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atk:高效运行quantumatk

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atk:高效运行quantumatk [2023/07/29 10:07] – [内存错误] fermiatk:高效运行quantumatk [2024/02/23 15:43] (当前版本) – [内存错误] fermi
行 3: 行 3:
 QuantumATK是成熟的软件平台，运行出现意外错误的情况很少，最常见的是内存和进程错误，这种错误一般出现在块体 DFT（或器件 DFT-NEGF）计算时发生异常终止，log文件没有错误信息或者有如下类似的错误信息： QuantumATK是成熟的软件平台，运行出现意外错误的情况很少，最常见的是内存和进程错误，这种错误一般出现在块体 DFT（或器件 DFT-NEGF）计算时发生异常终止，log文件没有错误信息或者有如下类似的错误信息：
  
 +{{ :atk:f6cfe2a6-07d3-4933-b1e6-8c2e3f1211c6.png?400 |}}
  
- +这种错误信息表明进程被外部终止。
-也就是显示进程被外部终止。+
  
 ===== 进程错误 ===== ===== 进程错误 =====
行 27: 行 27:
 ===== 内存错误 ===== ===== 内存错误 =====
  
-很多时候这种进程错误也是由于内存读写造成的，要快速处理计算中出现的内存溢出错误，就需要理解以下几点：+很多时候这种进程错误是由于内存读写造成的。除此之外，有事内存限制可能是系统管理员为普通用户进行的资源限制，这是QuantumATK会给出明确的内存溢出的错误信息。 
 + 
 +要快速处理计算中出现的内存溢出错误，就需要理解以下几点：
  
   * DFT计算以自洽为一个单元，自洽单元的 MPI 并行与内存消耗是需要考虑的主要因素；   * DFT计算以自洽为一个单元，自洽单元的 MPI 并行与内存消耗是需要考虑的主要因素；
行 37: 行 39:
   * [[atk:quantumatk并行计算]]   * [[atk:quantumatk并行计算]]
  
-我们可以在计算前大致估计 DFT 自洽单元需要多少内存： +自洽单元的并行原理可以参见：
- +
-  * [[atk:计算的内存需求]]+
  
 或视频： 或视频：
 +{{url>//player.bilibili.com/player.html?bvid=BV1fG4y1A7Xm 600,400}}
  
 +我们可以在计算前大致估计 DFT 自洽单元需要多少内存：
 +
 +  * [[atk:计算的内存需求]]
  
  
行 49: 行 53:
 === 控制DFT自洽单元内存消耗 === === 控制DFT自洽单元内存消耗 ===
  
-参见：+控制DFT自洽单元内存消耗的关键在于不保存计算的中间结果，这将影响计算速度，参见：
     * [[atk:解决quantumatk运行性能和内存消耗问题]]     * [[atk:解决quantumatk运行性能和内存消耗问题]]
  
行 62: 行 66:
 一般来说我们会设置启动 64 个 MPI并行进程的计算： 一般来说我们会设置启动 64 个 MPI并行进程的计算：
 <code> <code>
-[atk_dir]/mpi/bin/mpiexec -n 64 [atk_dir]/bin/atkpython input.py +[atk_dir]/mpi/bin/mpiexec -n 64 -ppn 64 [atk_dir]/bin/atkpython input.py 
 </code> </code>
 在并行提交时，''mpiexec''（或 ''mpirun''）后 -n 所带的参数即要启动的 MPI并行进程数。 在并行提交时，''mpiexec''（或 ''mpirun''）后 -n 所带的参数即要启动的 MPI并行进程数。
行 68: 行 72:
 此时需要占用 64 倍的内存。如果我们在不改变请求资源的前提下，减少''-n''后的数字为 32，则计算内存可以减少一半。 此时需要占用 64 倍的内存。如果我们在不改变请求资源的前提下，减少''-n''后的数字为 32，则计算内存可以减少一半。
  
-因此为了控制并行内存，有如下建议：+在使用多节点时，可以考虑减少每个节点上的进程数。例如以使用2节点（每节点64核）为例： 
 +<code> 
 +#PBS -l nodes=2:ppn=64 
 +... 
 +... 
 +[atk_dir]/mpi/bin/mpiexec -n 64 -ppn 32 [atk_dir]/bin/atkpython input.py  
 +</code> 
 + 
 +因此为了控制并行内存，可以：
   * 完整请求一个节点的全部核心进行计算；   * 完整请求一个节点的全部核心进行计算；
   * 提减少并行进程数。   * 提减少并行进程数。
  
-===== 更多参考 =====+更多提交作业的示例脚本参见： 
 +  * [[atk:通过命令行方式手动提交QuantumATK计算]]
  
 +动力学矩阵（声子）计算是一个特例，由于体系可能会被扩增成超胞，因此需要额外考虑扩增超胞大小的自洽计算内存消耗。
 +===== License错误 =====
 +
 +License 出错有两种情况，一种是 license 服务停止或由于长时间网络中断导致 license 出错。
 +
 +下面这个视频介绍了QuantumATK中 License 浮动机制、计数规则。
 +{{url>https://player.bilibili.com/player.html?bvid=BV1e54y1w7tD&page=1 600,400}}
 +
 +要解决License服务安装和运行错误，请参考：
   * [[atk:scl服务运行与license获取时的常见错误]]   * [[atk:scl服务运行与license获取时的常见错误]]
-  * [[atk:quantumatk常见问题的排除]]+ 
 +如果是提交的简单性质计算，则提交时先确认license够用，主要是计算作业数（Quantum/Quantum_NEGF）和并行数(DP)。 
 +如果提交的计算由多个独立自洽计算完成，例如声子或NEB结构优化，则还需要考虑并行机制，以声子为例，将''process_per_displacement''设置为总MPI进程数或总MPI进程数除以2，则计算将只使用1个或2个Quantum/QuantumNEGF的license。 
 + 
 +更多信息参见视频： 
 + 
 +{{url>https://player.bilibili.com/player.html?bvid=BV13k4y1s7Pp 600,400}} 
 +===== 图形界面错误 ===== 
 + 
 +尽管 QuantumATK 的运行一般是十分稳定的，但仍然偶尔会发生意外退出等情况，并导致软件图形用户界面部分功能异常、卡顿，此时采取必要方法可以重置软件，恢复 QuantumATK 的正常运行。一般情况下，仅重置软件部分功能即可。 
   * [[atk:重置quantumatk]]   * [[atk:重置quantumatk]]
 +
 +===== 更多参考 =====
 +
 +  * [[atk:quantumatk常见问题的排除]]
 +
  
  
  
atk/高效运行quantumatk.1690596472.txt.gz · 最后更改: 2023/07/29 10:07 由 fermi

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