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adf:batchjobsforcoskf

如何使用ADF批量生成*.coskf文件

*.coskf文件是进行COSMO-RS模拟所需要的(溶质分子、溶剂分子)文件,例如NaCl水溶液,就分别需要Na+、Cl-、H2O的*.coskf文件。对于离子液体,就分别计算阳离子、阴离子,得到各自的*.coskf文件。

SCM LOGO > COSMO-RS进入流体热力学模块,默认情况下,会提示到官网下载分子库文件。该分子库包含1872种分子的*.coskf文件。如果我们要计算的(溶质、溶剂)分子,这个库里面没有,那么就需要我们自己通过ADF模块准备。过程非常简单:

创建分子

建模的操作,参考:AMS软件建模教程

设置参数

AMSinput > Main > Task > COSMO-RS Compound,则所有相关的参数都自动选好了。需要注意,这些分子的带电性、自旋多重度必须一致,没有办法逐个去设置每个分子的不同电荷、自旋多重度。

Model → Coordinates选择包含多个分子结构的*.sdf文件。如果没有*.sdf文件,则直接导入结构,然后Edit → New molecule新增分子窗口,再导入结构,如此可以导入任意多结构。

保存作业并提交运行。计算完毕将对*.sdf文件中包含的分子,按顺序生成mol-n.coskf文件:

使用该*.coskf文件

SCM LOGO > COSMO-RS打开COSMO-RS模块。在COSMO-RS窗口点击Compounds > Add Compound(s) 添加前面生成的*.coskf文件(注意更改“文件选择窗口”右下角,文件类型为coskf,不然可能找不到。

有的情况,需要补充数据

添加完毕之后,窗口会列出所有导入的分子,对某些性质计算(具体可以参考相应的教程),用户需要在下方Input Data中,为这些分子添加更精细的实验参数:

  1. 对固体的溶解度来说,熔点、熔化焓(Melting point,Δ_fusion H)的数值非常重要;
  2. 计算蒸汽压、气液相平衡、共沸等性质时,蒸汽压方程数据非常重要;
  3. 在没有实验数据的情况下,使用“Generate”按钮,程序会估计出一个数值来(在没有实验数据的情况下,强烈推荐该按钮)

之后,Ctrl s保存任务,然后就可以进行具体某项性质的计算了。具体计算方法,参考相应教程。

adf/batchjobsforcoskf.txt · 最后更改: 2023/07/24 20:57 由 liu.jun

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