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Crystallographic Information File(CIF,晶体学信息文件)是由国际晶体学联合会(IUCr)颁布的用于表示晶体学信息的标准文本文件格式。CIF 由 IUCr 晶体学信息工作组开发,获得了 IUCr 晶体学数据委员会和 IUCr 期刊委员会赞助。IUCr 网站提供了该格式的完整规格。
假设如下情形:您读到一篇关于特定晶体或其他材料的有趣科学文章(在这里,我们讨论的是周期性结构而不是分子),您想要尝试在 QuantumATK 或其他软件中模拟它。然而事实是,问题中的材料并不被包含在 QuantumATK 的内置晶体数据库,且您无法在任何地方找到它的 CIF 文件。但是,您可以在文章中获得所有的必要信息。那么将结构导入 Builder 的方法是什么?
在某些情况下,事实证明编写自己的 CIF 文件并不是那么难,在许多情况下,它甚至比手动构建结构要快得多,同样也适用于其他软件包。这是因为 CIF 文件仅包含降低对称性的基组,因此即使相当复杂的晶胞通常也能够只通过几个原子的位置来描述——当然还有相应的对称操作。然而,在大多数情况下,仅提供 Hermann-Mauguin 符号的空间群号就足够了,因为它唯一地定义了对称性(可能与设置或原点选择相结合)。这与您在 Crystal Builder 中输入的信息相同。
让我们基于论文研究一个例子。创建石墨烯船型和扶手型结构的 CIF 文件。我们所需要的信息可以在 Graphane: A two-dimensional hydrocarbon, by J. O. Sofo, A. S. Chaudhari and G. D. Barber, Phys. Rev. B 75, 153401 (2007) (或 arXiv)中找到。以下为相关参数: