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adf:sinkofreaxmd

ReaxFF-Molecule Sink:反应过程中清除指定产物

本文以甲烷燃烧为例,燃烧过程中不断生成CO2和H2O,设定不断抽走产物中的水和二氧化碳,版本要求AMS2020.101,使用ReaxFF模块完成。当然,用户如果指定在3万步的时候,去掉所有O2,也是可以的,程序并不区分谁是反应物谁是产物。

参数设置

设置,参考:【入门基础教程】ReaxFF-燃烧:甲烷燃烧过程模拟。不过这里我们不设置变温,而是设为恒温4300K,免得等不到生成CO2、H2O的反应发生:

增加参数设置:Model > Molecule Sink,设置抽走分子:

其中:

  • Formula,指抽走分子的分子式,用户输入后,保存任务时,软件会自动调整为标准格式
  • Frequency,指每多少步抽一次,每次将该分子全部抽走
  • Start step,指从第多少步开始抽取
  • Stop step,指第多少步以后不再抽取,如果不设置,抽取过程将持续到模拟结束

结果查看

SCM > Movie > MD Properties > Molecules:

可以看到虽然我们已经模拟了40000步,但是体系中并没有CO2,只有2个H2O分子,但是从数量曲线来看,出现了H2O之后,很快就消失了。而对照相同模拟条件,但没有设置Molecule Sink的模拟来看,在相同的模拟时长内,生成了大量CO2和H2O。

因此这实际上表示,我们设置的Molecule Sink成功的实现了抽走特定产物的功能。

键级

在AMSinput中的键级,未经计算,因此其键级是图形窗口根据简单的价电子规则而猜测出来的。在Movie中是经过计算的,因此鼠标选中两个原子,窗口左下角则会显示两个原子之间的键级。

adf/sinkofreaxmd.txt · 最后更改: 2024/02/05 13:05 由 liu.jun

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