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atk:使用vnl-atk进行计算模拟的一般操作步骤

使用QuantumATK进行计算模拟的一般操作步骤

计算中涉及的文件

输入文件

QuantumATK计算的输入文件是一个 Python(什么是Python语言?)格式的计算脚本(Script),文件通常命名为“*.py”。计算脚本中通常包含两个部分:模型的几何结构信息;要进行的计算流程。

创建计算脚本

VNL中提供的Script Generator是创建计算脚本的最佳方式,使用这个方法可以快速的设置计算。

计算脚本的详细度

在设置计算并保存脚本时,可以有两个详细程度“Minimal”和“Show Default”,它们的区别是:

  • Minimal”:仅在脚本中写入用户手动调整的、与默认值不同的参数;
  • Show Default”:将所有计算中涉及的参数与默认值都写入脚本,方便用户了解默认值的情况。

在计算的效果上,这两种方法生成的脚本不会有差别。

输出文件

QuantumATK将所有计算结果的详细数据都保存在一个HDF5格式文件中,文件的扩展名默认为“.hdf5”。(从2018版开始QuantumATk不再支持NetCDF/nc文件的写操作,但支持读入操作)

如何读取hdf5文件中的数据

  • hdf5 件是二进制文件,其中的数据可以在 NanoLab 图形界面中查看,无法用文本编辑器打开。
  • hdf5 文件中的数据除了在 NanoLab 直接查看并可视化之外,还可以使用 QuantumATK 提供的 Python 工具读取并导出。

log 文件

QuantumATK会将计算过程的概要信息输出到标准输出。用户可以将 log 信息重定向至指定的文件,以备查看。log 文件中通常包含重要的提示、警告和错误信息,对于判断计算过程是否正常十分重要。

开始新的计算

和很多其他的计算模拟工具一样,QuantumATK提供了一整套方便易用的工具,涵盖模型构建、计算设置、计算任务提交和管理、结果分析与可视化等所有必备的功能。

基本步骤:

  1. 使用DataBaseBuilder进行结构搜索和模型构建;
  2. 使用Script GeneratorScript Editor进行计算设置;
  3. 使用Job Manager进行计算任务提交和管理;
  4. 使用LabFloorAnalyzer进行结果分析与可视化。

在已有计算的基础上进一步分析其他性质

从2016版开始,所有分析计算都将消耗一个master,用户需要在能获得master license的机器上进行计算。与此相对的,进行NEB、IVCurve等多个并行的自洽的计算作业不再需要多个master,而是只需要1个master,并使用多个slave并行,这将大大优化计算license使用效率。

如果用户已经对某一模型进行过一些计算,而在之后的研究中想使用同样的方法继续分析其他的性质,则可以选择使用“Analysis from File”的功能,不必重新设置计算。这样做可以节省自洽电子密度的计算量。

atk/使用vnl-atk进行计算模拟的一般操作步骤.txt · 最后更改: 2018/08/12 16:09 由 fermi

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