atk:高效运行quantumatk

差别

这里会显示出您选择的修订版和当前版本之间的差别。

到此差别页面的链接

--- atk:高效运行quantumatk [2023/07/30 14:13] – [高效运行QuantumATK] fermi
+++ atk:高效运行quantumatk [2024/02/23 15:43] (当前版本) – [内存错误] fermi
@@ 行 27: / 行 27: @@
 ===== 内存错误 =====
-很多时候这种进程错误也是由于内存读写造成的，要快速处理计算中出现的内存溢出错误，就需要理解以下几点：
+很多时候这种进程错误是由于内存读写造成的。除此之外，有事内存限制可能是系统管理员为普通用户进行的资源限制，这是QuantumATK会给出明确的内存溢出的错误信息。
+要快速处理计算中出现的内存溢出错误，就需要理解以下几点：
   * DFT计算以自洽为一个单元，自洽单元的 MPI 并行与内存消耗是需要考虑的主要因素；
@@ 行 64: / 行 66: @@
 一般来说我们会设置启动 64 个 MPI并行进程的计算：
 <code>
-[atk_dir]/mpi/bin/mpiexec -n 64 [atk_dir]/bin/atkpython input.py
+[atk_dir]/mpi/bin/mpiexec -n 64 -ppn 64 [atk_dir]/bin/atkpython input.py
 </code>
 在并行提交时，''mpiexec''（或 ''mpirun''）后 -n 所带的参数即要启动的 MPI并行进程数。
 此时需要占用 64 倍的内存。如果我们在不改变请求资源的前提下，减少''-n''后的数字为 32，则计算内存可以减少一半。
+在使用多节点时，可以考虑减少每个节点上的进程数。例如以使用2节点（每节点64核）为例：
+<code>
+#PBS -l nodes=2:ppn=64
+...
+...
+[atk_dir]/mpi/bin/mpiexec -n 64 -ppn 32 [atk_dir]/bin/atkpython input.py
+</code>
 因此为了控制并行内存，可以：

atk/高效运行quantumatk.1690697603.txt.gz · 最后更改: 2023/07/30 14:13 由 fermi

© 2014-2022 费米科技（京ICP备14023855号）