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| atk:创建分子-表面体系_苯分子在au_111_表面 [2018/05/11 17:01] – [苯吸附在Au(111)面] xie.congwei | atk:创建分子-表面体系_苯分子在au_111_表面 [2018/06/15 10:16] (当前版本) – [创建分子-表面体系：苯分子在 Au(111) 表面] fermi |
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| * 使用 VNL **Builder** 中的高级构建工具修改苯分子的原子坐标以构建 Bz@Au(111) 构形。 | * 使用 VNL **Builder** 中的高级构建工具修改苯分子的原子坐标以构建 Bz@Au(111) 构形。 |
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| | === 提示 === |
| | **本教程使用特定版本的QuantumATK创建，因此涉及的截图和脚本参数可能与您实际使用的版本略有区别，请在学习时务必注意。** |
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| 本教程中描述的很多VNL功能都相当通用的，除了表面吸附分子的结构外，还可以构建很多复杂构形，在教程 [[https://docs.quantumwise.com/tutorials/molecular_junction/molecular_junction.html#molecular-junction|Building a molecular junction]]中可以看到更多举例。 | 本教程中描述的很多VNL功能都相当通用的，除了表面吸附分子的结构外，还可以构建很多复杂构形，在教程 [[https://docs.quantumwise.com/tutorials/molecular_junction/molecular_junction.html#molecular-junction|Building a molecular junction]]中可以看到更多举例。 |
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| 最后，参照文献 <color #ed1c24>[LRZ+13]</color> 调整分子-表面间的距离为 3.62 Å：在 **Move** 面板，如下图所示在锚点原子位置 $r_0$ 的 z 坐标处输入 18.0272 Å。 | 最后，参照文献 <color #ed1c24>[LRZ+13]</color> 调整分子-表面间的距离为 3.62 Å：在 **Move** 面板，如下图所示在锚点原子位置 |
| | $r_0$ 的 z 坐标处输入 18.0272 Å。 |
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| === 注意 === | === 注意 === |
| 一般情况下，为了设置所需的分子-表面距离，您一定要先知道金最顶层的笛卡尔坐标 Z。这可以通过把指针悬停在 Au(111)最顶层的一个原子上方而轻易获得。 | 一般情况下，为了设置所需的分子-表面距离，您一定要先知道金最顶层的笛卡尔坐标 Z。这可以通过把指针悬停在 Au(111) 最顶层的一个原子上方而轻易获得。 |
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| ===== 参考文献 ===== | ===== 参考 ===== |
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| * <color #ed1c24>[LRZ+13] </color> | (1, 2, 3, 4, 5, 6) Wei Liu, Victor G Ruiz, Guo-Xu Zhang, Biswajit Santra, Xinguo Ren, Matthias Scheffler, and Alexandre Tkatchenko. Structure and energetics of benzene adsorbed on transition-metal surfaces: density-functional theory with van der Waals interactions including collective substrate response. New Journal of Physics, 15(5):53046, 2013. [[http://stacks.iop.org/1367-2630/15/i=5/a=053046|URL: http://stacks.iop.org/1367-2630/15/i=5/a=053046]]. | * <color #ed1c24>[LRZ+13] </color> | (1, 2, 3, 4, 5, 6) Wei Liu, Victor G Ruiz, Guo-Xu Zhang, Biswajit Santra, Xinguo Ren, Matthias Scheffler, and Alexandre Tkatchenko. Structure and energetics of benzene adsorbed on transition-metal surfaces: density-functional theory with van der Waals interactions including collective substrate response. New Journal of Physics, 15(5):53046, 2013. [[http://stacks.iop.org/1367-2630/15/i=5/a=053046|URL: http://stacks.iop.org/1367-2630/15/i=5/a=053046]]. |
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| | * 英文原文：[[https://docs.quantumwise.com/tutorials/benzene_au111/benzene_au111.html|https://docs.quantumwise.com/tutorials/benzene_au111/benzene_au111.html]] |
