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快速测量:直方图、剖面线、点、距离和角度

本教程将演示如何充分使用 Simpleware ScanIP 中的快速测量工具,包括可应用于 2D 切片、3D 模型或同时适用于两者的点、距离和角度工具。此外,任何测量记录都可以存储在 Simpleware ScanIP 的项目文件中。直方图和剖面线工具可用于测量和导出有关特定 2D 切片上的灰度信息。

本教程所用 Blood_Flow-01.sip 项目文件位于 Simpleware 软件 Windows 版本默认路径 C:\Program Files\Synopsys\Simpleware\U-2022.12\Data\BloodVessel 文件夹下。

点击File — Open project 打开 Blood_Flow-01.sip 项目

1. 点测量

点测量可用于确定特征的坐标或查看某个像素的灰度值。

2D 点测量

  1. 点击 View — 2D slice views — Orientations,选择 Classic 轴向。
  2. 点击 2D 切片视图左上角放大图标将视图最大化。
  3. 确定所选为 XY 视图,如果不是,可以在 2D 切片视图上方的切片方向下拉菜单中选择。
  4. 点击 Measurements — Quick measurements — Measurements,打开设置面板。
  5. 点击 Point 创建一个点测量,在切片或 3D 模型中点击目标位置。
  6. 面板中增加一个名为 Point_001 的测量记录,后续新增测量将默认依次命名为 Point_002、Point_003等。

当创建一个点时,面板中随即记录其坐标位置和灰度值,此处灰度值指的是原始 CT/MRI 的灰度值单位。将鼠标悬放在 2D 切片的某一像素点时也将显示该位置的坐标和灰度值。

使用鼠标右键查看更多选项: 右键单击表格标题(Name、Greyscale等)可以显示或隐藏列,设置长度单位、设置角度类型、设置有效数字位数和坐标系(全局或局部)。

  • 图像坐标系使用 Simpleware ScanIP 中图像的原点,而全局坐标系是指 MRI/CT 扫描仪或图像数据被裁剪之前的原始原点。还有一些选项可用于切换是否显示注释,测量是否应捕捉到 3D 模型表面或是 2D 剖切片视图中的模型轮廓。
  • 右键单击表格栏(如Point_001)可以重命名、删除或更改某些选项。

7.为同时查看点测量在 3D 模型中的位置,点击View — View layout — One 2D, 3D,可以分屏展示一个 2D 视图和一个 3D 视图。

8.点击 3D 视图上方的快速预览按钮更新 3D 预览。

3D 点测量

  1. 3D 点测量方法与 2D 点相似。
  2. 最大化3D 视图。
  3. 点击 Point 创建点测量。
  4. 在3D 模型中通过左键单击模型表面的某个位置。
  5. 面板中 Point_003 即表示该点。

2. 距离测量

距离测量可用于查看模型中两个部分间的距离

2D 距离测量

  1. 最大化 2D 视图,滑动鼠标滚轮或视图上方的滑块选择合适的切片。
  2. 打开 Measurements — Quick measurements — Measurements,点击 Distance 按钮。
  3. 依次在 2D 视图中点击目标距离的起始点和终点。
  4. 左键点击拖动线段的两个端点可以移动并重新选择位置
  5. 测量表格中测量记录显示为 Dist_001。

随着测量记录越来越多,表中会添加其他列以满足显示不同类型的测量结果。如需自定义显示的列,可右键单击列标题添加或删除列。Show or hide columns 下拉菜单中的 Show relevant 是一个很实用的选项。

如果 3D 视图中正在显示模型(通过 Fast preview、Model preview 或 Mesh)且模型轮廓选项已开启(View — 2D slice views — 3D contours — Model/3D view),则测量控制点也将显示在 3D 模型中,有助于准确放置测量点。

3D 距离测量

  1. 最大化 3D 视图。
  2. 在 Measurements 面板选择 Distance 按钮。
  3. 在 3D 视图,点击 3D 模型中的两个位置创建两者间的距离测量。
  4. 点击 View — View layout — One 2D, 3D,分屏展示 2D 视图和 3D 视图中创建点的位置。
  5. 在 2D 视图中也显示了距离测量,但由于 3D 距离测量并不在该切片内,因此以虚线表示。

3. 角度测量

在 Simpleware ScanIP 中角度测量可以是通过两个相连的矢量(如 3 个点)或是两个不相连的矢量(如 4 个点)。

2D 角度测量

  1. 最大化 2D 视图,选择合适的切片。
  2. 打开 Measurements — Quick measurements — Measurements,点击 Angle 按钮。
  3. 在 2D 切片视图选择三个点创建角度,按照点击顺序,第一个和第三个点为端点,第二个点为中心点。
  4. 使用鼠标拖动各个点的位置可以重新定位,另外也可以通过键盘上的方向键微调。
  5. 创建的 Angle_001 保存在测量表格中。

3D 不相连角度测量

  1. 最大化 3D 视图。
  2. 在 Measurements 面板点击 Disconnected Angle 按钮。
  3. 在 3D 模型上相继点击 4 个点创建两个矢量。
  4. 可以在 Angle 的下拉菜单通过 Inner(默认)、Supplementary、Outer 选项计算内角、补角和外角。

测量工具的十字准线颜色可表示该点是否在 3D 模型表面上,绿色说明该点在模型表面,而红色则在自由空间。右键点击测量表格的标题栏,如果勾选 Snap,则选中的点移近模型时,只能停留在模型的表面;取消勾选 Snap 后,可将点移动到模型内部。

4. 多平面重建测量

多平面重建(MPR)可以通过旋转切片平面进行临时地重建图像,因此用户可以进行冠状、轴位或矢状平面外其他任意平面的测量。

1.点击 2D 视图工具栏下拉菜单勾选 Multi-planar reconstruction (MPR),启用切片光标。

2.使用鼠标左键在中心附近移动切片光标将其平移到所需位置。

3.在切线两端,离相交中心较远的位置通过鼠标左键旋转切片至所需位置。再次点击 2D 视图下拉菜单勾选 Lock MPR 锁定当前切片,将不能平移和旋转切片。

4.调整至理想方向的切片视图后,可采用与之前相同的步骤进行点、距离和角度的测量。

5.在 2D 视图下拉菜单中勾选 Reset MPR 即可恢复至默认视图位置。

5. 导出测量结果

  1. 首先点击 File — Save as 保存 Simpleware ScanIP 的项目文件,其中也保存了所有记录的测量值,但不包含任何通过 Quick statistics 获得的数据信息。
  2. 在 Measurements 面板,点击 Export… 按钮。
  3. 可以选择将测量表格以 .csv 或 .txt 格式文件导出。

6. 直方图和剖面线

直方图工具

Histogram 工具可以查看当前活动状态下背景图像、掩膜或可见掩膜的灰度信息。

  1. 点击 Measurements — Quick measurements — Histogram。
  2. 默认的 Histogram data 为背景图像的所有切片。
  3. 将 Histogram data 更改为 Active mask。
  4. 右键点击直方图,选择 Export。
  5. 以 .csv 格式文件导出数据。

剖面线工具

Profile line 工具可以沿在 2D 切片视图画的线查看活动背景图像的灰度信息。

  1. 点击 Measurements — Quick measurements — Profile line。
  2. 在 2D 切片视图中,相继点击两个点画一条剖面线。
  3. 工具面板将展示沿剖面线方向(以像素为单位)的灰度变化,横坐标也即点的数目。
  4. 右键点击图表选择 Export 导出绘制该图的统计数据。
  5. 以 .csv 格式文件导出数据。

7. 快速统计

Simpleware ScanIP 的测量栏还提供了快速获取常用数据的工具。只需点击 Quick statistics 区域对应的工具即可,统计对象为当前处于活动状态的掩膜。包含体积、体积分数、表面积、灰度值、质量密度和主要边界长度这 6 个选项。

体积统计

1.点击 Measurements — Quick statistics — Volume。

2.Quick general statistics 面板随即显示活动掩膜的体积值。

3.在 Quick general statistics 面板提供以下选项:

  • 所选项目的测量值。
  • Measurement type:Voxel 是通过体素立方体统计,Model/3D view 根据 3D 视图展示的真实模型统计。
  • 点击设置按钮可以更改数据的单位。
  • 也可以进行用户自定义感兴趣的数据统计,如利用椭球体 ROI 得到血管中一小部分的体积。
  • 为实现上一步的目的,需要使用 Quick general statistics 面板 Region of interest 下方的工具。
  • 从 Primitive 的下拉菜单 选择 Ellipsoid,在 3D 视图任意位置点击并拖动创建一个椭球体,面板中即时更新了该球体内包含掩膜部分的体积。
  • 可以在 3D 视图或 Position/Dimensions 调整 ROI 的位置和参数。

8. 参考

  • Simpleware 软件内置教程 Tutorials — Measurements and statistics — Quick Measurements: Histogram, Profile line, point, distance and angles
sw/快速测量_直方图_剖面线_点_距离和角度.txt · 最后更改: 2023/09/27 14:59 由 liu.ning

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