率的关键因素。包含如下功能:
- 计算温度范围内的反应速率
- 计算不同产物的选择性
- 确定反应的反应级数和表观活化能
- 计算所有反应步骤的速率控制程度
- 处理均相和异相反应
- 应用充分混合或活塞流反应器
- 模拟程序升温脱附
- 模拟同位素开关
ParAMS

ParAMS是用于DFTB参数拟合、ReaxFF力场优化的一个集成化的成熟的图形化操作工具,是一个包括如下功能:
- 将AMS中的计算结果添加到训练集中
- 设定训练集每个样本的权重因子
- 导入样本力场
- 设定需要优化的参数
- 使用CMA-ES优化力场
- 交叉验证生成力场
注意,拟合DFTB或ReaxFF参数时,一般需要搭配ADF模块生成训练集。
其他
- ACE Reaction:自动生成反应网络(测试中)
- ReactMap:确定化学反应中反应物和产物之间的最佳原子映射
- OLED模拟工具:OLED器件的多尺度建模、气相沉积、计算薄膜中所有分子的电离势、电子亲和力和偶极矩等特性的分布、将数据传输到 Simbeyond 的Bumblebee代码,用于涉及您的材料的 OLED 设备模拟
- OLED工作流