VNL作为LAMMPS的用户界面

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概述 LAMMPS 是一个应用广泛的经验力场分子动力学程序,使用VNL可以: 快速构建多种模型并导出LAMMPS的文件; 导入LAMMPS 分子动力学轨迹,并使用VNL中的分析功能进行分析。 现在申请【获取永久免费学术版的VNL图形界面】,即可获得这些功能! 使用VNL快速构建结构模型 导入数据库中的结构 导出LAMMPS的数据格式 构建块体、表面、界面结构 构建分子模型 构建随机合金、多晶体系 构建无定形体系 使用packmol将分子充填到晶胞 更多详细介绍,请参见:【VNL的建模功能】。 使用 VNL 分析 LAMMPS 的结果 VNL支持超大体系的显示和分析 原子数可达百万级 VNL可以直接由分子动力学轨迹得到体系的各种分布函数和性质: 径向分布函数 速度/动能分布 速度自相关函数 局域质量密度分布 局域应力分析 从MD轨迹计算声子DOS 配位数分析 角分布函数 均方位移 Evolution of average nearest neighbor number with tine 中子散射结构因子 弹性常数(应力-应变曲线) 多种函数重叠作图 支持柱状图、线状图 显示MD模拟过程的原子速度 显示MD动画并支持自定义显示、按帧导出结构 导出动画文件 相关实例教程 使用VNL产生无定形结构 英文教程:Generating Amorphous Structures VNL和LAMMPS一起使用进行分子动力学研究 教程:在VNL中导入LAMMPS轨迹文件。 […]

QuantumATK 的结果分析功能

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QuantumATK 的图形界面 NanoLab 提供丰富的数据处理与结果可视化工具。 显示 3D 数据 高性能图形渲染引擎,支持百万级原子和键显示 等值面图、等值线图、Contour 图,图形可以根据数据范围进行重复 控制原子颜色、大小和透明度 根据计算物理量(力、速度等)显示原子颜色 可以用于 MD 轨迹等动画 晶体的多面体作图表示 Voxel 作图方法(3D 格点数据的点状云) 矢量场作图 Contour 平面图的 3D 立体化 3D 显示控制,支持多光源 布里渊区显示工具 导出多数图片格式 导出 CUBE 文件或简单 xyz 数据文件,用其他程序作图 导出 MD 轨迹、声子振动、NEB 路径等的动画 自动旋转显示,导出 GIF 动画 交互式进行 3D 测量距离和角度 2D 作图工具 将作图保存成 Python 脚本,用于重新作图或自定义作图 将能带和态密度作图合并 在图上任意添加箭头和文字说明 更多功能介绍详见 QuantumATK功能列表。 能带分析工具 直接绘制能带图 自定义图元素属性(线性、线宽、文字、标尺) 添加文字说明、箭头等标记元素 […]