这里会显示出您选择的修订版和当前版本之间的差别。
两侧同时换到之前的修订记录前一修订版后一修订版 | 前一修订版 | ||
atk:用dftb-neb研究氨分子翻转反应势垒 [2018/06/28 23:34] – [分析 NEB 模拟] xie.congwei | atk:用dftb-neb研究氨分子翻转反应势垒 [2018/10/20 19:35] (当前版本) – [用 DFTB-NEB 研究氨分子翻转反应势垒] fermi | ||
---|---|---|---|
行 1: | 行 1: | ||
====== 用 DFTB-NEB 研究氨分子翻转反应势垒 ====== | ====== 用 DFTB-NEB 研究氨分子翻转反应势垒 ====== | ||
- | 在本教程,您将学习利用弹性带计算氨分子翻转反应路径。为加快计算速度,我们将采用基于紧束缚密度泛函(DFTB)方法([[http:// | + | 在本教程,您将学习利用 |
===== 设置 NEB 对象 ===== | ===== 设置 NEB 对象 ===== | ||
行 110: | 行 110: | ||
===== 一种快速计算的方法 ===== | ===== 一种快速计算的方法 ===== | ||
+ | 在上面的计算中,您采用在端点之间线性插值来设置 NEB 路径的初始猜测。然而,在很多情况下,线性路径与优化路径相差甚远。将上述收敛结果的动画与您设置的初始 NEB 路径进行比较,可以看出,当氮原子通过分子中心时,氢原子需要向外移动为氮原子让出空间,然后再移动回来。 | ||
- | ===== 参考 ===== | + | 如果这种行为能以某种方式成为初始路径的一部分,则可以节省离子动力学中的一些步骤,从而节省计算时间。然而,由于氢原子的初始位置和最终位置是相同的,所以不能通过线性插值捕获。 |
+ | 但是,还有其他方法可以生成初始路径,有些可以在 **ATK** 中实现。 | ||
+ | |||
+ | * 返回到 {{: | ||
+ | * 保持图像距离,但是更改 **Method** 为 **Image Dependent Pair Potential**,创建 NEB。 | ||
+ | * 如果您现在检查初始路径会发现,它已经包含了氢原子的行为。这是采用 IDPP 方法做 NEB 运算的其中一个优势。 | ||
+ | * 按照如上的相同步骤通过 {{: | ||
+ | |||
+ | <WRAP center important 100%> | ||
+ | === 注意 === | ||
+ | IDPP 方法与 Halgren-Lipscomb 方法相似,也可以在 **ATK** 中实现(但不太适合本例的体系)。 | ||
+ | </ | ||
+ | |||
+ | ===== 参考 ===== | ||
+ | * S.Smidstrup et al., “Improved initial guess for minimum energy path calculations”, | ||
+ | * T.A. Halgren and W. N. Lipscomb, Chem. Phys. Lett. 49, 225 (1977) | ||
+ | * 英文原文:[[https:// |