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分子动力学基础
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ReaxFF常见问题及解决方式[目录]
adf:reaxff模块计算过程中的常见问题及解决
这是本文档旧的修订版！
ReaxFF常见问题及解决方式[目录]
理论与理解
怎么理解ReaxFF模拟的反应温度高于实际反应温度
如何理解、选择系综
弛豫与优化
低温弛豫发生化学键的断键/成键
ReaxFF范德华力的截断半径
ReaxFF得到的速率常数，单位是什么？如何转换为常用单位？
AMS2019以后的版本中，ReaxFF单进程为何CPU占用率变成了800%左右
ReaxFF能模拟离子吗？
关于产物分布不合理的思考
设置参数
如何模拟同位素的效应
如何选择力场
如何确定ReaxFF模拟所用到的Cell的尺寸
Reaction Event Detection窗口参数的含义
如何为某部分原子（例如某个分子）设置固定电荷
分子动力学模拟，如何固定部分原子
键级cut off
LAMMPS中的一些参数在ReaxFF中的设置
2016以前的版本如何进行巨正则系综蒙特卡洛GCMC模拟
ADFinput的分子位置和Movie位置不一样怎么办？
如何模拟撞击
在Movie窗口如何快捷、方便的追踪特定原子群体？
键级截断值0.3的设置
分子动力学中固定键长、键角的Shake用法
如何为每个原子设置初始速度
关闭Atoms too close的检查
shakeinMD
图形界面与特殊操作
2021以后的版本中，ReaxFF如何生成旧版中的RXMOLFRA文件
如何在reaxff的movie中对单独一个分子进行反应过程和相应数据的观测
分子动力学的重启restart
Reaxff的Movie显示原子超出Cell边界怎么办
如何让Cell的中心在某个/某些原子上？
如何处理冗余的动力学步数
开始计算后，没有任何输出，任务卡住
如何读取分子动力学模拟中某一帧的结构到ADFinput中
如何将外部力场，导入AMS中
如何减小＊.rxkf文件的大小
大分子反应的速率常数
Non-reactive iterations设置的含义
力场文件在哪里？
Movie>Properties>Molecular Fractions列表中Max #的值比Ave #的值小，是怎么回事
将ReaxFF的性质曲线（例如分子数变化曲线）横坐标改为“时间”
如何追踪小分子的生成路径？
如何查看某一帧的原子电荷信息
如何查看每一帧的分子个数情况
Movie - Properties - Reaction event detection中得到的Network表是什么含义
如何在既有分子混合物中，再次添加分子？
如何选中混合物中某一类分子
如何导出分子动力学模拟轨迹中原子的电荷
设置region并在Movie中标记该region
结果处理
如何生成特定分子在z轴上的分布情况
分子动力学Movie - MD properties - Conserved Energy/NHCT1StatEnergy的含义
自相关函数分析中的偶极矩
如何生成键连接关系？
如何合并两次分子动力学轨迹
报错
*.logfile报错：ERROR DETECTED: ATOMS TOO CLOSE
*.out文件中出现NaN字样
*.out文件最后一行报错Fatal: Unknown bond in molecule
*.out文件提示:non-physically large charges produced by EEM
stderr:Unsupported charge equilibration method. Only 7 is valid for ACKS2
ADFinput报错：TRegime for regime 2: incorrect number of atoms
Reaction Event Detection不能分析基元反应
图形界面提示：Could not resort atoms to generate tregime input,try different regions
logfile报错：WARNING: Suspicious force-field EEM parameters for N , which may lead to unphysical charges.
MCFF优化力场报错：FORMAT TOO LARGE. CSPUTR
原子数大于99999时，out文件报错：Error in Biograf-input
*.logfile报错：MINRESQLP returned bad status (see output)
velocity is too large
*.err提示：Process received SIGSEGV
ChemTraYzer2.0分析报错
PLAMS
AMS2022及其以前的版本中find_bond不能识别跨越Cell的键
adf/reaxff模块计算过程中的常见问题及解决.1686642125.txt.gz
· 最后更改: 2023/06/13 15:42 由
liu.jun
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