【入门基础教程】ReaxFF-燃烧：甲烷燃烧过程模拟
本文以甲烷燃烧为例，燃烧过程中不断生成CO2和H2O，版本要求AMS2020，使用ReaxFF模块完成。
参数设置
ADFinput > Edit > Builder创建O2与CH4的混合物：
选择力场：
点击Task：Molecular Dynamics后面的 > 按钮，设置分子动力学模拟详细参数：步数（此处设置为4万步）、步长（此处默认0.25fs，注意温度越高，这个值需要越小，避免单步运动距离太长而失真，因此4000K设置为0.1fs左右应该更好）、sample frequency（每多少步保存一次轨迹）：
点击Thermostat后面的>按钮，设置温度。如果只设置温度则为NVT系综，如果设置温度的同时设置Barostat则为NPT系综。
NPT系综，一般建议在原子个数非常多，例如几万原子的情况下才使用。否则压强涨落太剧烈，可以达到几千MPa，原子个数越多，涨落越小，这本身也是符合物理事实的。
NVT系综的设置
只需要设置系综实现的方案Thermostat（实现NVT系综的算法）、Temperature、Damping constant。其中Damping constant表示震荡时间（在达到指定温度前，温度随机震荡），一般默认设置100fs，也可以降低为5fs，对结果影响不大，不过一般不修改，运行更正常一些。
恒温：温度如果只设置了一个，则不需要设置Duration(s)，整个模拟过程都是该温度
包含保温过程：Duration(s)的数字个数比温度的数字个数少1个。如上图所示的设置，表示：起始温度298K，经历3000步升温到1300K，然后保温3000步，然后经历3000步升温到4300K，然后保温20000步，然后经历3000步降温到298K，298K直到结束。
NPT系综的设置
在Thermostat设置的基础上增加Barostat的设置，压强的设置方式类似温度。不过damping constant的设置注意不能设置太小，否则有可能导致出现“singular lattice”的报错。
关于NVE系综的设置方式
Thermostat与Barostat均不设置，只设置MD参数中的Initial Temperature，即NVE系综。
结果分析
SCM - Movie - MD Properties - Temperature：
可以看到温度的变化如同设置的效果。温度曲线大致与能量曲线重合，这是因为温度的变化引起动能的变化。而高温区域不再重合，表示高温区域发生了反应，释放了热量，因此导致能量升高。这里的能量是总能量=动能（每一帧中，原子的运动速度决定）+势能（每一帧中，整个体系的构型决定）。 Graph - Delete graph可以删除该曲线的显示。
一、分子数量曲线
SCM - Movie - MD Properties - Molecules
例如：
此时横坐标是帧数，可以改为时间：MD Properties - Time在该窗口同时显示时间线（一条斜向上的直线），Graph - Curve on X Axes，时间被转换为X轴。
曲线的导出：Graph - Save as XY，可以保存为文本文件，包含XY两列数据。
二、基元反应分析、反应速率常数
这需要使用AdvancedWF模块的ChemTraYzer2.0。
ChemTrazYer 2，对大分子反应也能够很好支持，并能给出实验单位反应速率常数，并能给出每种产物相关反应次数随时间演化的柱状图。
三、键级
在AMSinput中的键级，未经计算，因此其键级是图形窗口根据简单的价电子规则而猜测出来的。在Movie中是经过计算的，因此鼠标选中两个原子，窗口左下角则会显示两个原子之间的键级。