说明：氨基酸在水中通常会形成H键。因此不能使用通常的溶剂化模型如COSMO、SCRF等等来描述，而应该将溶剂分子直接地与溶质分子同等地考虑在内。但溶剂分子的热运动导致溶剂分子相对于溶质的位置比较难以确定。
精确的处理这类问题，需要进行第一性原理分子动力学或者第一性原理的蒙特卡洛模拟，得到溶剂分子相对于溶质分子的位置。这样工作量比较大。
一个比较节省的，可靠性也较高的方式，是将溶剂分子按可能形成氢键的位置预先摆放在溶质分子附近，通过几何结构优化，找到溶剂分子相对于溶质分子的位置。然后基于这样的几何结构计算原子的电荷分配。
我们以甘氨酸举例。