atk:高效运行quantumatk

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--- atk:高效运行quantumatk [2023/07/30 14:09] – [License错误] fermi
+++ atk:高效运行quantumatk [2024/02/23 15:43] (当前版本) – [内存错误] fermi
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 QuantumATK是成熟的软件平台，运行出现意外错误的情况很少，最常见的是内存和进程错误，这种错误一般出现在块体 DFT（或器件 DFT-NEGF）计算时发生异常终止，log文件没有错误信息或者有如下类似的错误信息：
+{{ :atk:f6cfe2a6-07d3-4933-b1e6-8c2e3f1211c6.png?400 |}}
+这种错误信息表明进程被外部终止。
-也就是显示进程被外部终止。
 ===== 进程错误 =====
@@ 行 27: / 行 27: @@
 ===== 内存错误 =====
-很多时候这种进程错误也是由于内存读写造成的，要快速处理计算中出现的内存溢出错误，就需要理解以下几点：
+很多时候这种进程错误是由于内存读写造成的。除此之外，有事内存限制可能是系统管理员为普通用户进行的资源限制，这是QuantumATK会给出明确的内存溢出的错误信息。
+要快速处理计算中出现的内存溢出错误，就需要理解以下几点：
   * DFT计算以自洽为一个单元，自洽单元的 MPI 并行与内存消耗是需要考虑的主要因素；
@@ 行 64: / 行 66: @@
 一般来说我们会设置启动 64 个 MPI并行进程的计算：
 <code>
-[atk_dir]/mpi/bin/mpiexec -n 64 [atk_dir]/bin/atkpython input.py
+[atk_dir]/mpi/bin/mpiexec -n 64 -ppn 64 [atk_dir]/bin/atkpython input.py
 </code>
 在并行提交时，''mpiexec''（或 ''mpirun''）后 -n 所带的参数即要启动的 MPI并行进程数。
 此时需要占用 64 倍的内存。如果我们在不改变请求资源的前提下，减少''-n''后的数字为 32，则计算内存可以减少一半。
+在使用多节点时，可以考虑减少每个节点上的进程数。例如以使用2节点（每节点64核）为例：
+<code>
+#PBS -l nodes=2:ppn=64
+...
+...
+[atk_dir]/mpi/bin/mpiexec -n 64 -ppn 32 [atk_dir]/bin/atkpython input.py
+</code>
 因此为了控制并行内存，可以：
@@ 行 95: / 行 105: @@
 {{url>https://player.bilibili.com/player.html?bvid=BV13k4y1s7Pp 600,400}}
 ===== 图形界面错误 =====
+尽管 QuantumATK 的运行一般是十分稳定的，但仍然偶尔会发生意外退出等情况，并导致软件图形用户界面部分功能异常、卡顿，此时采取必要方法可以重置软件，恢复 QuantumATK 的正常运行。一般情况下，仅重置软件部分功能即可。
   * [[atk:重置quantumatk]]

atk/高效运行quantumatk.1690697378.txt.gz · 最后更改: 2023/07/30 14:09 由 fermi

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