这是本文档旧的修订版!
NOCV orbital、NOCV density、NOCV Def(ference) density的化学直观含义,参考:ETS-NOCV理论,尤其是ETS-NOCV方法将EDA(能量分解)中Orbital Interactions具体分解到不同轨道上
本例以MgO表面吸附CO为例,计算CO与MgO之间的化学价自然轨道。
本例是二维周期性体系与分子之间的相互作用,三维、一维周期性体系操作完全一致,只是Main菜单中Periodicity设置分别为Bulk(xyz三个方向具有周期性)、Chain(x方向具有周期性),而本例中二维周期性体系,设为Slab(xy方向具有周期性)。
代表性文献:
二维表面的建模,参考从三维晶体切割出二维表面。
也可以从其它软件导入。可以使用VNL(免费,可以在费米科技官网在线申请),很轻松的创建石墨烯二维片层等模型,注意设置二维片层为轴方向。创建完毕之后,Export为CIF文件。ADFinput中,File > Coordinates Import导入,之后将Main菜单中Periodicity从Bulk(表示三维)改为Slab(表示二维)。这样表面建模就完成了。可以在上面添加分子。关于ADF软件建模的基本操作,参考:基本的建模功能(土豆视频)、聚合物的建模、设置默认显示晶体的周期数
不过本例中使用现成的坐标:
Mg 0.59538358 0.59538226 0.20750000 Mg 2.08384335 -0.89307752 -1.89750000 Mg -2.38153597 0.59538226 0.20750000 Mg -0.89307620 -0.89307752 -1.89750000 O 2.08384335 -0.89307752 0.20750000 O -0.89307620 -0.89307752 0.20750000 O 0.59538358 0.59538226 -1.89750000 O -2.38153597 0.59538226 -1.89750000 O 0.59538553 0.59539200 3.95250000 C 0.59538493 0.59538903 2.80750000 VEC1 2.97691955 -2.97691955 0.00000000 VEC2 2.97691955 2.97691955 0.00000000
拷贝上述内容,在ADFinput中CTRL V粘贴即可。
为了方便操作,最好只显示一个周期。
将CO和MgO设置为两个region,具体参考:如何创建分区
参考:正式版的安装、维护与升级
在ADFinput窗口点击SCM LOGO > Output,点击Properties > PEDA-NOCV Energy Terms
各项意义,参考预备知识。E_tot一列就是该NOCV对能量分解(PEDA Energy Terms)中的E_orb的贡献,加起来等于PEDA Energy Terms中E_orb项的大小。
Fields → Grid → Fine, Add → Isosurface: With Phase
电子从红色区域流向蓝色区域。本例中,从CO流向MgO表面。
不过需要注意!NOCV都是成对出现的:alpha(上图中Spin列中所示字幕A)、beta(上图中Spin列中所示字幕B),也就是说,自动对AB进行了加和。
参考:如何从ADFinput、View、Movie等图形窗口导出图片
注意:
这些量的含义,参考:ETS-NOCV理论、nocv-disdinguishbonding