• 每个集群脚本完全不同，以下范例仅供参考，请勿照抄。应该首先拿到自己集群的脚本，在该脚本基础上，参考下文进行修改，而非反过来。

将本地的*run文件上传到集群（如果是使用SSH Secure Shell，可以在Edit-Setting-File Transfer中ASCII extension中将某个不常用的后缀，例如html改为run，可以避免Windows/Linux文件格式不兼容的问题。），同时从管理员得到标准的pbs脚本或lsf脚本，在理解含义的前提下，类似如下地修改： LSF脚本范本：

#!/bin/sh
APP_NAME=intelg_small
NP=16
NP_PER_NODE=4
RUN="RAW"
source /home-gg/users/nscc1143/ADF/ams2020.101/amsbashrc.sh
export OMP_NUM_THREADS=1   ！如果是ReaxFF作业建议增加这一行
 
JOBNAME=
 
dos2*unix ./${JOBNAME}.run
chmod 700 ./${JOBNAME}.run
mkdir ${JOBNAME}
mv ./${JOBNAME}.run ${JOBNAME}
cd ${JOBNAME}
mkdir /tmp/${JOBNAME}
export SCM_TMPDIR=/tmp/${JOBNAME}
./${JOBNAME}.run >${JOBNAME}.out
rm -rf $SCM_TMPDIR
mv ams.results ${JOBNAME}.results 
mv logfile ${JOBNAME}.logfile
mv * ../
cd ..
rm -rf ${JOBNAME}

用户将该脚本和run文件与脚本文件放到同一个文件夹内，并在上述脚本文件中

JOBNAME=

填写上具体的名字即可提交，例如上传的文件是123.run，则JOBNAME=123。

AMSJobs → Queue → New → LSF即可设置。 说明如下：

1. Queue Name：可以根据用户习惯设置，用于提醒用户这个队列的特征，不能包含中文、空格
2. Remote host：必须填写localhost，即在本节点提交作业（到集群其他计算节点）
3. remote user：不填写
4. Remote job directory：作业存放路径，这个可以较为灵活设置，一般不影响使用，因为实际使用过程中，仍然可以选择存储在任何其他路径中
5. Run command：原则上这里汇集了LSF脚本的前几行的信息，照抄即可，最后是“< $job”结尾
6. Prolog command：用source语句读取软件中的amsbashrc.sh文件，使得环境变量生效

#!/bin/bash
#PBS -N cc 
#PBS -l nodes=1:ppn=20
#PBS -q long
#PBS -j oe
#PBS -l walltime=168:00:00
NPROCS=`wc -l < $PBS_NODEFILE`
cd $PBS_O_WORKDIR
source /home-gg/users/nscc1143/ADF/ams2020.101/amsbashrc.sh
export OMP_NUM_THREADS=1  ！如果是ReaxFF作业建议增加这一行
 
JOBNAME=
 
dos2*unix ./${JOBNAME}.run
chmod 700 ./${JOBNAME}.run
mkdir ${JOBNAME}
mv ./${JOBNAME}.run ${JOBNAME}
cd ${JOBNAME}
mkdir /tmp/${JOBNAME}
export SCM_TMPDIR=/tmp/${JOBNAME}
./${JOBNAME}.run >${JOBNAME}.out
rm -rf $SCM_TMPDIR
mv ams.results ${JOBNAME}.results 
mv logfile ${JOBNAME}.logfile
mv * ../
cd ..
rm -rf ${JOBNAME}

用户将该脚本和run文件与脚本文件放到同一个文件夹内，并在上述脚本文件中

JOBNAME=

填写上具体的名字即可提交，例如上传的文件是123.run，则JOBNAME=123。

如果是进行片度分析，那么参考：Linux系统中，片段分析如何使用run文件提交任务

在登录节点打开AMSJobs → Queue → New → PBS，上面脚本内容，对应的设置如下：

说明如下：

1. Queue Name：可以根据用户习惯设置，用于提醒用户这个队列的特征，不能包含中文、空格
2. Remote host：必须填写localhost，即在本节点提交作业（到集群其他计算节点），当然也可以写登录节点的IP或者其他机器名
3. Remote job directory：作业存放路径，这个可以较为灵活设置，一般不影响使用，因为实际使用过程中，仍然可以选择存储在任何其他路径中
4. Run command：原则上这里汇集了PBS脚本的前几行的信息，照抄即可，最后是“ $job”结尾
5. Prolog command：用source语句读取软件中的amsbashrc.sh文件，使得环境变量生效

参考：Slurm作业系统的安装与提交任务

如果运行有问题，可以咨询ams@fermitech.com.cn。