差别

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--- atk:通过命令行方式手动提交atk计算 [2016/03/27 16:13] – 创建 fermi
+++ atk:通过命令行方式手动提交atk计算 [2021/04/26 17:25] (当前版本) – 已恢复为旧版 (2018/03/20 18:27) dong.dong
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-====== 通过命令行方式手动提交ATK计算 ======
+====== 通过命令行方式手动提交QuantumATK计算 ======
 ===== 运行串行计算 =====
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 </code>
-<WRAP center round important 80%>
+<WRAP center important 100%>
-注意：在单机上使用MPI并行可能和MKL的多线程并行互相干扰，降低并行效率。应使用环境变量 MKL_NUM_THREADS=1 MKL_DYNAMIC=FALSE
+==== 注意 ====
-将动态多线程功能关闭。
+  * 在单机上使用MPI并行可能和MKL的多线程并行互相干扰，降低并行效率。应使用环境变量 MKL_NUM_THREADS=1 MKL_DYNAMIC=FALSE 将动态多线程功能关闭。
+  * 2017版本以后，QuantumATK使用内置Intel MPI并行，可更好的管理同时使用MPI多进程和MKL多线程并行，敬请测试。
 </WRAP>
 ===== 在Linux计算机集群上并行计算 =====
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 export LD_LIBRARY_PATH=$MPI_DIR/lib:$LD_LIBRARY_PATH
 export PATH=$MPI_DIR/bin:$PATH
+## 通知计算时需要访问的License server所在位置或自动搜索
+export QUANTUM_LICENSE_PATH="6200@管理节点主机名或IP"
 cd $PBS_O_WORKDIR
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 目前主流的计算机集群都配备了InfiniBand（IB）高速网络用于节点间并行的高速数据交换，用户应选择IB网络进行并行。
-<WRAP center round important 80%>
+<WRAP center important 100%>
+==== 注意 ====
 与OpenMPI不同，MPICH和Intel MPI可能不会自动选择IB网络，敬请留意。
 </WRAP>
+<WRAP center important 100%>
+==== 说明 ====
+以上脚本的修改需要根据具体的集群hosts文件中的主机名规律进行调试。
+</WRAP>
-通常情况下''/etc/hosts''中，能看到eth和ib等多套节点主机名配置，以备使用。用户应进行一个多节点的测试计算，并注意上述PBS脚本中
-<code>cat $PBS_NODEFILE > hostfile.$PBS_JOBID</code>
-输出的节点主机名文件hostfile.XXXX中的信息，并与''/etc/hosts''中的IB网络主机名进行比较确认。
-例如在PBS的输出的log文件中看到：
-<code bash>
-Job is running on node(s):
-c0101
-c0101
-c0101
-c0101
-c0101
-c0101
-c0101
-c0101
-c0102
-c0102
-c0102
-c0102
-c0102
-c0102
-c0102
-c0102
-</code>
-而在''/etc/hosts''中看到：
-<code bash>
-# 以下是以太网络的IP和主机名
-.168.1.1	c0101
-.168.1.2	c0102
-.168.1.3	c0103
-...
-...
-.168.2.11	c0211
-.168.2.12	c0212
-#以下是ib网络的IP和主机名
-.10.1.1	c0101-ib
-.10.1.2	c0102-ib
-.10.1.3	c0103-ib
-...
-...
-.10.2.12	c0212-ib
-</code>
-这说明计算使用的是以太网络。
-为使计算使用高速的ib网络，应修改主机名。
-上例中，需要在hostfile的每行结尾增加'-ib'，即可将主机名改为正确的ib网络主机名。为此，需要将PBS脚本中
-<code bash>
-#创建hostfile
-cat $PBS_NODEFILE > hostfile.$PBS_JOBID
-</code>
-修改为：
-<code bash>
-#创建hostfile
-sed 's/$/&-ib/g' $PBS_NODEFILE > hostfile.$PBS_JOBID
-</code>
-有些集群的ib主机名为eth主机名前增加“ib”，PBS脚本中应为：
-<code bash>
-#创建hostfile
-sed 's/^/ib&/g' $PBS_NODEFILE > hostfile.$PBS_JOBID
-</code>
-**说明：以上脚本的修改需要根据具体的集群hosts文件中的主机名规律进行调试。**

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