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--- atk:缺陷碳纳米管的杨氏模量 [2016/09/24 15:22] – [可视化和结果分析] nie.han
+++ atk:缺陷碳纳米管的杨氏模量 [2018/03/20 22:17] (当前版本) – liu.jun
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 ===== 添加Python挂钩 =====
-在ATK中可以定义“挂钩”；即在每个MD步之前或之后被触发的Python函数或类。这些挂钩可被用来提供自定义的实时分析或者监测系统，或者-如本实例-在模拟的过程中动态地修改结构。
+在QuantumATK中可以定义“挂钩”；即在每个MD步之前或之后被触发的Python函数或类。这些挂钩可被用来提供自定义的实时分析或者监测系统，或者-如本实例-在模拟的过程中动态地修改结构。
 你现在将定义一个预处理挂钩用以在每一步分子动力学模拟中给纳米管一个小的拉伸：
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 ===== 计算杨氏模量 =====
-为了正确地计算杨氏模量，有必要考虑模拟域的总体积。ATK得出的应力必须乘以晶胞的总体积然后除以纳米管的体积。
+为了正确地计算杨氏模量，有必要考虑模拟域的总体积。QuantumATK得出的应力必须乘以晶胞的总体积然后除以纳米管的体积。
-有几种定义CNT体积的方法。一个通常的定义方法是说纳米管壁在管壁处向内外分别伸出半个$\pi$键长，所以它是一个具有厚度等于$\pi$键长（约为1.35Å）的圆柱壳，也就是说横截面积为1.35Å乘以纳米管的周长。一个(5,5)-armchair纳米管的周长为$5 \times (3 \times x)$，x=1.42Å是碳碳键长。最后，为了求体积，你需要管的长度，在ATK保存的 .nc 文件中给出。
+有几种定义CNT体积的方法。一个通常的定义方法是说纳米管壁在管壁处向内外分别伸出半个$\pi$键长，所以它是一个具有厚度等于$\pi$键长（约为1.35Å）的圆柱壳，也就是说横截面积为1.35Å乘以纳米管的周长。一个(5,5)-armchair纳米管的周长为$5 \times (3 \times x)$，x=1.42Å是碳碳键长。最后，为了求体积，你需要管的长度，在QuantumATK保存的 .nc 文件中给出。
   * 在脚本底部，删除语句
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 现在可以执行脚本。你可以下载以下脚本来确保你做了正确的编辑：
-mdtrajectory_cnt.py
+{{ :atk:mdtrajectory_cnt.rar |mdtrajectory_cnt.py}}
 点击{{:atk:sendto.png?25|}} 按钮将脚本送到Job Manager{{:atk:job_manager.png?25|}}，保存并运行。这个任务将会在笔记本电脑上花费3分钟左右。
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 数据文件mdtrajectory_cnt.nc 会在LabFloor中显示。选中这个文件并点击右手边插件面板上的Movie Tool。Movie Tool可以被用来查看MD轨迹；它将显示一个模拟动画和能量以及温度的数据。如下图所示。
-{{ :atk:movie_tool.gif?500 |}}
+{{ :atk:movie_tool.gif?800 |}}
 <WRAP center round info 100%>
-提示！
+**提示！**
 在动画上右击鼠标点击Show bonds可以将碳原子之间的成键可视化。
 </WRAP>
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 ===== 参考文献 =====
+[KDE+98]	(1, 2) A. Krishnan, E. Dujardin, T. W. Ebbesen, P. N. Yianilos, and M. M. J. Treacy. Young’s modulus of single-walled nanotubes. Phys. Rev. B, 58:14013–14019, Nov 1998. doi:10.1103/PhysRevB.58.14013.
+[SPAS+99]	Daniel Sánchez-Portal, Emilio Artacho, José M. Soler, Angel Rubio, and Pablo Ordejón. Ab initio structural, elastic, and vibrational properties of carbon nanotubes. Phys. Rev. B, 59:12678–12688, May 1999. doi:10.1103/PhysRevB.59.12678.
+本文翻译：王吉章

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