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ReaxFF常见问题及解决方式[目录]
adf:reaxff模块计算过程中的常见问题及解决
ReaxFF常见问题及解决方式[目录]
理论与理解
怎么理解ReaxFF模拟的反应温度高于实际反应温度
如何理解、选择系综
弛豫与优化
低温弛豫发生化学键的断键/成键
ReaxFF范德华力的截断半径
ReaxFF得到的速率常数,单位是什么?如何转换为常用单位?
AMS2019以后的版本中,ReaxFF单进程为何CPU占用率变成了800%左右
ReaxFF能模拟离子吗?
关于产物分布不合理的思考
AMS自动加氢功能对蛋白质等大体系能确保正确吗?
设置参数
如何模拟同位素的效应
如何选择力场
如何确定ReaxFF模拟所用到的Cell的尺寸
Reaction Event Detection窗口参数的含义
如何为某部分原子(例如某个分子)设置固定电荷
分子动力学模拟,如何固定部分原子
键级cut off
LAMMPS中的一些参数在ReaxFF中的设置
2016以前的版本如何进行巨正则系综蒙特卡洛GCMC模拟
ADFinput的分子位置和Movie位置不一样怎么办?
如何模拟撞击
在Movie窗口如何快捷、方便的追踪特定原子群体?
键级截断值0.3的设置
分子动力学中固定键长、键角的Shake用法
如何为每个原子设置初始速度
关闭Atoms too close的检查
MD窗口详细参数设置中,Shake的设置
图形界面与特殊操作
2021以后的版本中,ReaxFF如何生成旧版中的RXMOLFRA文件
如何在reaxff的movie中对单独一个分子进行反应过程和相应数据的观测
分子动力学的重启restart
Reaxff的Movie显示原子超出Cell边界怎么办
如何让Cell的中心在某个/某些原子上?
如何处理冗余的动力学步数
开始计算后,没有任何输出,任务卡住
如何读取分子动力学模拟中某一帧的结构到ADFinput中
如何将外部力场,导入AMS中
如何减小*.rxkf文件的大小
大分子反应的速率常数
Non-reactive iterations设置的含义
力场文件在哪里?
Movie>Properties>Molecular Fractions列表中Max #的值比Ave #的值小,是怎么回事
将ReaxFF的性质曲线(例如分子数变化曲线)横坐标改为“时间”
如何追踪小分子的生成路径?
如何查看某一帧的原子电荷信息
如何查看每一帧的分子个数情况
Movie - Properties - Reaction event detection中得到的Network表是什么含义
如何在既有分子混合物中,再次添加分子?
如何选中混合物中某一类分子
如何导出分子动力学模拟轨迹中原子的电荷
设置region并在Movie中标记该region
分子列表响应慢、“未响应”死机
结果处理
如何生成特定分子在z轴上的分布情况
统计分子总数的变化曲线
分子动力学Movie - MD properties - Conserved Energy/NHCT1StatEnergy的含义
自相关函数分析中的偶极矩
如何生成键连接关系?
如何合并两次分子动力学轨迹
ams.rkf文件用dmpkf转为文本文件后,坐标的读取
报错
*.logfile报错:ERROR DETECTED: ATOMS TOO CLOSE
*.logfile提示:ERROR: Process received SIGTERM
保存作业时提示:Force field problems: missing bonds
*.out文件中出现NaN字样
*.out文件最后一行报错Fatal: Unknown bond in molecule
*.out文件提示:non-physically large charges produced by EEM或Error Detected :unreasonaby large charges produced by EEM
stderr:Unsupported charge equilibration method. Only 7 is valid for ACKS2
ADFinput报错:TRegime for regime 2: incorrect number of atoms
Reaction Event Detection不能分析基元反应
图形界面提示:Could not resort atoms to generate tregime input,try different regions
logfile报错:WARNING: Suspicious force-field EEM parameters for N , which may lead to unphysical charges.
MCFF优化力场报错:FORMAT TOO LARGE. CSPUTR
原子数大于99999时,out文件报错:Error in Biograf-input
*.logfile报错:MINRESQLP returned bad status (see output)
velocity is too large
*.err提示:Process received SIGSEGV
ChemTraYzer2.0分析报错
Forrtl: severe(157): Program Exception - access violation
*.logfile提示:ERROR: Atom index * read from Constraints%Atom[*] is out of range
PLAMS
AMS2022及其以前的版本中find_bond不能识别跨越Cell的键
adf/reaxff模块计算过程中的常见问题及解决.txt
· 最后更改: 2024/03/24 11:30 由
liu.jun
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