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adf:dftmd-band

如何进行基于DFT的周期性边界分子动力学模拟

ADF2016.102版增加了基于DFT的分子动力学模拟功能。ADF模块、BAND模块、DFTB模块等包含这个功能(目前正在不断完善中,有兴趣的用户可以尝试使用):

  • ADF模块的DFT分子动力学模拟没有周期性
  • BAND模块DFT分子动力学模拟有周期性,并且是数值基组+原子轨道基组,计算量跟基组和电子数有关,跟真空区域关系不大,增加真空,基本不增加计算量,本例数值精度设置为basic,1个k点,5*5*5立方埃,1000步在普通台式机上大约几个小时完成
  • DFTB模块的分子动力学较早版本就有,但DFTB方法本身分子动力学模拟,具有一定局限性(具体可与ams@fermitech.com.cn讨论)

ADF模块的DFT分子动力学模拟和BAND很类似,可以参考本案例。

参数设置(基组、泛函等,参考ADF参数设置详解,DFT分子动力学模拟,比一般的结构优化计算设置的精度要低一个等级):

k空间设置为最低精度-basic。用户也可以点击后面的…符号,手工指定k点个数,例如2 2 2

Model > MD设置分子动力学参数,Number of steps是模拟的步数,步长一般0.25fs是比较合适的,所以这个例子里面模拟了2.5ps。Sample Frequency是指每100步保存一次原子运动轨迹。

如果要实现温度变化,参考AMS各个模块的分子动力学模拟,如何控制温度变化

NVT系综的设置

只需要设置系综实现的方案Thermostat、Temperature(与前面的温度一致)、Damping constant。其中Damping constant表示震荡时间(在达到指定温度前,温度随机震荡),一般默认设置100fs,也可以降低为10fs,对结果影响不大。

NPT系综的设置

设置与NVT类似。

保存run文件并直接运行任务,参考:提交作业方式、设定作业核数、软件安装与升级[目录]

结果查看:

轨迹保存在*results/ams.rkf文件中。SCM > Movie可以打开动画,自动读取该文件。

adf/dftmd-band.txt · 最后更改: 2019/12/13 19:29 由 liu.jun

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