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atk:高效运行quantumatk

这是本文档旧的修订版!


高效运行QuantumATK

QuantumATK是成熟的软件平台,运行出现意外错误的情况很少,最常见的是内存和进程错误,这种错误一般出现在块体 DFT(或器件 DFT-NEGF)计算时发生异常终止,log文件没有错误信息或者有如下类似的错误信息:

也就是显示进程被外部终止。

进程错误

此时,意外终止的原因并不清楚,可能的原因包括以下几种。

内存读写错误

可能是计算节点大量的内存泄漏。作为测试,可以提交到其他计算节点,看看计算能否完成。解决方式可以是重启不能正常运行的节点。

MPI兼容性

有时候,QATK自带的 MPIEXEC 可能与本地的环境不兼容,从而出现这种进程频繁异常终止错误,用户可以自行安装测试使用其他版本的 Intel MPI 或 MPICH)。

内存不足

此时虽然没有明确的内存不足提示,但也可能是由于内存不足造成的,参考下文降低内存需求。

内存错误

很多时候这种进程错误也是由于内存读写造成的,要快速处理计算中出现的内存溢出错误,就需要理解以下几点:

  • DFT计算以自洽为一个单元,自洽单元的 MPI 并行与内存消耗是需要考虑的主要因素;
  • DynamicalMatrix、NEB 等都是由多个 DFT 自洽单元构成的,这个单元计算间也在 MPI 进程上并行;
  • 每启动一个 MPI 进程,都会单独占据一份内存。
  • 每个 MPI 并不一定对应于一个处理器物理核心,而是可以多线程的运行在多个核心上。

更多关于并行的原理,请参考:

或视频:

因此要控制内存占用,主要办法就是:

atk/高效运行quantumatk.1690595644.txt.gz · 最后更改: 2023/07/29 09:54 由 fermi

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