atk:模拟离子轰击单层石墨烯

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--- atk:模拟离子轰击单层石墨烯 [2016/09/19 22:38] – [设置模拟] nie.han
+++ atk:模拟离子轰击单层石墨烯 [2018/03/20 22:15] (当前版本) – [模拟离子轰击单层石墨烯] liu.jun
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   * 学习基于**Virtual NanoLab** (VNL)建立计算所需的基本步骤。
   * 学习如何手动地在 VNL产生的Python脚本中引入修改。
-  * 使用**Atomistix ToolKit**(ATK)运行计算。
+  * 使用**QuantumATK**运行计算。
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 ===== 修改脚本 =====
+为了使轰击原子以想要的动能达到表面，需要在脚本中进行一些修改。
+  * 在第二个{{:atk:optimization.png?25|}}**MolecularDynamics**紧前面，植入如下语句。
+<code python>
+# Get the velocities from the bulk_configuration
+velocities = bulk_configuration.velocities()
+# Define the incident energy of the bombardment atom.
+incident_energy = 10.0*eV
+# Calculate the corresponding velocity and apply it to the last atom.
+incident_velocity = ((2.0*incident_energy/Carbon.atomicMass())**0.5).inUnitsOf(Ang/fs)
+velocities[-1, :] = [0.0, 0.0, -incident_velocity]*Ang/fs
+bulk_configuration.setVelocities(velocities)
+</code>
+<WRAP center round info 100%>
+**小提示！**
+在本计算中速度矢量被设置为垂直于表面。任意角入射方向可以被视为在脚本中对速度矢量进行修改。
+</WRAP>
+  * 将脚本命名并保存，通过{{:atk:job_manager.png?25|}}**JobManager**或者在一个终端里运行模拟。
+  * 完成模拟之后您可以使用**MovieTool**或者{{:atk:viewer.png?25|}}**Viewer**对轨迹可视化来检查损伤。
+{{ :atk:bombardment_movie.gif?500 |}}
 ===== 参考文献 =====
+[BS12]	(1, 2, 3) Edson P. Bellido and Jorge M. Seminario. Molecular dynamics simulations of   ion-bombarded graphene. J. Phys. Chem. C, 116(6):4044–4049, 2012.doi:10.1021/jp208049t.
+本文翻译：王吉章

atk/模拟离子轰击单层石墨烯.1474295905.txt.gz · 最后更改: 2016/09/19 22:38 由 nie.han

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