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如何检测动力学模拟过程中的基元反应、速率常数

第一步,进行正常的动力学模拟过程,参考费米维基:案例:398K下H2与F2摩尔比1:1的反应(ReaxFF基本参数范例详解)

第二步,反应事件检测(该功能只适用于小分子,太大的分子、块体、聚合物,在生成平面分子结构图方面有困难,所以不支持,但仍然可以检测出反应速率等信息,具体参考大分子反应的速率常数):

SCM LOGO > Movie打开动力学模拟的动画,如果不知道如何操作,参考费米维基:如何查看结果

Properties > Reaction Event Detection:

第一、二方框中的数字,输入要分析的时间段(从time step的第50000步开始,分析随后的89900步这段时间内,也就是5万~13.99万步之间)发生的化学反应的情况;Recorssing filter输入保存轨迹频率的10倍,例如默认每50步保存一次轨迹,则设置为500。

然后点击Process方框,等到右下角显示ready之后,即表示分析完毕,可以显示出来了;

点击第三个红色方框Browse(注意:下次要查看结果,不必再分析可以直接点Browse查看结果),显示这些反应,之后会中网页上显示反应的情况:

(这实际上是用浏览器(推荐Chrome,IE、edge等浏览器)打开了*.results/scmtrayzer/overview.svg文件)

Max Count显示这个时间段内该分子的最大个数,以及最大的时刻;First Seen表示这个分子初次出现的时刻。并在箭头上方显示了该反应的反应速率常数。

点击任何一种分子,会显示该分子相关的反应网络。

目前,该功能还在进一步完善中。

更完整的功能范例,参考英文向导(点击)

Reaction Network的含义:第一行的分子是基元反应的反应物,第一列分子是基元反应的产物,如果某行某列对应的基元反应存在,则该位置为✖️

adf/red.txt · 最后更改: 2019/12/31 10:26 由 liu.jun

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