Atom too close是检查到原子之间的距离比某个阈值（例如0.5埃）更小，不太合理，从而出现的一个报错提示：

<Sep28-2022> <16:32:08>  AMS 2022.103  RunTime: Sep28-2022 16:32:08  ShM Nodes: 1  Procs: 1
<Sep28-2022> <16:32:08>  Starting MD calculation:
<Sep28-2022> <16:32:08>  --------------------
<Sep28-2022> <16:32:08>  Molecular Dynamics
<Sep28-2022> <16:32:08>  --------------------
<Sep28-2022> <16:32:08>           Step       Time    Temp.         E Pot        Pressure        Volume
<Sep28-2022> <16:32:08>                      (fs)      (K)          (au)           (MPa)         (A^3)
<Sep28-2022> <16:32:09>              0       0.00  100000.     -39.24009      133821.625        3048.6
<Sep28-2022> <16:32:09>  ERROR: Atoms are too close

应对方法可以选择：

1. 减小步长
2. 使用更强的原子核排斥力场
3. 关闭原子距离合理性检查：在*.run文件中System关键词下添加一行AllowCloseAtoms，例如下面所示：

Task MolecularDynamics
MolecularDynamics
    NSteps 10000
    InitialVelocities
        Temperature 100000
    End
End
System
    AllowCloseAtoms 
    Atoms
        O -0.504773 5.284954 -2.548218 region=Auto_Generated
        H -0.328778 5.33505 -1.591707 region=Auto_Generated
        H 0.040776 6.00106 -2.919658 region=Auto_Generated
        O -3.843405 5.844568 -2.731233 region=Auto_Generated
        H -3.644653 5.433078 -3.591217 region=Auto_Generated
        H -2.964097 5.999452 -2.342355 region=Auto_Generated
……

AllowCloseAtoms 关键词在restart计算中会被忽略，如果一定需要restart，AMSinput读取Movie最后一帧的结构，然后Model→MD→Initial Velocities读取*.results/ams.rkf文件。这样能够保留AllowCloseAtoms关键词。