分子动力学网络课程
“Atomistic Simulation of Thermal Transport Across Interfaces”

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QuantumWise 将于近期举办“跨界面的热输运模拟”的网络课程。 网络课程时间:2017 年 2月 14 日 4-6 PM 或 2 月 15 日 3-5 AM(均为北京时间) 课程安排如下: 入门讲座(半小时):介绍热输运基本概念 操作演示(一小时):特别关注非平衡分子动力学模拟和基于非平衡格林函数的声子输运,举例介绍如何模拟透过硅晶界的热传导。 答疑(半小时) 本次网络课程以英文进行。 点此注册 成功注册后,您会收到一封确认邮件,提示您如何加入本次网络课程。 有疑问请联系我们:sales@fermitech.com.cn 或 info@quantumwise.com。 上期“使用 VNL 和 ATK-Classical 进行分子动力学模拟”的网络课程讲稿下载。 参加者准备: 没有任何计算模拟经验的人也可以从中获益,但建议参加者应该有基本的原子级别建模和模拟的经验。 参加者可以提前在自己的电脑上安装 VNL-ATK,以便在操作演示中进行练习。所有用户都可以申请 30 天免费试用 license(点此申请),学术机构的研究者可以申请 ATK-Classical 的永久免费 license(点此申请)。 深入了解VNL-ATK中的经验力场计算引擎ATK-Classical,请参考: 简介:http://www.fermitech.com.cn/vnl-atk/atk-classical/ 文章: http://arxiv.org/abs/1701.02495 与ATK-Classical相关的中文实例教程有: 分子动力学基础 模拟气相沉积薄膜生长过程 模拟离子轰击单层石墨烯 缺陷碳纳米管的杨氏模量 界面热导的模拟 VNL-ATK是先进的材料与器件模拟平台,除经验力场之外,还支持DFT、DFTB、半经验量子力学计算,可以模拟材料和电子器件的各种性质(了解 VNL-ATK 的更多功能)。

分子动力学网络课程
“How Atoms Move: Introduction to Molecular Dynamics Simulations with VNL and ATK-Classical”

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QuantumWise 将于近期举办“使用 VNL 和 ATK-Classical 进行分子动力学模拟”的网络课程。 网络课程时间:2017 年 1 月 24 日 4-6 PM 或 1 月 26 日 3-5 AM(均为北京时间) 课程安排如下: 入门讲座(半小时):介绍分子动力学的基本原理、方法和应用 操作演示(一小时) 答疑(半小时) 本次网络课程以英文进行。 点此注册 成功注册后,您会收到一封确认邮件,提示您如何加入本次网络课程。 有疑问请联系我们:sales@fermitech.com.cn 或 info@quantumwise.com。 参加者准备: 没有任何计算模拟经验的人也可以从中获益,但建议参加者应该有基本的原子级别建模和模拟的经验。 参加者可以提前在自己的电脑上安装 VNL-ATK,以便在操作演示中进行练习。所有用户都可以申请 30 天免费试用 license(点此申请),学术机构的研究者可以申请 ATK-Classical 的永久免费 license(点此申请)。 深入了解VNL-ATK中的经验力场计算引擎ATK-Classical,请参考: 简介:http://www.fermitech.com.cn/vnl-atk/atk-classical/ 文章: http://arxiv.org/abs/1701.02495 与ATK-Classical相关的中文实例教程有: 分子动力学基础 模拟气相沉积薄膜生长过程 模拟离子轰击单层石墨烯 缺陷碳纳米管的杨氏模量 界面热导的模拟 VNL-ATK是先进的材料与器件模拟平台,除经验力场之外,还支持DFT、DFTB、半经验量子力学计算,可以模拟材料和电子器件的各种性质(了解 VNL-ATK 的更多功能)。

VNL作为LAMMPS的用户界面

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概述 LAMMPS 是一个应用广泛的经验力场分子动力学程序,使用VNL可以: 快速构建多种模型并导出LAMMPS的文件; 导入LAMMPS 分子动力学轨迹,并使用VNL中的分析功能进行分析。 现在申请【获取永久免费学术版的VNL图形界面】,即可获得这些功能! 使用VNL快速构建结构模型 导入数据库中的结构 导出LAMMPS的数据格式 构建块体、表面、界面结构 构建分子模型 构建随机合金、多晶体系 构建无定形体系 使用packmol将分子充填到晶胞 更多详细介绍,请参见:【VNL的建模功能】。 使用 VNL 分析 LAMMPS 的结果 VNL支持超大体系的显示和分析 原子数可达百万级 VNL可以直接由分子动力学轨迹得到体系的各种分布函数和性质: 径向分布函数 速度/动能分布 速度自相关函数 局域质量密度分布 局域应力分析 从MD轨迹计算声子DOS 配位数分析 角分布函数 均方位移 Evolution of average nearest neighbor number with tine 中子散射结构因子 弹性常数(应力-应变曲线) 多种函数重叠作图 支持柱状图、线状图 显示MD模拟过程的原子速度 显示MD动画并支持自定义显示、按帧导出结构 导出动画文件 相关实例教程 使用VNL产生无定形结构 英文教程:Generating Amorphous Structures VNL和LAMMPS一起使用进行分子动力学研究 教程:在VNL中导入LAMMPS轨迹文件。 […]

QuantumATK:更强大、更灵活的材料动力学模拟

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概述 动力学模拟是一种重要的原子级模拟方法,通过求解原子运动的经典力学牛顿方程对相空间进行采样,不仅可以研究体系在相空间的演化过程,还可以通过产生的系列结构(系综)通过统计方法得到体系在非零温度下的各种性质。 动力学过程中的原子间相互作用力则可以通过多种方法求得,可以是密度泛函理论,也可以是经验力场。 使用QuantumATK进行材料动力学模拟 可以用多种能量-力计算方法 密度泛函理论(DFT-LCAO 和 DFT-PlaneWave):支持几千原子级别超大体系的计算 半经验量子力学模型(SemiEmpirical):支持密度泛函紧束缚近似(DFTB) 经验力场(Forcefield):支持几百种经验势参数(含ReaxFF) 支持多种系综和理论方法 NVE velocity verlet NPT with stress mask NPT/NVT(Berendsen) NPT Melchionna NPT with stress mask Langevin 支持多种动力学方法 平衡态分子动力学 非平衡态分子动力学(RNEMD)计算热导 time-stamped force-bias Monte Carlo长时域的动力学方法 Metadyamics(PLUMED):更快的对能量(自由能)面进行采样,获得大范围的结构-能量信息 自适应动力学蒙特卡罗方法(adaptive kinetic Monte Carlo):研究结构变化与机理 可控制局域温度、设定升温速率 计算过程中分析 QuantumATK:高效的动力学引擎 基于QuantumATK高效的DFT、SE和ForceField计算引擎和MD代码的优化,分子动力学计算速度有明显优势。其中DFT、SE、ForceField均支持MPI大规模并行,并获得极大的速度提升。 基于DFT的MD计算速度测试结果 7056原子的分子动力学(水分子):在64MPI并行时,第一步MD耗时4分钟。 3220原子的分子动力学(硅固体):144MPI进程并行,1步耗时约10分钟。 基于ForceField的MD并行加速测试(1百万SiO2原子) DFT+ForceField混合方法动力学 QuantumATK提供更灵活的分子动力学模拟框架,可以在一个动力学模拟过程中混合使用DFT和ForceField。 图:LiFePO4中Li在外电场下的扩散动力学模拟。考虑电场的同时,DFT的引入可以反映原子电荷在动力学过程中的涨落。 time-stamped force-bias Monte Carlo方法 使用time-stamped force-bias […]