有的时候，我们希望在ReaxFF的模拟过程中，希望某些分子上带上一定的电量。这可以通过在run文件的geo部分设置相应的关键字进行指定。我们以一个水分子和一个SO₃^2-的体系为例说明。

我们希望SO₃这四个原子总共带电-2，那么*.run文件中cat > geo «eor到eor之间，需要增加几行，修改后的*.run文件如下所示，是这一段增加几行以后的情况：

...... 
...... 
*.run文件其他内容省略... 
cat > geo <<eor
BIOGRF 200
MOLCHARGE 4 7 -2
MOLCHARGE 1 3 0
DESCRP chargeformolecules
REMARK Created by ADFinput
CRYSTX    10.00000   10.00000   10.00000   90.00000   90.00000   90.00000
HETATM     1 O                  -1.13087   0.90935  -0.15491 O      1 1  0.0 
HETATM     2 H                  -1.06778   0.12386  -0.71599 H      1 1  0.0 
HETATM     3 H                  -0.46757   0.93562   0.54899 H      1 1  0.0 
HETATM     4 S                   1.19586  -1.51753   0.46753 S      1 1  0.0 
HETATM     5 O                   1.05268  -0.43047   1.46261 O      1 1  0.0 
HETATM     6 O                   0.32616  -1.51702  -0.72999 O      1 1  0.0 
HETATM     7 O                   2.23479  -2.55822   0.63107 O      1 1  0.0 
END
 
eor
*.run文件其他内容省略... 
...... 

其中：

• 1～3原子是水分子的，总带电量为0，因此设置为：MOLCHARGE 1 3 0
• 4～7原子是SO3的，总带电量为-2，因此设置为：MOLCHARGE 4 7 -2
• 必须为所有原子指定，不然会报错。例如本例中如果只设置了MOLCHARGE 4 7 -2，没有设置MOLCHARGE 1 3 0，就会报错。
• 该情况仅适用于动力学过程中电荷保持不变，的情况；如果分解了、和其他原子成键了，这个设定就没有太大意义了。

为孤立H原子或者OH、酸根设置带电量，可以一定程度上模拟酸碱度环境的影响。