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adf:pesexploration2

这是本文档旧的修订版!


PES Exploration:氧化物表面的水离解

前言

本教程基于AMS2023.104,应适用于AMS2023及以上版本。本教程将演示

  • Basin Hopping和Process Search功能,用于表面吸附分子的吸附
  • 寻找氧化物表面上水的解离势垒

关于 PES Exploration 更全面的介绍,可以参考教程

简介

金属氧化物表面的水吸附在多相催化、电化学和地球化学中很常见。水可以在表面进行分子吸附或解离,并且可以向表面原子和/或其他水分子提供氢键。

ZnO(\(10\bar{1}0\)) 面上的水吸附,是一种已经得到充分研究的体系。单层 H_$2$O 可以形成分子吸附、解离吸附或五五开(半解离)吸附(参考文献:Partial Dissociation of Water Leads to Stable Superstructures on the Surface of Zinc Oxide, Bernd Meyer el, Angew. Chem. Int. Ed., 2004, Volume43, Issue48, Pages 6641-6645)。

Raymand 等人开发了用于 ZnO 上 H$_2$O 吸附的ReaxFF 力场。本文将使用该力场,来演示如何使用 basin hopping 和 process search,​自动发现三种最稳定的水单层吸附类型,以及从一种结构转换为另一种结构的障碍。

包括如下步骤:

  1. 导入吸附在ZnO上的两个水分子的模型(\(10\bar{1}0\))。
  2. 运行盆地跳跃(全局优化的一种)以快速发现几个局部最小值,包括半解离构型
  3. 对半解离构型运行过程搜索,以找到转化为全分子或完全解离构型的障碍。

注意:虽然本文以ReaxFF来演示这个过程,实际上其他模块如DFTB也是支持的,使用方式除Main的设置不同,其他大同小异。

第一步:设置初始体系

导入结构

点击链接,并复制其全部内容,到AMSinput窗口Ctrl v粘贴,即导入该结构。导入的这个二维Slab模型,是根据 ReaxFF 优化的晶格参数A = 3.28 Å 和C = 5.28 Å 构建的(参见如上所示 Raymand 等人的文献),是 ZnO (\(10\bar{1}0\)) 表面的 (2×1) 超胞,x||[\(1\bar{2}10\)] 和y || [0001] ,厚度为 2 层。

这两个 H$_2$O 分子是被手动移动到现在这个较为合理的吸附位置的,因为这只是全局优化的起点,因此水分子的具体位置其实并不那么重要,不过建议水分子吸附的姿态正确会更好,例如吸附到金属上的应该是水分子中的O原子,吸附到O原子位则只可能是水分子中的H原子。

注:

  • 关于建模的教程,参考:建模
  • 找到半解离构型,至少需要2个水分子,因此使用 (2×1) 表面超晶胞

更改 Zn 原子的默认颜色

在AMSinput中,Zn和H的默认颜色都是白色。这会使区分原子变得困难。因此,我们将 Zn 的颜色改为棕色。

  1. 在SCM → Preferences 中,选择 Colors → Atom colors
  2. 单击“Default Atom Colors”按钮旁边的加号
  3. 在弹出的元素周期表中选择Zn
  4. 单击preferences窗口中的白色框
  5. 在 Selection 框输入颜色#de6b00,并按Enter 键,或使用滑块选择您自己的颜色
  6. 单击“确定”

第二步:Basin Hopping

PES exploration作业,例如basin hopping、process search,很大程度上受益于平滑的势能面。ReaxFF 包含多个选项来平滑势能面,这里我们使用 taper bond orders 选项。

ReaxFF设置

  1. 切换到ReaxFF模块
  2. Force field → ZnOH.ff
  3. Taper bond orders → Yes

Basin hopping设置

  1. Task → PES Exploration
  2. 点击Task后面的 > 按钮进入 PES Exploration 面板
  3. Job → Basin hopping
  4. Number of expeditions:8
  5. Number of explorers:8
adf/pesexploration2.1703665581.txt.gz · 最后更改: 2023/12/27 16:26 由 liu.jun

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