atk:使用vnl-atk进行计算模拟的一般操作步骤
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| atk:使用vnl-atk进行计算模拟的一般操作步骤 [2016/08/16 20:31] – [在已有计算的基础上进一步分析其他性质] dong.dong | atk:使用vnl-atk进行计算模拟的一般操作步骤 [2018/08/12 16:09] (当前版本) – [开始新的计算] fermi | ||
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| - | ====== 使用VNL-ATK进行计算模拟的一般操作步骤 ====== | + | ====== 使用QuantumATK进行计算模拟的一般操作步骤 ====== |
| ===== 计算中涉及的文件 ===== | ===== 计算中涉及的文件 ===== | ||
| ==== 输入文件 ==== | ==== 输入文件 ==== | ||
| - | VNL-ATK计算的输入文件是一个 Python（什么是Python语言？）格式的计算脚本（Script），文件通常命名为“'' | + | QuantumATK计算的输入文件是一个 Python（什么是Python语言？）格式的计算脚本（Script），文件通常命名为“'' |
| === 创建计算脚本 === | === 创建计算脚本 === | ||
| VNL中提供的Script Generator是创建计算脚本的最佳方式，使用这个方法可以快速的设置计算。 | VNL中提供的Script Generator是创建计算脚本的最佳方式，使用这个方法可以快速的设置计算。 | ||
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| === 计算脚本的详细度 === | === 计算脚本的详细度 === | ||
| - | 在设置计算并保存脚本时，可以有两个详细程度“”和“Show Default”，它们的区别是： | + | 在设置计算并保存脚本时，可以有两个详细程度“Minimal”和“Show Default”，它们的区别是： |
| * “**Minimal**”：仅在脚本中写入用户手动调整的、与默认值不同的参数； | * “**Minimal**”：仅在脚本中写入用户手动调整的、与默认值不同的参数； | ||
| * “**Show Default**”：将所有计算中涉及的参数与默认值都写入脚本，方便用户了解默认值的情况。 | * “**Show Default**”：将所有计算中涉及的参数与默认值都写入脚本，方便用户了解默认值的情况。 | ||
| 行 18: | 行 18: | ||
| ==== 输出文件 ==== | ==== 输出文件 ==== | ||
| - | VNL-ATK将所有计算结果的详细数据都保存在一个NetCDF文件中，文件的扩展名默认为“'' | + | QuantumATK将所有计算结果的详细数据都保存在一个HDF5格式文件中，文件的扩展名默认为“'' |
| - | === 如何读取nc文件中的数据 === | + | === 如何读取hdf5文件中的数据 === |
| - | * nc文件是二进制文件，其中的数据可以在VNL图形界面中查看，无法用文本编辑器打开。 | + | * hdf5 件是二进制文件，其中的数据可以在 |
| - | * nc文件中的数据除了在VNL直接查看并可视化之外，还可以使用VNL-ATK | + | * hdf5 文件中的数据除了在 |
| - | === log文件 === | + | === log 文件 === |
| - | VNL-ATK会将计算过程的概要信息输出到标准输出。用户可以将log信息重定向至指定的文件，以备查看。log文件中通常包含重要的提示、警告和错误信息，对于判断计算过程是否正常十分重要。 | + | QuantumATK会将计算过程的概要信息输出到标准输出。用户可以将 log 信息重定向至指定的文件，以备查看。log 文件中通常包含重要的提示、警告和错误信息，对于判断计算过程是否正常十分重要。 |
| ===== 开始新的计算 ===== | ===== 开始新的计算 ===== | ||
| - | 和很多其他的计算模拟工具一样，VNL-ATK提供了一整套方便易用的工具，涵盖模型构建、计算设置、计算任务提交和管理、结果分析与可视化等所有必备的功能。 | + | 和很多其他的计算模拟工具一样，QuantumATK提供了一整套方便易用的工具，涵盖模型构建、计算设置、计算任务提交和管理、结果分析与可视化等所有必备的功能。 |
| 基本步骤： | 基本步骤： | ||
| - | - 使用**Builder**进行模型构建； | + | - 使用**DataBase**和**Builder**进行结构搜索和模型构建； |
| - 使用**Script Generator**与**Script Editor**进行计算设置； | - 使用**Script Generator**与**Script Editor**进行计算设置； | ||
| - 使用**Job Manager**进行计算任务提交和管理； | - 使用**Job Manager**进行计算任务提交和管理； | ||
| 行 41: | 行 41: | ||
| ===== 在已有计算的基础上进一步分析其他性质 ===== | ===== 在已有计算的基础上进一步分析其他性质 ===== | ||
| - | <WRAP center round important | + | <WRAP center round important |
| 从2016版开始，所有分析计算都将消耗一个master，用户需要在能获得master license的机器上进行计算。与此相对的，进行NEB、IVCurve等多个并行的自洽的计算作业不再需要多个master，而是只需要1个master，并使用多个slave并行，这将大大优化计算license使用效率。 | 从2016版开始，所有分析计算都将消耗一个master，用户需要在能获得master license的机器上进行计算。与此相对的，进行NEB、IVCurve等多个并行的自洽的计算作业不再需要多个master，而是只需要1个master，并使用多个slave并行，这将大大优化计算license使用效率。 | ||
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atk/使用vnl-atk进行计算模拟的一般操作步骤.1471350711.txt.gz · 最后更改: 2016/08/16 20:31 由 dong.dong