这是本文档旧的修订版！
自旋极化原子链的透射谱
版本：2016.3
在本教程中，您将学习如何构建原子链器件，并在电极平行和反平行自旋极化两种情况下计算自旋极化透射谱。
您将使用碳原子链以加快计算。碳不具有天然磁性，但当链中的原子间距足够大且不过大时，电子基态实际上是自旋极化的。该系统当然是高度人为的，而这种选择也只是出于说明方的目的。
构建 1D 碳链
1.打开 QuantumATK 
Builder。
2.在 Stash，点击 Add 
New Configuration。用于创建氢原子。
3.选择 3D 视图里的氢原子，利用 
Periodic Table 工具将其转变为碳。
4.打开 Bulk Tools Lattice Parameters 工具更改晶格类型为 Simple tetragonal。然后设置晶格常数为 a = 6 Å，c = 2.9 Å。
提示
沿 A 和 B 方向将采用周期性边界条件，因此我们将使用较大的 a = 6 Å 单胞矢量来最小化沿着A和B方向上链重复图像间的静电相互作用。
5.点击 Coordinate Tools Center 使原子位于原胞中心位置。
6.使用 Bulk Tools Repeat 插件在 C 方向上重复该系统 12 次。
7.采用 Device Tools Device from Bulk 插件创建碳链器件。自动建议的电极长度 8.7 Å 已足够，所以只需单击 OK 即可。
自旋平行透射谱
现在，您将在对平行自旋的整个器件设置一个 NEGF-DFT 计算，并为该自旋构型计算电子透射谱。
1.在 Builder 的右下角点击 Send to 按钮 
将器件构型发送到 
Script Generator。
2.设置默认输出文件为 carbon_para.nc。
3.添加一个 
New Calculator 模块到脚本，双击打开。
4.设置 Spin 为 Polarized。交换关联函数将自动转换为 LSDA。
5.添加一个 
Initial State 模块，用于定义初始自旋种群。打开并选择 User spin（所有原子现在都最大程度的向上自旋极化）。
6.添加 
Analysis ‣ TransmissionSpectrum 模块。对于 1D 碳链，默认的参数就可以满足需求。
7.QuantumATK 的 Python 脚本现在已经准备好了。将其发送到 
Job Manager，保存脚本为 carbon_para.py，然后运行计算，仅耗时几分钟。
注意
请不要关闭 Script Generator 窗口，稍后您将需要用到它。
提示
通过检查 QuantumATK 的 log 文件，注意上/下（DM [U] / DM [D]）电子态的种群在所有原子上几乎相同，正如在理想系统中所预期的那样。小的差异主要是由相对较低的默认密度网格截断造成的。