atk:创建cif晶体结构描述文件
差别
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| atk:创建cif晶体结构描述文件 [2019/07/29 19:55] – [实例] xie.congwei | atk:创建cif晶体结构描述文件 [2019/07/29 19:58] (当前版本) – [参考] xie.congwei | ||
|---|---|---|---|
| 行 25: | 行 25: | ||
| {{ : | {{ : | ||
| + | |||
| + | **第 1 步：**首先，我们需要一个 CIF 文件模板。一个简便的方法是从 QuantumATK 的 Builder 中导出一些简单结构的 CIF 文件，但这里有一个非常简约的模板： | ||
| + | |||
| + | <code python> | ||
| + | | ||
| + | | ||
| + | | ||
| + | | ||
| + | | ||
| + | | ||
| + | | ||
| + | | ||
| + | loop_ | ||
| + | | ||
| + | | ||
| + | | ||
| + | | ||
| + | H 0 0 0 | ||
| + | </ | ||
| + | |||
| + | **第 2 步：**现在我们只需要从文章中获取对称信息并更改参数。因此，我们最终分别得到以下石墨烯船型和扶手型结构的 CIF 文件： | ||
| + | |||
| + | <code python> | ||
| + | data_global | ||
| + | _chemical_name ' | ||
| + | _cell_length_a 4.272 | ||
| + | _cell_length_b 2.505 | ||
| + | _cell_length_c 4.976 | ||
| + | _cell_angle_alpha 90 | ||
| + | _cell_angle_beta 90 | ||
| + | _cell_angle_gamma 90 | ||
| + | _symmetry_space_group_name_H-M 'P m m n' | ||
| + | loop_ | ||
| + | _atom_site_label | ||
| + | _atom_site_symmetry_multiplicity | ||
| + | _atom_site_Wyckoff_symbol | ||
| + | _atom_site_fract_x | ||
| + | _atom_site_fract_y | ||
| + | _atom_site_fract_z | ||
| + | C 4 f 0.8178 0 0.5636 | ||
| + | H 4 f 0.7439 0 0.7717 | ||
| + | </ | ||
| + | |||
| + | |||
| + | <code python> | ||
| + | data_global | ||
| + | _chemical_name ' | ||
| + | _cell_length_a 2.516 | ||
| + | _cell_length_b 2.516 | ||
| + | _cell_length_c 4.978 | ||
| + | _cell_angle_alpha 90 | ||
| + | _cell_angle_beta 90 | ||
| + | _cell_angle_gamma 120 | ||
| + | _symmetry_space_group_name_H-M 'P -3 m 1' | ||
| + | loop_ | ||
| + | _atom_site_label | ||
| + | _atom_site_symmetry_multiplicity | ||
| + | _atom_site_Wyckoff_symbol | ||
| + | _atom_site_fract_x | ||
| + | _atom_site_fract_y | ||
| + | _atom_site_fract_z | ||
| + | C 2 d 0.333333 0.666666 0.5419 | ||
| + | H 2 d 0.333333 0.666666 0.7479 | ||
| + | </ | ||
| + | |||
| + | **第 3 步：**在 QuantumATK 的 **Editor** 中复制并粘贴您所需的代码。然后用 **.cif** 扩展名保存文件。将您的 .cif 文件拖放到 **Builder** 上，您就可以编辑和研究它了！ | ||
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| + | 当然可以在 CIF 文件中输入更多信息，如文章参考等，但以上信息足以完全定义结构，因此您现在可以在此系统上执行计算。（在上面的例子中，我们实际上还添加了原子的 Wyckoff 符号——这在将来可能会有用！） | ||
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| ===== 参考 ===== | ===== 参考 ===== | ||
| + | * 英文原文：https:// | ||
atk/创建cif晶体结构描述文件.1564401304.txt.gz · 最后更改: 2019/07/29 19:55 由 xie.congwei