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adf:parameters2020 [2020/11/12 18:58] – liu.jun | adf:parameters2020 [2023/05/18 13:50] (当前版本) – [Main] liu.jun | ||
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+ | =====关于建模===== | ||
+ | **如果分子有对称性,创建好之后,务必点一下窗口底部的★符号,这样程序在计算的时候,才能识别点群,大大提高计算效率。** | ||
=====Main===== | =====Main===== | ||
<color green> | <color green> | ||
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**Task:**常用的选项包括Single Point、Geometry Optimization、IRC、PES Scan、Transition State Search等。 | **Task:**常用的选项包括Single Point、Geometry Optimization、IRC、PES Scan、Transition State Search等。 | ||
* Single Point:计算某一种分子结构的性质(比如计算HOMO、LUMO,或者吸收光谱、NMR性质等等),之所以叫做单点,是指这种性质只由当前的这种结构就可以计算出来。其他选项,例如Fragment Analysis、Properties Only、Strict选项实际上等同于选择Single Point,具体可以参考[[adf: | * Single Point:计算某一种分子结构的性质(比如计算HOMO、LUMO,或者吸收光谱、NMR性质等等),之所以叫做单点,是指这种性质只由当前的这种结构就可以计算出来。其他选项,例如Fragment Analysis、Properties Only、Strict选项实际上等同于选择Single Point,具体可以参考[[adf: | ||
- | * Geometry Optimization:对分子进行能量最小化,也就是所谓的结构优化。自然界存在的分子,其分子结构一般而言都是处于能量的最低点,当然可能是局域最低点,也可能是全局最低点,势能面中每个局域最小点对应一个“洼地”,起始结构在哪个“洼地”,优化之后就会收敛到哪个居于最小点。一般而言,结构优化的可靠性是很高的,即使不太精确的泛函、比较小的基组,比较低的积分精度,得到的几何结构也和精确的参数相差很小(误差仅在0.001埃的量级),因此一般结构优化都不需要使用很高精度的方法和基组。基态、激发态的几何结构优化,都是使用该选项,但其他参数设置有差别。典型案例参考[[adf: | + | * Geometry Optimization:对分子进行能量最小化,也就是所谓的结构优化。自然界存在的分子,其分子结构一般而言都是处于能量的最低点,当然可能是局域最低点,也可能是全局最低点,势能面中每个局域最小点对应一个“洼地”,起始结构在哪个“洼地”,优化之后就会收敛到哪个居于最小点。一般而言,结构优化的可靠性是很高的,即使不太精确的泛函、比较小的基组,比较低的积分精度,得到的几何结构也和精确的参数相差很小(误差仅在0.001埃的量级),因此一般结构优化都不需要使用很高精度的方法和基组。基态、激发态的几何结构优化,都是使用该选项,但其他参数设置有差别。典型案例参考[[adf: |
- | * Transition State Search:过渡态搜索。其用途参考[[adf: | + | * Transition State Search:过渡态搜索。其用途参考[[adf: |
* IRC:进行内反应坐标计算,用于验证过渡态、反应物、产物 | * IRC:进行内反应坐标计算,用于验证过渡态、反应物、产物 | ||
* PES Scan: | * PES Scan: | ||
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* Properties Only:相当于Single Point | * Properties Only:相当于Single Point | ||
- | **Frequencies:**Task设定为Single Point,勾选该选项,则计算分子的振动性质,比如红外频率、以及热力学性质(与分子的振动有关)。详细使用参考[[adf: | + | **Frequencies:**Task设定为Single Point,勾选该选项,则计算分子的振动性质,比如红外频率、以及热力学性质(与分子的振动有关)。详细使用参考[[adf: |
**Total Charge:**指左边窗口整个体系总共带的电量。ADF2016以后的版本也支持将电荷指定到特定的片段上去(在Model > Constraint DFT中设置) | **Total Charge:**指左边窗口整个体系总共带的电量。ADF2016以后的版本也支持将电荷指定到特定的片段上去(在Model > Constraint DFT中设置) | ||
行 28: | 行 31: | ||
**Relativity:**指定相对论的设置。一般对重元素必须使用,轻元素可用可不用,默认打开。启更详细介绍,请参考[[adf: | **Relativity:**指定相对论的设置。一般对重元素必须使用,轻元素可用可不用,默认打开。启更详细介绍,请参考[[adf: | ||
- | **Basis Set:**设置计算所使用的基组,具体参考:[[adf: | + | **Basis Set:**设置计算所使用的基组,具体参考:[[adf: |
**Frozen Core:**参考同上。但对于重元素,例如Cu、U,使用Core Large的结果往往更可靠。Forzen Core的含义:一般认为内层电子不参与化学反应,在原子中与在分子中几乎没有差别,因此为了节省计算量,对内层电子直接沿用原子轨道,只让外层电子参与自洽迭代,这样能够相当大的节省计算量。Core None指没有电子被冻芯,Core Large指最大程度地冻结电子,只保留最少的价电子参与迭代。具体可以为每种元素指定冻芯程度。设置方法参考:[[adf: | **Frozen Core:**参考同上。但对于重元素,例如Cu、U,使用Core Large的结果往往更可靠。Forzen Core的含义:一般认为内层电子不参与化学反应,在原子中与在分子中几乎没有差别,因此为了节省计算量,对内层电子直接沿用原子轨道,只让外层电子参与自洽迭代,这样能够相当大的节省计算量。Core None指没有电子被冻芯,Core Large指最大程度地冻结电子,只保留最少的价电子参与迭代。具体可以为每种元素指定冻芯程度。设置方法参考:[[adf: | ||
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* DIM/ | * DIM/ | ||
* Electric Field:为分子设置一个外加的电场。这个电场可以是点电荷导致的电场,也可以是匀强电场。设置方式参考:[[adf: | * Electric Field:为分子设置一个外加的电场。这个电场可以是点电荷导致的电场,也可以是匀强电场。设置方式参考:[[adf: | ||
- | * Geometry Constraints and PES Scan:势能面扫描,用户可以点击选项右侧的 > 按钮详细设置。例如需要扫描两个原子间的距离,则在左侧窗口选中2个原子,点击右侧出现的“......(distanc)”前面的+按钮,即添加了该扫描条件,并设置起始值(当前值)和末值,以及该SC的点数(默认值为10个点)。用户可以添加多个扫描条件,每个扫描(SC),都可以设置对应的点数。键角、二面角的扫描,也是类似设置。如果需要固定某些原子,则选中这些原子后,点击右侧出现的“......(fix position)”前面的+按钮。详细案例参考参考[[adf: | + | * Geometry Constraints and PES Scan:势能面扫描,用户可以点击选项右侧的 > 按钮详细设置。例如需要扫描两个原子间的距离,则在左侧窗口选中2个原子,点击右侧出现的“......(distanc)”前面的+按钮,即添加了该扫描条件,并设置起始值(当前值)和末值,以及该SC的点数(默认值为10个点)。用户可以添加多个扫描条件,每个扫描(SC),都可以设置对应的点数。键角、二面角的扫描,也是类似设置。如果需要固定某些原子,则选中这些原子后,点击右侧出现的“......(fix position)”前面的+按钮。详细案例参考参考[[adf: |
- | * Intrinsic Reaction Coordinate(IRC):这是内反应坐标计算,用来验证过渡态、反应物、产物,该方法不太很常用。 | + | * Intrinsic Reaction Coordinate(IRC):这是内反应坐标计算,用来验证过渡态、反应物、产物,计算量很大,不建议使用。 |
* Minimum Energy Crossing Point:计算MECP的设置 | * Minimum Energy Crossing Point:计算MECP的设置 | ||
- | * Solvation:考虑溶剂化效应的设置。如果要考虑溶剂化,则将Solvation method从none改为SCRF或者COSMO或SM12即可。其中COSMO和SCRF参考SCRF[[adf: | + | * Solvation:考虑溶剂化效应的设置。如果要考虑溶剂化,则将Solvation method从none改为SCRF或者COSMO或SM12即可。其中COSMO和SCRF参考SCRF[[adf: |
* Spin and Occupation:如果默认计算得到的电子占据方式不正确,并且体系有对称性,那么使用这个选项,手工地指定电子的占据方式。如果存在计算生成的adf.rkf文件(*.results/ | * Spin and Occupation:如果默认计算得到的电子占据方式不正确,并且体系有对称性,那么使用这个选项,手工地指定电子的占据方式。如果存在计算生成的adf.rkf文件(*.results/ | ||
- | * Transition State Search:是为过渡态搜索进行详细设置。这个选项一般情况下不需要设置,对技巧性要求非常高。具体参考:[[adf: | + | * Transition State Search:是为过渡态搜索进行详细设置。这个选项一般情况下不需要设置,对技巧性要求非常高。具体参考:[[adf: |
- | =====ADFinput | + | =====AMSinput |
====Type of excitations==== | ====Type of excitations==== |