肿瘤电场治疗全胸模型中非小细胞肺癌的计算分析

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一、概述 非小细胞肺癌(NSCLC)占肺癌中的大多数,标准治疗方法有手术、放射治疗和药物治疗,包括细胞毒性化疗、靶向药物或根据肿瘤分子分型结果的免疫治疗。然而对于许多患者来说,不良反应往往会限制某些临床护理选择并降低生活质量。肿瘤电场治疗(TTFields)采用频率为 150 至 200 kHz 的交变电场,通过 2 对彼此正交放置的换能器阵列连接便携式电场发生器从外部施加到身体,在肿瘤细胞有丝分裂时破坏肿瘤细胞发挥抗癌作用。 TTFields 的疗效最初是在胶质母细胞瘤中进行研究,结果显示它可以延长新诊断患者的生存期。然而,人们对胸腔内 TTFields 的传播了解甚少。与浸泡在高导电性脑脊液中的大脑不同,肺泡和支气管内的空气是一种非导电介质,可能会改变 TTFields 的行为。本项目获取 4 名低分化肺腺癌患者的正电子发射断层扫描和计算机断层扫描图像数据集,通过图像处理创建大体肿瘤体积(GTV)、临床靶区(CTV)和从胸部表面到胸腔内的结构,然后使用有限元模拟研究电场的穿透能力和分布特性。 二、模型准备和模拟 2.1 图像获取 从癌症中心获取 4 名 NSCLC 患者的 DICOM 成像数据,用于回顾性影像学分析。本研究使用计算机断层扫描(CT)和正电子发射断层扫描图像,在 Simpleware 软件中对胸部各种组织的 CT 图像进行分割,然后与正电子发射断层扫描数据进行配准以勾画出 GTV。模型的准确性高度依赖于输入参数和用于勾画各种解剖结构的图像分辨率,因此在分割前将每个图像数据集超采样为 1 × 1 × 1 mm 的分辨率,使用切片之间的最近邻插值最大限度地减少体素边缘效应。 2.2 图像分割 胸内组织在患者个体间并不均匀,包括但不限于各种胸肌、皮质骨、松质骨、血管、气腔和心脏结构。单独分割气道结构(如隆突、气管)和血管(如下腔静脉、上腔静脉)作为空间参考的解剖标志。由于每个 GTV 的位置独特,模型之间存在 TTFields 异质性。在每个 GTV 周围均匀扩展 3 mm 作为 CTV,从而包含放射影像中不一定能检测到的亚临床微观疾病。将 CTV 和 GTV […]

检测不同髋关节手术后髂腰肌肌腱炎的新型模拟

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概述 髂腰肌肌腱炎通常由髂腰肌肌腱和髋臼杯之间的撞击引发,影响约 18% 的全髋关节置换术(THA)和 30% 的髋关节表面置换术(HRA)患者。已研究开发出一种用于检测髂腰肌撞击的新型模拟,且在 THA 患者中验证。 本项目将验证扩展到 HRA 患者,比较 THA 和 HRA 患者的结果。使用 Simpleware 软件对 12 名患者的两组 CT 扫描数据进行分割、标记、导出后进行模拟。结果表明,模拟能够显著预测髂腰肌肌腱炎,并在 THA 和 HRA 患者的研究中区分有症状和无症状队列。这种新颖的模拟将为术前髋臼杯的放置决策和术后髂腰肌肌腱炎诊断提供助力。 亮点 已开发并验证一种检测髂腰肌撞击的新型模拟 在 Simpleware 软件中分割和标记 CT 扫描数据 模拟可显著预测髂腰肌肌腱炎 改善术前和术后手术决策 介绍 髋关节表面置换术(HRA)是全髋关节置换术(THA)治疗终末期髋关节骨关节炎(OA)的替代手术方案。与 THA 相比,HRA 具有相同的翻修率,同时保留了更多的骨量,能够更好地恢复天然生物力学。然而,腹股沟疼痛和髂腰肌肌腱炎仍是 HRA 后的常见并发症。最常见的原因是由于髋臼植入物的偏位、前倾不足或尺寸过大等因素造成髋臼杯前缘与髂腰肌肌腱的撞击。 本研究在前期 THA 模拟的基础上,通过对有症状和无症状患者的病例对照研究,探讨 HRA 患者髂腰肌肌腱炎的发生机制。然后将这些结果与先前收集的 THA 结果进行比较,研究臼杯撞击和肌腱炎机制的差异。 本研究对两个假设进行检验。首先,有症状 HRA 患者队列在仰卧位和站立位的撞击程度均显著高于无症状 HRA 患者。其次,由于与 HRA 相关的髋臼杯较大,有症状 […]

利用深度学习精准快速分割老年人头部核磁数据

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从核磁共振图像(MRI)对整个头部进行精准的分割为个性化的有限元计算模型奠定了基础,提供非侵入性脑刺激(NIBS)等领域的计算机辅助解决方案。
本研究提出一种名为 GRACE 的深度学习方法,在一个新数据集上进行训练和验证,该数据集包含 177 个经过细致人工审查的手动校正 MRI 衍生基准分割。

【Simpleware教程】壁厚分析

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在 Simpleware ScanIP 中可以使用壁厚工具对获得的掩膜或面模型进行厚度统计和 3D 可视化厚度分布。本教程将向您展示如何利用壁厚工具研究大脑皮层预分割区域的神经解剖学皮层厚度,该指标被认为与认知能力相关,可用于阿尔茨海默病等脑部疾病的诊断。 本教程所用数据文件路径 C:\Program Files\Synopsys\Simpleware\U-2022.12\Data\WallThickness 1. 生成表面渲染 点击File — Open 打开 CerebralCortex.sip 项目文件。 壁厚工具是使用 3D 视图中对象的三角曲面渲染计算和展示厚度分布。 确认 Dataset browser 下的 Grey matter 掩膜为可见状态。点击 3D preview — Model Setup — Setup model,打开 Model configuration 对话框。在 General 标签,选择 Binarise before smoothing 模式,勾选 Use smart mask smoothing,其他保持默认。在 Surface settings 标签,勾选 Use triangle smoothing for masks,设置 […]

个性化模拟去骨瓣减压术

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需要进行侵入性脑手术的常见原因是来自肿胀变形产生的的致命压力。在这种情况下,神经外科医生会尝试通过去骨瓣减压术缓解压力,切开颅骨让大脑“膨出”。这种方法通常是基于个人经验,具有导致患者严重残疾的风险。在去骨瓣减压术中,大脑神经纤维即轴突有被切断的风险,因此该手术成为外科医生“最后的手段”。 斯蒂文斯理工学院、斯坦福大学、牛津大学、埃克塞特大学等在该领域都已取得了突破性的进展。研究人员开发的工作流程中,使用 Simpleware 软件处理医学图像和生成大脑的有限元(FE)模型,用以模拟不同条件下的开颅手术。这些方法的运用能够使神经外科医生深入地了解极端状况下的组织运动学,有助于规划开颅手术的形状和位置。 创建大脑模型 图1:由3Tesla扫描设备获得成年女性脑部 MRI 图像 大脑包含数十亿神经元和数万亿的突触,所以建模会非常困难。使用 Simpleware 软件通过分割大脑和颅骨的关键区域可以降低这种复杂性。从 3T 扫描仪(GE)获取成年女性头部 MRI数据,导入 Simpleware ScanIP 中进行图像处理,识别分割出感兴趣区域,如组织、小脑、皮肤和颅骨等。 图2:在 Simpleware 软件中创建的头部 FE 网格模型 接下来的挑战是从复杂的分割图像数据中生成可用于仿真的有限元模型。在 Simpleware FE 中利用专有算法同时对不同区域进行精细地网格划分,生成的网格模型可直接用于仿真求解器,无需其他任何后处理。 模拟去骨瓣减压术 将有限元网格模型导入 ABAQUS ,研究具有两种不同颅骨开口的颅骨切除模型:单侧瓣和额部骨瓣。定义材料模型、边界条件、相互作用、约束后,分析不同的溶胀场景。模拟的目的是预测去骨瓣减压手术对大脑的机械负荷,包括白质组织和特定半球的最大体积肿胀。 图3:去骨瓣减压术计算模拟的矢状面和横断面及对应的左侧大脑半球肿胀 结果&结论 该方法研究了位移场、最大主应变以及径向和切向轴突拉伸的影响。模拟可以确定最佳的开口大小,从而控制压力和最大限度地减少轴突损伤的风险。颅骨开口边缘处高强度拉伸的结果表明,预计较大的颅骨切口会减少和分散在大脑中的轴突负荷。研究还发现,打开肿胀同侧的颅骨会产生更好的患者预后。 图4:三种不同脑肿胀场景的中线移位 个性化的头部和大脑模型是改善去骨瓣减压手术效果的有效工具。神经外科医生受益于能够获得辅助术前规划的新数据,同时不同场景的模拟可以实现针对特定患者的手术方案。更长期的临床影响包括减少手术并发症和需要进行的实验测试。在未来,该工作流程可以扩展到任何涉及脑损伤、撞击以及电磁(EM)治疗的场景中。 参考 致谢和更多信息请参考英文原文:https://www.synopsys.com/simpleware/news-and-events/simulating-brain-surgery.htmlWeickenmeier, J., Saez, P., Butler, C.A.M., Young, P.G., Goriely, A., Kuhl, E., 2017. Bulging Brains. Journal of Elasticity, 129(1-2), […]

探究睡眠呼吸暂停【Simpleware应用】

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概述 理解如何维持气道通畅的基础是咽部被动机械变形对上气道塌陷的作用进行分析。本项研究首先在 Simpleware 软件中使用 CT 扫描数据创建了精细的 3D 解剖模型,然后采用有限元分析(FEA)方法研究变形情况。结果与体内试验及文献报道吻合较好,可以作为更全面地模拟人上气道塌陷和治疗阻塞性睡眠呼吸暂停的起点。 亮点 从 CT 获取人体上气道图像数据在 Simpleware ScanIP 中重建 36 个不同的解剖结构在 Simpleware FE 中生成有限元网格并施加内气道压力边界条件在 ANSYS Workbench 中进行气道变形模拟 图像处理和网格生成 采用多层螺旋 CT 扫描仪获取一例 79 岁男性的正常气道 CT 扫描数据。通过 Simpleware ScanIP 对 DICOM 文件进行三维重建和分析。对整个图像应用二值化的中值滤波以降低噪声;采用噪声曲率流滤波器促进区域内平滑、抑制区域间平滑、去除噪声,增强灰度边界。对36个单独的组织、骨骼、软骨、韧带、肌肉和膜的解剖结构进行分割。采用递归高斯平滑对分割后的结构进行平滑处理,进一步降低噪声水平,减弱锐利的边缘。将模型的下侧裁剪至声带附近,从而减少 FEA 的计算需求。 图:用于 FEA 的三维模型渲染图。每个数字和不同颜色代表特定的解剖结构。 使用 Simpleware FE 创建由正四面体单元组成的网格,进行局部网格细化和额外的网格改进措施。多部分网格在接触界面上具有共享节点,在气道壁上定义的节点集施加内气道压力边界条件,并在立方体域边界与模型的界面处定义节点集;在这里也采用了固定边界条件。 模拟结果 划分的网格和节点集以 .cdb 格式导入 ANSYS Workbench 进行模拟。在 Image J 中分析横截面积,证明网格已收敛。在小变形的限制下估算被动咽部组织的性质,以线性弹性作为合理假设。 在不同气道压力下分析口咽部和腭咽的横截面积,确定大气压(零)附近的面积随压力的变化斜率,并与已发表的放松状态下已麻醉正常人的体内实验数据进行比较。研究结果提供了新的理解,有助于进一步基于图像建模研究,也有助于针对口腔压力治疗设备进行新型医疗器械设计。 图:在基于三维 CT 的人咽部有限元模型中,整体和定向局部变形的矢状断面视图。(A)总变形;(B)横向变形;(C)前后向变形;和(D)垂直向变形 参考 致谢请参考英文原文;Carrigy, N.B. et al., 2016. Simulation of muscle and adipose tissue deformation in the passive human pharynx. Comput Methods Biomech […]

患者复杂主动脉夹层的血流动力学模拟

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概述 对于希望虚拟重现主动脉夹层疑难病例患者主动脉内血流这个目标来说,Simpleware ScanIP 是一个不可或缺的宝贵工具,它不仅能够准确地提取这些患者复杂的主动脉几何结构,而且还提供了重要的形态和功能信息,这对于建模工作流程至关重要。 亮点 开发工作流程实现由非侵入性临床数据获得主动脉夹层的个性化计算流体力学(CFD)模型使用 Simpleware ScanIP 从 CT 图像中提取三个复杂研究个案患者的特定结构使用 ANSYS® CFX 完成 CFD 模拟,提供的血流动力学方面见解可以增强临床认识、支持决策过程。 介绍 主动脉夹层(AD)是一种可危及生命的血管疾病,发病率和死亡率都很高。在 AD 中,主动脉内膜层的撕裂导致血液在血管壁内流动,产生两个或更多流道,真腔(TL)和一个或多个假腔(FL)被内膜皮瓣(IF)隔开。主动脉夹层的形态高度复杂且具有患者特异性,通常由多个IF撕裂表现为曲折的FL与TL相连。这种复杂的环境产生异常的血流动力学应力(如压力和剪切应力),从而驱动疾病演变。目前,成像技术无法准确评估体内血流动力学。然而,临床图像和计算流体动力学(CFD)的结合可以提供重要的预后见解,从而支持这种危及生命疾病的临床决策过程。 工作流程说明 开发主动脉夹层 CFD 模型生成和个性化的工作流程。涉及的步骤: 利用 Simpleware ScanIP 重建患者特定主动脉的 CT 扫描几何结构为模拟特定患者主动脉的血流动力学包络调整 CFD 模型的边界条件在 ANSYS 软件中求解计算模型并进行结果的后处理 借助Simpleware ScanIP进行结构分割 将临床 CT 扫描的 DICOM 文件直接导入 Simpleware ScanIP 中,采用中值滤波处理,降低图像的“椒盐”噪声。对于以主动脉及其主要分支为代表的感兴趣区域,首先采用自动阈值算法(即 floodfill)分割,然后手动细化,以准确描述 IF 及其撕裂。为消除像素伪影,对生成的掩模采用平滑算法,然后通过 Simpleware ScanIP 中的自动工具垂直于脉管中心线裁剪,从而创建 CFD 模型的流入和流出边界。然后将患者特定的主动脉夹层面模型作为建立模型导入 ANSYS®软件。 图:主动脉夹层的分割:(a)CT数据的渲染;(b)平滑后的分割掩模;(c)模拟中使用的三维模型 图:对3个研究案例进行几何重构,箭头表示内膜瓣内撕裂的位置 CFD模型的设置和个性化 CFD […]

 
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