本文虽然以ReaxFF分子动力学模拟结果为例，但实际上基于BAND（DFT）、DFTB、MOPAC、经典力场、机器学习势的分子动力学结果，均可如此分析。分子动力学计算方面有如下需要注意的地方：

1. 体系已经达到平衡，否则数据就存在平均的问题
2. 使用自相关函数计算扩散系数，则Sample frequency要设置的非常小，例如5；如果使用MSD计算扩散系数，则采用频率可以大一些（但并非必需），例如50

计算扩散系数有两种算法：

1. 通过计算MSD得到扩散系数D：
2. 通过计算速度自相关函数得到扩散系数D：

其中关于自相关函数的定义参考手册：

常规的分子动力学计算完毕（Step足够大，分子充分扩散，达到平衡）之后，在Movie中即可分析指定分子、原子的自相关函数与扩散系数：

SCM - Movie - MD Properties - Autocorrelation Functions:

• Steps，设置分析的时间段，从多少帧到多少帧
• Property，选择扩散系数（同时也会生成自相关函数）
• Atoms，在左侧窗口选择要分析的分子或原子，点击右侧窗口的＋按钮
• Vector elements，希望计算哪个方向的扩散系数？输入1表示x，2表示y，3表示z

点击Generate ACF：

生成了ACF与扩散系数，这里扩散系数为4.085 × 10^-8 m²/s

注意，扩散系数是一个严重受统计样本影响的量，所以建议多个样本求均值。

AMSMovie → MD Properties → MSD，弹出窗口中：

• Steps，类似地通过设置帧数的起始值控制分析MD的时间范围
• Atoms，类似选择原子或分子
• Max MSD steps，需要设置为小于总帧数一半的数值。该数值的具体大小，会影响MSD以及扩散系数的值
• Vector elements，希望计算哪个方向的扩散系数？输入1表示x，2表示y，3表示z

点击Generate MSD即生成MSD函数，同时也会在曲线图中显示得到的扩散系数D：