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您的足迹: • ADF参数设置详解 • ECD/ORD/VCD/MCD[目录] • Linux系统中AMS的安装 • Windows系统中AMS的安装 • 使用脚本批量地从xyz文件生成*.coskf文件 • ReaxFF-扩散系数：通过速度自相关函数或均方位移MSD，得到分析分子、原子的扩散系数
adf:parameters2020

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adf:parameters2020 [2020/11/12 15:10] – [Type of excitations] liu.junadf:parameters2020 [2023/05/18 13:50] (当前版本) – [Main] liu.jun
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 {{ :adf:2020adfinput01.png?800 }} {{ :adf:2020adfinput01.png?800 }}
  
 +=====关于建模=====
 +**如果分子有对称性，创建好之后，务必点一下窗口底部的★符号，这样程序在计算的时候，才能识别点群，大大提高计算效率。**
 =====Main===== =====Main=====
 <color green>**注意(非常重要)：Main的设置都是是关于基态的！**</color> <color green>**注意(非常重要)：Main的设置都是是关于基态的！**</color>
  
 **Task：**常用的选项包括Single Point、Geometry Optimization、IRC、PES Scan、Transition State Search等。 **Task：**常用的选项包括Single Point、Geometry Optimization、IRC、PES Scan、Transition State Search等。
-  * Single Point：计算某一种分子结构的性质（比如计算HOMO、LUMO，或者吸收光谱、NMR性质等等），之所以叫做单点，是指这种性质只由当前的这种结构就可以计算出来。其他选项，例如Fragment Analysis、Properties Only、Strict选项实际上等同于选择Single Point，具体可以参考[[adf:homolumo2020]]、[[adf:uv_rel]]、[[adf:1hnmrwithssc]] +  * Single Point：计算某一种分子结构的性质（比如计算HOMO、LUMO，或者吸收光谱、NMR性质等等），之所以叫做单点，是指这种性质只由当前的这种结构就可以计算出来。其他选项，例如Fragment Analysis、Properties Only、Strict选项实际上等同于选择Single Point，具体可以参考[[adf:homolumo2020]]、[[adf:uv_rel2020]]、[[adf:1hnmrwithssc2020]] 
-  * Geometry Optimization：对分子进行能量最小化，也就是所谓的结构优化。自然界存在的分子，其分子结构一般而言都是处于能量的最低点，当然可能是局域最低点，也可能是全局最低点，势能面中每个局域最小点对应一个“洼地”，起始结构在哪个“洼地”，优化之后就会收敛到哪个居于最小点。一般而言，结构优化的可靠性是很高的，即使不太精确的泛函、比较小的基组，比较低的积分精度，得到的几何结构也和精确的参数相差很小（误差仅在0.001埃的量级），因此一般结构优化都不需要使用很高精度的方法和基组。基态、激发态的几何结构优化，都是使用该选项，但其他参数设置有差别。典型案例参考[[adf:geoopt]]、[[adf:geooptoftri]]、[[adf:如何计算荧光_磷光的寿命|]] +  * Geometry Optimization：对分子进行能量最小化，也就是所谓的结构优化。自然界存在的分子，其分子结构一般而言都是处于能量的最低点，当然可能是局域最低点，也可能是全局最低点，势能面中每个局域最小点对应一个“洼地”，起始结构在哪个“洼地”，优化之后就会收敛到哪个居于最小点。一般而言，结构优化的可靠性是很高的，即使不太精确的泛函、比较小的基组，比较低的积分精度，得到的几何结构也和精确的参数相差很小（误差仅在0.001埃的量级），因此一般结构优化都不需要使用很高精度的方法和基组。基态、激发态的几何结构优化，都是使用该选项，但其他参数设置有差别。典型案例参考[[adf:geoopt2020]]、[[adf:geooptoftri2020]]、[[adf:如何计算荧光_磷光的寿命|]] 
-  * Transition State Search：过渡态搜索。其用途参考[[adf:TSSexample]]+  * Transition State Search：过渡态搜索。其用途参考[[adf:TSSexample2020]]
   * IRC：进行内反应坐标计算，用于验证过渡态、反应物、产物   * IRC：进行内反应坐标计算，用于验证过渡态、反应物、产物
   * PES Scan:势能面扫描，用户可以点击选项右侧的 > 按钮详细设置。例如需要扫描两个原子间的距离，则在左侧窗口选中2个原子，点击右侧出现的“......(distanc)”前面的＋按钮，即添加了该扫描条件，并设置起始值（当前值）和末值，以及该SC的点数（默认值为10个点）。用户可以添加多个扫描条件，每个扫描（SC），都可以设置对应的点数。键角、二面角的扫描，也是类似设置。如果需要固定某些原子，则选中这些原子后，点击右侧出现的“......(fix position)”前面的＋按钮   * PES Scan:势能面扫描，用户可以点击选项右侧的 > 按钮详细设置。例如需要扫描两个原子间的距离，则在左侧窗口选中2个原子，点击右侧出现的“......(distanc)”前面的＋按钮，即添加了该扫描条件，并设置起始值（当前值）和末值，以及该SC的点数（默认值为10个点）。用户可以添加多个扫描条件，每个扫描（SC），都可以设置对应的点数。键角、二面角的扫描，也是类似设置。如果需要固定某些原子，则选中这些原子后，点击右侧出现的“......(fix position)”前面的＋按钮
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   * Properties Only：相当于Single Point   * Properties Only：相当于Single Point
  
-**Frequencies：**Task设定为Single Point，勾选该选项，则计算分子的振动性质，比如红外频率、以及热力学性质（与分子的振动有关）。详细使用参考[[adf:ir]]+**Frequencies：**Task设定为Single Point，勾选该选项，则计算分子的振动性质，比如红外频率、以及热力学性质（与分子的振动有关）。详细使用参考[[adf:ir2020]] 
 **Total Charge：**指左边窗口整个体系总共带的电量。ADF2016以后的版本也支持将电荷指定到特定的片段上去（在Model > Constraint DFT中设置） **Total Charge：**指左边窗口整个体系总共带的电量。ADF2016以后的版本也支持将电荷指定到特定的片段上去（在Model > Constraint DFT中设置）
  
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 **Relativity：**指定相对论的设置。一般对重元素必须使用，轻元素可用可不用，默认打开。启更详细介绍，请参考[[adf:relativity|]]、[[adf:s-trelative]] **Relativity：**指定相对论的设置。一般对重元素必须使用，轻元素可用可不用，默认打开。启更详细介绍，请参考[[adf:relativity|]]、[[adf:s-trelative]]
  
-**Basis Set：**设置计算所使用的基组，具体参考：[[adf:choosebasisset|]]、[[adf:diffbasisfordiffelement2020]]、[[adf:对同一种元素的不同原子指定不同基组2020]]+**Basis Set：**设置计算所使用的基组，具体参考：[[adf:choosebasisset|]]、[[adf:diffbasisfordiffelement2020]]、[[adf:对同一种元素的不同原子指定不同基组2020]]。对于吸附问题的计算，包括氢键、范德华力的研究，都需要增大基组至少一个级别。对NMR、ESR研究，往往使用最大基组。对高激发态的研究，需要使用弥散基组。
  
 **Frozen Core：**参考同上。但对于重元素，例如Cu、U，使用Core Large的结果往往更可靠。Forzen Core的含义：一般认为内层电子不参与化学反应，在原子中与在分子中几乎没有差别，因此为了节省计算量，对内层电子直接沿用原子轨道，只让外层电子参与自洽迭代，这样能够相当大的节省计算量。Core None指没有电子被冻芯，Core Large指最大程度地冻结电子，只保留最少的价电子参与迭代。具体可以为每种元素指定冻芯程度。设置方法参考：[[adf:diffbasisfordiffelement2020]] **Frozen Core：**参考同上。但对于重元素，例如Cu、U，使用Core Large的结果往往更可靠。Forzen Core的含义：一般认为内层电子不参与化学反应，在原子中与在分子中几乎没有差别，因此为了节省计算量，对内层电子直接沿用原子轨道，只让外层电子参与自洽迭代，这样能够相当大的节省计算量。Core None指没有电子被冻芯，Core Large指最大程度地冻结电子，只保留最少的价电子参与迭代。具体可以为每种元素指定冻芯程度。设置方法参考：[[adf:diffbasisfordiffelement2020]]
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   * DIM/QM：这是设置DIM/QM区域。通常用于计算大的团簇（几百上千原子）表面吸附分子的激发态、表面增强拉曼等等，如果将所有原子都精确计算的话，计算量就非常的大。DIM/QM做了分别对待，对部分区域（被设置为DIM part的区域）采用高效率的处理。   * DIM/QM：这是设置DIM/QM区域。通常用于计算大的团簇（几百上千原子）表面吸附分子的激发态、表面增强拉曼等等，如果将所有原子都精确计算的话，计算量就非常的大。DIM/QM做了分别对待，对部分区域（被设置为DIM part的区域）采用高效率的处理。
   * Electric Field：为分子设置一个外加的电场。这个电场可以是点电荷导致的电场，也可以是匀强电场。设置方式参考：[[adf:efield|]]   * Electric Field：为分子设置一个外加的电场。这个电场可以是点电荷导致的电场，也可以是匀强电场。设置方式参考：[[adf:efield|]]
-  * Geometry Constraints and PES Scan：势能面扫描，用户可以点击选项右侧的 > 按钮详细设置。例如需要扫描两个原子间的距离，则在左侧窗口选中2个原子，点击右侧出现的“......(distanc)”前面的＋按钮，即添加了该扫描条件，并设置起始值（当前值）和末值，以及该SC的点数（默认值为10个点）。用户可以添加多个扫描条件，每个扫描（SC），都可以设置对应的点数。键角、二面角的扫描，也是类似设置。如果需要固定某些原子，则选中这些原子后，点击右侧出现的“......(fix position)”前面的＋按钮。详细案例参考参考[[adf:restrictopt]] +  * Geometry Constraints and PES Scan：势能面扫描，用户可以点击选项右侧的 > 按钮详细设置。例如需要扫描两个原子间的距离，则在左侧窗口选中2个原子，点击右侧出现的“......(distanc)”前面的＋按钮，即添加了该扫描条件，并设置起始值（当前值）和末值，以及该SC的点数（默认值为10个点）。用户可以添加多个扫描条件，每个扫描（SC），都可以设置对应的点数。键角、二面角的扫描，也是类似设置。如果需要固定某些原子，则选中这些原子后，点击右侧出现的“......(fix position)”前面的＋按钮。详细案例参考参考[[adf:restrictopt2020]] 
-  * Intrinsic Reaction Coordinate(IRC)：这是内反应坐标计算，用来验证过渡态、反应物、产物，该方法不太很常用。+  * Intrinsic Reaction Coordinate(IRC)：这是内反应坐标计算，用来验证过渡态、反应物、产物，计算量很大，不建议使用。
   * Minimum Energy Crossing Point：计算MECP的设置   * Minimum Energy Crossing Point：计算MECP的设置
-  * Solvation：考虑溶剂化效应的设置。如果要考虑溶剂化，则将Solvation method从none改为SCRF或者COSMO或SM12即可。其中COSMO和SCRF参考SCRF[[adf:cosmo]]。SM12的设置类似COSMO。+  * Solvation：考虑溶剂化效应的设置。如果要考虑溶剂化，则将Solvation method从none改为SCRF或者COSMO或SM12即可。其中COSMO和SCRF参考SCRF[[adf:cosmo2020]]。SM12的设置类似COSMO。
   * Spin and Occupation：如果默认计算得到的电子占据方式不正确，并且体系有对称性，那么使用这个选项，手工地指定电子的占据方式。如果存在计算生成的adf.rkf文件（*.results/adf.rkf），则在occupations info file指向该文件后，会在下方列出当前占据方式，用户如果需要修改，可以勾选Use following occupation选项，并修改具体的占据方式。用户也可以通过脚本的方式修改占据方式，使用方法参考：[[adf:如何为对称性的分子指定电子的占据方式|]]   * Spin and Occupation：如果默认计算得到的电子占据方式不正确，并且体系有对称性，那么使用这个选项，手工地指定电子的占据方式。如果存在计算生成的adf.rkf文件（*.results/adf.rkf），则在occupations info file指向该文件后，会在下方列出当前占据方式，用户如果需要修改，可以勾选Use following occupation选项，并修改具体的占据方式。用户也可以通过脚本的方式修改占据方式，使用方法参考：[[adf:如何为对称性的分子指定电子的占据方式|]]
-  * Transition State Search：是为过渡态搜索进行详细设置。这个选项一般情况下不需要设置，对技巧性要求非常高。具体参考：[[adf:TSSexample]] +  * Transition State Search：是为过渡态搜索进行详细设置。这个选项一般情况下不需要设置，对技巧性要求非常高。具体参考：[[adf:TSSexample2020]] 
-=====ADFinput > Properties > Excitations(UV/Vis,CD)=====+=====AMSinput > Properties > Excitations(UV/Vis,CD)=====
  
 ====Type of excitations==== ====Type of excitations====
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   * Triplet Only：只计算三重激发态   * Triplet Only：只计算三重激发态
   * Singletandtriplet：计算单、三激发态   * Singletandtriplet：计算单、三激发态
-  * Spin-Orbit (Perturbative)：用微扰的方式考虑旋轨耦合。要求ADFinput > Main > Relativity也设置为Scalar，参考：[[adf:uv_rel2019]] +  * Spin-Orbit (Perturbative)：用微扰的方式考虑旋轨耦合。要求ADFinput > Main > Relativity也设置为Scalar，参考：[[adf:uv_rel2020]] 
-  * Spin-Orbit (SCF)：考虑旋归耦合。要求ADFinput > Main > Relativity也设置为Spin-Orbit，参考：[[adf:uv_soc]]+  * Spin-Orbit (SCF)：考虑旋归耦合。要求ADFinput > Main > Relativity也设置为Spin-Orbit，参考：[[adf:uv_soc2020]]
  
 ===补充说明：=== ===补充说明：===
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 =====其他===== =====其他=====
  
-Properties和details的设置参考ADF模块的常用功能使用范例：[[adf:adfmodule]]+Properties和details的设置参考ADF模块的常用功能使用范例：[[adf:adfmodule2020]]
  
 NMR计算的参数设置，务必参考[[adf:parametersfornmr]] NMR计算的参数设置，务必参考[[adf:parametersfornmr]]
adf/parameters2020.1605165035.txt.gz · 最后更改: 2020/11/12 15:10 由 liu.jun

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