常规MD模拟或者结构优化参数设置中，增加如下设置即可：

选中需要固定的原子，Model → Geometry Constraints and PES Scan→ 点击 “Select atoms (fix position)”的➕

以Si Slab与O2在1600K的模型为例，分子动力学模拟过程，我们固定中间两层Si原子。基本思想：选中要固定的原子，设置固定，然后将不固定的原子设置为一个region，然后在温度系综里面，为这些不固定的原子设置温度等条件。

首先，选中需要固定的原子：

Model - Geometry Constraints and PES Scan，点击Selected atoms(fix position)前面的＋：

菜单栏Select - Invert selection，从而所有不固定的原子被选中，Model - Regions点击加号，添加一个Region：

然后是常规分子动力学参数设置。设置力场：

设置步数：

点击Thermostat后面的>按钮设置恒温器（控制温度的算法，如果使用NVT系综，则只需要设置Thermostat而不需要设置Barostat）：

注意这里修改了atom in region的设置，选择了不固定的那些原子。

如果是NPT系综，则还需要增加Barostat的设置（如果固定了原子，则这里恒压器算法只能选择Berendzen）：

保存作业，并提交作业。

SCM - Movie，可以看到设置固定的原子在MD过程中保持静止。