参考文献:
T. van.der.Wijst, C. Fonseca Guerra, M. Swart, F. M. Bickelhaupt and B. Lippert, A Ditopic Ion-Pair Receptor Based on Stacked Nucleobase Quartets. Angewandte Chemie International Edition 48 (18), 3285 (2009).
阳离子与A4 (A = adenine)通过tetrastrandedRNA分子中四个环外氨基团结合,这种性质令人困惑,由此带来一个可能性:纳阳离子可能实际上是阴离子。
从计算结果来看,鸟嘌呤和4个腺嘌呤堆叠形成化合物G4A4,成为稳定的盐NaCl的水溶液中的ditopic受体。除了生物化学(结构和DNA端粒的稳定性),潜在的相关科技(从水中提取盐)之外,在计算/技术方面也是亮点:水中,8个DNA碱基+NaCl(150原子),通过氢键、π堆叠以及供体-受体键。
本文采用ADF进行计算,使用色散修正泛函DFT-D(处理堆叠的相互作用),QUILD模块用来进行结构优化。
关键词:dispersion-corrected DFT (DFT-D), solvent effects (COSMO), geometry optimization (with QUILD)